Go@l
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| Type de service | Plateforme d'acquisition |
| Statut | En production |
| Autres noms | |
| URL | https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique |
| Contact | genomique-plbs@univ-lille.fr |
| Localisation | Lille |
| Structure d'appartenance | PLBS |
| Tutelles | Université de Lille, Inserm, CHU de Lille, CNRS, Institut Pasteur de Lille |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Page en construction
La plateforme Go@l offre son expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit. Elle propose la technologie de séquençage en adéquation avec le projet, sa complexité et en fonction du type d’échantillons. Avec une approche globale ou ciblée, elle assure le suivi et la réalisation des projets de recherche de la qualification des échantillons, de la préparation des librairies et de leurs séquençage, jusqu’à l’analyse bioinformatique et biostatistique de ces données. La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes :
- Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays.
- Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell.
- Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS.
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :
- Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation desvariants, étude de transmission mendélienne.
- Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée.
- Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose.
La plateforme GO@L comprend deux plateaux spécialisés :
- Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG), localisé à l’Institut Pasteur de Lille, est spécialisé dans les applications de microbiologie.
- Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS), intégré dans les locaux du Centre de Biologie Pathologie Génétique du CHU de Lille, développe son expertise notamment au service de la génomique humaine associée à des pathologies ciblées (cancers, maladies neuro-dégénératives...) et l'étude de modèles animaux.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/genomic-at-lille-go-l-625.html)
Conditions générales d'utilisation :
Go@l est en lien avec les services et structures
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| PLBS | Transcriptomique et Génomique Appliquée Bilille Go@l |