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A
La '''plateforme Auvergne BioInformatique''', AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir '''l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche'''. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'[https://www.france-bioinformatique.fr/ Institut Français de Bioinformatique] ainsi qu'à la [https://www.france-genomique.org/ plateforme France Génomique] .
Le Mésocentre Clermont-Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par [https://biomaj.genouest.org/ BioMAJ]. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy.
La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface [https://biodatabanks.mesocentre.uca.fr/app/#/bank/ Biomaj Watcher].
Deux services web sont proposés au sein d'AuBI :
* '''Galaxy''', pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique
* '''[[OMERO]]''', pour le stockage d'images et des métadonnées associées +
'''AuReMe''', '''AUtomated REconstruction of MEtabolic models''', est un '''espace de travail modulaire et adaptable pour la reconstruction reproductible de modèles métaboliques à l'échelle génomique'''. L'espace de travail permet d'explorer, de visualiser et de distribuer les modèles à l'échelle du génome et leurs métadonnées par la génération de wikis locaux.
AuReMe est construit autour d'un paquet Python PADMet (Python library for hAndling metaData of METabolism), pour abriter la reconstruction de la reconstruction de modèles métaboliques à l'échelle du génome (GSMs). +
Le Bassin versant de l'Auradé, BVE Auradé est un site expérimental du Soere Réseau des bassins versants (RBV). Service National d'Observation (SNO) labélisé CNRS Terre & Univers, le BV expérimental d’Auradé est dédié aux observations à long terme des impacts des activités agricoles et des changements climatiques sur la qualité des eaux, des sols, des sédiments et des écosystèmes aquatiques, de l’altération chimique des roches, de l’érosion physique des sols, des flux d’eau et de carbone et des transferts de contaminants. +
Dévolue à l’étude des espaces, des sociétés et des cultures depuis la Protohistoire européenne jusqu’à la fin du Moyen Âge, elle a très tôt associé des archéologues, des historiens, des historiens de l’art, et des philologues hellénistes et latinistes. Elle est considérée aujourd’hui comme un laboratoire de référence dans ces disciplines, tant en France qu’à l’étranger. La stratégie scientifique de l’UMR AUSONIUS vise plusieurs priorités : le renforcement de la dimension internationale, l’extension à de nouvelles disciplines et la consolidation de l’interdisciplinarité, le développement du numérique, la diffusion des savoirs, l’attention portée au patrimoine. +
Aviesan rassemble les grands acteurs en sciences de la vie et de la santé en France : CEA, Centres hospitaliers régionaux et universitaires, CNRS, France Universités, Inrae, Inria, Inserm, Institut Pasteur, IRD. L'Alliance est structurée en dix instituts thématiques multi-organismes (ITMO) couvrant les domaines suivants: bases moléculaires et structurales du vivant; biologie cellulaire, développement et évolution; cancer; circulation, métabolisme, nutrition; génétique, génomique et bioinformatique; immunologie, hématologie, pneumologie; microbiologie et maladies infectieuses; neurosciences, sciences cognitives, neurologie, psychiatrie; santé publique; technologies pour la santé. +
La politique de recherche d’Avignon Université est organisée autour de deux axes structurants :
* Agro&Sciences
* Culture, Patrimoine, Sociétés numériques.
Les recherches sont menées dans les laboratoires de Sciences Humaines et Sociales, et les laboratoires de Sciences et Agrosciences en partenariat avec les organismes de recherche (INRAE, CNRS et IRD) et l’École des hautes études en sciences sociales (EHESS).
Avignon Université a adopté une [https://univ-avignon.fr/recherche/science-ouverte/ charte pour la science ouverte] et dispose d’une archive ouverte institutionnelle [https://hal-univ-avignon.archives-ouvertes.fr/ HAL-Avignon]. +
La '''Direction d'Appui à la Recherche et à l'Innovation''', '''DARI''', propose un service d’accompagnement à la '''rédaction de plan de gestion des données''' (PGD) aux chercheurs et chercheuses d’Avignon Université. +
B
La plateforme '''Bionformatics&Genetics (B&G)''' a pour vocation d'analyser de nombreuses variations identifiées lors du séquençage des gènes. Elle a acquis des ressources uniques pour permettre le développement efficace de '''systèmes bioinformatiques'''.
