« EDNA » : différence entre les versions
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[[Catégorie:Catalogue CNRS Écologie & Environnement]] | |||
Dernière version du 10 novembre 2023 à 12:11
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|---|---|
| Type de service | Plateforme d'acquisition |
| Statut | En production |
| Autres noms | Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes |
| URL | https://leca.osug.fr/eDNA-AnaEE-France-272 |
| Contact | stephen.mulero@univ-grenoble-alpes.fr |
| Localisation | Grenoble |
| Structure d'appartenance | LECA, AnaEE-France |
| Tutelles | CNRS, Université Grenoble Alpes, Université Savoie Mont-Blanc |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme EDNA est spécialisée dans l'approche metabarcoding pour identifier les communautés microbiennes, animales et végétales en utilisant des échantillons environnementaux (sol, eau, fèces etc.). Habituellement, le metabarcode d'ADN est conçu selon la question scientifique, et cible l'ADN multi-copie (ADN de chloroplaste, ADN mitochondrial, ADN ribosomal nucléaire). La plateforme eDNA peut offrir un support pour :
- la conception des expériences selon la question scientifique, les contraintes techniques et la stratégie pour assurer la qualité des données;
- extraction d'ADN à grande échelle;
- amplification d'ADN à grande échelle;
- la sous-traitance du séquençage avec une entreprise qui fournit un service de haute qualité lors du séquençage d'amplicons;
- l'analyse des séquences brutes jusqu'à la production d'un tableau de cotingence qui sera ultérieurement analysé par l'écologiste;
- la discussion sur l'interprétation scientifique en fonction des pièges potentiels de l'approche metabarcoding.
Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé
PE10 Sciences du Système Terre
LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution
Thématique et/ou mots clés :
- Metabarcoding
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Politiques : Politique de données
Conditions d'usage : Formulaire pour déposer un projet auprès d'une ou plusieurs plateforme(s) AnaEE-France sur le portail de dépôt de projet : https://isia.cnrs.fr/
Conditions tarifaires :
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :