EcogenO
| Type de service | Plateforme d'acquisition |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | Plateforme Génomique Ecogeno |
| URL | https://ecogeno.univ-rennes1.fr/ |
| Contact | genomics@univ-rennes1.fr |
| Localisation | Rennes |
| Structure d'appartenance | OSUR, AnaEE-France Natura |
| Tutelles | Université de Rennes, CNRS |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Dotée de séquenceurs NGS de 2ème génération (Illumina) et d'un grand nombre d'équipements satellites nécessaires à la préparation des échantillons, la plate-forme EcogenO propose la réalisation et l’accompagnement de projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu’à l’analyse primaire bio-informatique des données.
Un équipement de PCR quantitative et de génotypage très haut débit, (Smartchip system, Takara), offre à la communauté scientifique une capacité de conduite de projet pour des analyses fonctionnelles (qPCR et RT-qPCR, dPCR) et du génotypage SNP.
EcogenO dispose d’une grande capacité de stockage et d’analyses des données NGS permettant de développer des analyses bio-informatiques, spécifiques à un projet ou une application sur un mode collaboratif.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ».; Ecologie, évolution et biologie environnementale« Ecologie, évolution et biologie environnementale » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Génomique environnementale
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage : Formulaire pour soumettre un projet
Conditions tarifaires :
Certification/Label :IBISA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)
ISO 9001-NFX 50-900 (?)
Conditions générales d'utilisation :
EcogenO est en lien avec les services et structures