LoRDEC
| Type de service | Outils de gestion des données |
|---|---|
| Statut | En production |
| Autres noms | LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads |
| URL | http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/, http://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/ |
| Contact | Eric.Rivals@lirmm.fr |
| Localisation | Montpellier |
| Structure d'appartenance | LIRMM |
| Tutelles | CNRS |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Bioinformatique
- Outil d'analyse
- Analyse de données de séquençage NGS
- Méthodologie
- Alignements de lectures sur des génomes
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :
LoRDEC est en lien avec les services et structures
IFB, CNRS Sciences informatiques
Portée internationale de LoRDEC
ELIXIR (https://elixir-europe.org/)
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| LIRMM | ATGC LoRDEC DORIST |