Afin d'identifier les '''mutations causales''', en particulier s'il s'agit de mutations faux-sens ou de substitutions nulles qui n'affectent que l'ARNm, l'équipe a développé deux outils :
* '''UMD-Predictor®''' pour prédire la pathogénicité des mutations faux-sens
* '''Human Splicing Finder® (HSF)''' pour identifier les signaux d'épissage et évaluer l'impact des mutations sur l'épissage
Le '''système de séquençage à haut débit de l'UMD''' (UMD-HTS®) qui intègre les algorithmes de l'UMD-Predictor® et du HSF® afin de permettre une sélection rapide des variations d'intérêt à partir d'expériences de séquençage à grande échelle est en cours de développement.
La plateforme a également développé :
* Des '''bases de données spécifiques aux locus''' (LSDB) en utilisant le système Universal Mutation Database (UMD) avec la création de 20 nouvelles LSDB
* Des '''registres de patients''', notamment le registre international des dysferlinopathies, l'observatoire français des patients atteints de la FSHMD, le registre français des maladies de Marfan et apparentées (accès restreint). Elle en assure également la conservation et l’hébergement. +
Le '''PEPR B-BEST''' est dédié aux '''efforts de recherche bas TRL (TRL 1 à 4)'''. Les innovations issues de ces recherches visent à développer une base industrielle française compétitive dans les domaines des '''produits biosourcés et des carburants durables''', sources d'une plus grande souveraineté industrielle, d'emplois nouveaux en plus d’être un vecteur important du développement durable.
Cinq axes prioritaires ont été définis :
# Caractériser la structure chimique et physique de la biomasse ;
# Comprendre et contrôler les systèmes biologiques ;
# Définir et développer de nouveaux schémas de transformation de la biomasse ;
# Développer des méthodologies et outils transversaux y compris digitaux ;
# Comprendre les processus de transition vers la bioéconomie et leur gouvernance.
B-BEST doit renforcer également les dialogues interdisciplinaires, multi-milieux et multi-acteurs, selon diverses modalités, en plus des projets ciblés multi-partenariaux dont les travaux ont déjà commencé, il s’agit :
* D'un appel à projets en deux vagues, très largement ouvertes à la communauté scientifique dans les quatre axes thématiques du PEPR, qui viendront compléter ou apporter de nouvelles approches sur les thématiques prioritaires du PEPR,
* D'un appel à manifestation d’intérêt pour l’axe 5 permettant de mieux identifier et aider à structurer une communauté française de recherche dans le domaine des sciences humaines et sociales appliquées aux thématiques d’intérêt du PEPR,
* De la '''création d’une plateforme d’outils''' qui seront mis à la disposition d’une large communauté scientifique pour accélérer les travaux de recherche,
* Des journées d’échanges, des séminaires, des ateliers de travail à l’échelle nationale et européenne.
* De l’appui à la création d’une '''infrastructure européenne de recherche en biotechnologie''', IBISBA +
'''BALISTE''' est une application qui vise à '''recueillir, partager, sécuriser et valoriser des données naturalistes''' issues de projets de recherche et de projets participatifs menés par INRAE.
En plus des données d'observations à proprement parler, BALISTE permet de '''décrire finement les protocoles et les méthodes d'observation qui ont été mises en œuvre pour obtenir les données en créant ses propres variables d'observations'''. Ces variables peuvent être partagées avec les autres utilisateurs de l'application. Elle génère alors les formulaires de saisie correspondant aux protocoles décrits et un modèle de fichier type Excel pouvant être complété puis soumis à l'application.
Ainsi deux modes de saisie sont proposés :
* Saisie en ligne via les formulaires proposés par l'application
* Saisie en masse en téléversant un fichier Excel. +
Portail d'accès aux données de BAOBAB, Base de données Afrique de l'Ouest incluant notamment les observations des campagnes AMMA et DACCIWA. +
La '''Direction générale déléguée "Bibliothèques et Appui à la Science Ouverte" (DGD BAPSO)''' est composée de 9 bibliothèques et dessert l'ensemble des étudiants et enseignants-chercheurs de l'université Grenoble-Alpes.
Elle porte, avec le [[GRICAD]], l''''atelier de la donnée [[CDGA|Cellule Data Grenoble Alpes]]'''. +
La base de données et de services BASECOL est un service de diffusion des données de taux de collisions atomiques et moléculaires d'intérêt astrophysique. En plus de fournir des taux de collisions, BASECOL fournit des prescriptions pour utiliser ces données dans les codes numériques astrophysiques. Le service comporte également une large bibliographie. BASECOL est interopérable avec d’autres bases de données de physique atomique et moléculaire comme les bases de spectroscopie CMDS, JPL et HITRAN. L’interopérabilité de ce service est assurée grâce à VAMDC (Virtual Atomic and Molecular Data Centre) et à l’outil SPECTCOL qui permet de combiner les données BASECOL et les données spectroscopiques. +
'''BASS2000''' archive et donne accès à des '''données d’observation du soleil''', fournies par différents observatoires en '''France'''. Les données sont issues d’instruments basés au sol, de type '''spectrohéliographes''', '''radiohéliographes''', '''coronographes''' et '''cartes synoptiques'''. Disponibles '''en libre accès''', elles sont destinées à être réutilisées dans un '''but exclusivement scientifique ou pédagogique'''. +
BAliBASE est une '''base de données qui contient des alignements de séquences multiples de haute qualité, construits manuellement et accompagnés d'annotations détaillées'''. Les alignements sont tous basés sur des superpositions structurelles tridimensionnelles, à l'exception des séquences transmembranaires.
