Bordeaux Metalobome

  Bordeaux Metalobome

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Plateforme Bordeaux Metabolome,
URL	https://metabolome.u-bordeaux.fr
Contact	bordeaux-metabolome@inrae.fr
Localisation	Villenave d’Ornon
Structure d'appartenance	BFP, LBM (UMR 5200), OENO
Tutelles	CNRS, INRAE, Université de Bordeaux

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Planification

Analyse

Documentation

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La plateforme Bordeaux Metabolome fédère les outils et les savoir-faire pour l’étude du métabolome, du lipidome et la mesure de flux métaboliques.

Elle réalise des adaptations et des développements technologiques et conçoit et implémente des stratégies analytiques et outils bioinformatiques dans les domaines métabolome, phénotypage métabolique, lipidomique et fluxome.

La Plateforme sert de support aux recherches en génomique fonctionnelle, génétique, pathologie, écophysiologie et biologie intégrative des plantes dans le cadre de collaborations régionales, nationales et internationales.

Elle est notamment utilisée pour :

• L’établissement et l’interprétation de profils métabolomiques,
• Le phénotypage biochimique,
• L’étude des aspects dynamiques du métabolisme,
• L’analyse fonctionnelle du métabolisme des lipides.

La Plateforme Bordeaux Metabolome accueille de manière personnalisée des étudiants et scientifiques et les forme aux technologies et outils métabolomiques, lipidomiques et de phénotypage métabolique.

Elle propose les équipements suivants :

• 2 Spectromètre de RMN (500 et 600 MHz)
• 5 Couplages LC-MS (comprenant LC-HRMS)
• 2 Couplages GC-MS
• 2 Couplages GC-FID
• Chaîne UHPLC-DAD
• Systèmes robotisés de phénotypage métabolique à haut débit en microplaques

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

• Génomique fonctionnelle
• Génétique
• Pathologie
• Écophysiologie et biologie intégrative des plantes
• Bioinformatique
• Métabolomique

Type de données :Profils métabolomiques, Matrices biologiques

Communauté d'utilisateurs : Etablissements publics et entreprises Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants, Ingénieurs, Acteurs du secteur privé

Conditions d'usage : Après un premier contact avec le responsable de l’activité, il est nécessaire de soumettre une demande d’analyse (https://mama-webapp.metabohub.fr). Celle-ci est validée ou non après une étude de faisabilité. La réalisation des analyses se fait soit dans le cadre d’une prestation de service, soit dans le cadre d’une collaboration. Dans certains cas, l’établissement d’une convention de recherche est obligatoire. Les analyses s’effectuent par campagne. Un délai de plusieurs mois peut donc séparer l’acceptation d'un projet de sa réalisation.

Conditions tarifaires : Gratuit

Certification/Label :ISO 9001:2015 (https://www.ibisa.net/certificats/certificat ISO 11.pdf)

IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/bordeaux-metabolome-11.html)

Conditions générales d'utilisation :

Bordeaux Metalobome est en lien avec les services et structures

MetaboHUB, Phenome-Emphasis France

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
BFP	Maggot Bordeaux Metalobome
LBM (UMR 5200)	Bordeaux Metalobome
OENO	Bordeaux Metalobome

Centre National de la Recherche Scientifique

2015

Systèmes de management de la qualité

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.