PPanGGOLiN

  PPanGGOLiN

Type de service	Outils de gestion des données
Statut	En production
Autres noms	Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors
URL	https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/
Contact	acalteau@genoscope.cns.fr
Localisation
Structure d'appartenance	LABGeM
Tutelles	CEA

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Chargement de la carte...

{"format":"leaflet","minzoom":false,"maxzoom":false,"limit":50,"offset":0,"link":"all","sort":[""],"order":[],"headers":"show","mainlabel":"","intro":"","outro":"","searchlabel":"... autres r\u00e9sultats","default":"\u0026#32;","import-annotation":false,"width":"280px","height":"280px","centre":false,"title":"","label":"","icon":"","lines":[],"polygons":[],"circles":[],"rectangles":[],"copycoords":true,"static":false,"zoom":false,"defzoom":14,"layers":["OpenStreetMap"],"image layers":[],"overlays":[],"resizable":false,"fullscreen":false,"scrollwheelzoom":true,"cluster":true,"clustermaxzoom":20,"clusterzoomonclick":true,"clustermaxradius":20,"clusterspiderfy":true,"geojson":"","clicktarget":"","showtitle":true,"hidenamespace":true,"template":"","userparam":"","activeicon":"","pagelabel":false,"ajaxcoordproperty":"","ajaxquery":"","locations":[{"text":"\u003Cb\u003E\u003Ca href=\"/index.php/PPanGGOLiN\" title=\"PPanGGOLiN\"\u003EPPanGGOLiN\u003C/a\u003E\u003C/b\u003E","title":"PPanGGOLiN","link":"","lat":48.62399,"lon":2.43972,"icon":""}],"imageLayers":[]}

Page en construction

PPanGGOLiN est un logiciel de bioinformatique dédié à l'analyse de pangénomes. Il permet de créer, manipuler et analyser des pangénomes procaryotes en utilisant des dizaines voire des milliers de génomes d'une même espèce. Il permet ainsi d'étudier l'évolution ou l'écologie des microbes, ouvrant la voie à des découvertes importantes pour la santé humaine, l'agriculture, l'alimentation ou l'environnement.

Le code source du logiciel PPanGGOLiN, en langage Python, a ainsi considérablement évolué depuis sa création avec notamment l'ajout de nouvelles méthodes d'analyses de régions de plasticité génomique.

Le laboratoire LABGeM a également intégré l'outil dans sa plateforme de service, MicroScope, mis à disposition des microbiologistes et qui comprend plus de 6600 utilisateurs à travers le monde.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Génomique Métabolique	MicroScope PPanGGOLiN