Les utilisateurs peuvent :
* Consulter une liste de tous les alignements
* Télécharger la base de données complète par ftp
* Obtenir le programme "c" pour comparer un alignement test avec la référence BAliBASE,
* Consulter les résultats d'une étude comparative de plusieurs programmes d'alignement multiple, en utilisant les ensembles de référence BAliBASE. +
L''''Académie des sciences et des lettres de Berlin-Brandebourg''' est une société savante dont la tradition tricentenaire consiste à réunir d'éminents chercheurs et scientifiques au-delà des frontières nationales et disciplinaires.
En tant que plus grand institut de recherche non universitaire en sciences humaines de la région de Berlin-Brandebourg, il préserve et révèle l'héritage culturel de celle-ci, tout en menant des recherches et en proposant des conseils sur des questions cruciales pour l'avenir de la société et en offrant un forum de dialogue entre les chercheurs et le public. +
BBEES (Bases de données '''Biodiversité, Écologie, Environnement Sociétés''') est une Unité Mixte de Service de CNRS Écologie & Environnement et du Muséum national d’Histoire naturelle. Cette unité a pour objectif de structurer et d’optimiser le travail autour des '''bases de données de recherche''' sur la biodiversité naturelle et culturelle.
Afin de faciliter l’insertion des bases de données dans des dispositifs nationaux et internationaux, l’UMS BBEES propose un certain nombre de recommandations sur, par exemple :
*la constitution des corpus et le traitement des données ;
*le choix des outils ;
*la structuration des données ;
*les métadonnées. +
Le service d'accompagnement de l'UMS BBEES apporte un soutien scientifique, juridique et technique aux chercheurs de CNRS Écologie & Environnement désirant créer une '''base de données'''. Son rôle est de conseiller les chercheurs et de les orienter vers les services d’appui dont ils peuvent avoir besoin (informaticiens, documentalistes, juristes). Afin de faciliter l’insertion des bases de données dans des dispositifs nationaux et internationaux, l’UMS BBEES propose un certain nombre de recommandations sur, par exemple, la '''constitution des corpus''' et le '''traitement des données''', le choix des '''outils''', la '''structuration des données''', les '''métadonnées'''. +
'''BCL''' est un laboratoire intégrant des linguistes et des psychologues dont les recherches sont centrées sur le '''langage en tant que fonction cognitive : ses structures et processus, son fonctionnement et son acquisition'''.
Le laboratoire cherche à forger l’'''identité niçoise des études sur le langage par la dialectique puisée dans l’entrelacement d’un objet construit et théorisé, d’une méthodologie et d’une expertise dans des thématiques spécifiques'''. +
Le '''Bureau Central de Magnétisme Terrestre''', '''BCMT''', '''a pour objectif d'observer au sol le champ magnétique terrestre sur des échelles de temps allant du siècle à la seconde'''.
Les mesures magnétiques acquises par le BCMT permettent de mieux comprendre l'origine des variations du champ magnétique terrestre, non seulement sur de grandes échelles temporelles, pour l'étude de la variation séculaire du champ interne, mais aussi sur des échelles de temps plus courtes, pour l'étude de toutes les sources magnétiques externes (ionosphère, magnétosphère, etc).
Plateforme de services et d'observation, le BCMT est en charge de :
*l'observatoire magnétique national Français de Chambon -la-Forêt (Loiret, France),
*d'un réseau de plus d'une quinzaine d'observatoires à travers le monde (dans une dizaine de pays ainsi que dans les Terres Australes et Antarctiques Françaises), et
*d'un réseau métropolitain de stations de répétitions.
Le BCMT représente la contribution française au réseau international INTERMAGNET (International Real-time Magnetic Observatory Network, http://intermagnet.org/) qui est le réseau global des observatoires magnétiques vérifiant les standards internationaux de qualité et transmettant leurs données en temps quasi-réel.
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +