TGML

  TGML

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Transcriptomique et génomique Marseille Luminy, TAGC-BU
URL	https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy
Contact	denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr
Localisation
Structure d'appartenance	TAGC, France Génomique
Tutelles	INSERM, Aix-Marseille Université

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

La plateforme TGML propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au séquençage à haut débit. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du transcriptome et de la génomique fonctionnelle. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).

Les services proposés sont :

• Biologie moléculaire

1. Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
2. Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
3. Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq

• Bioinformatique :

1. Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
2. OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
3. PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génomique
• Biostatistique
• Logiciel
• Séquençage
• Analyse à grande échelle

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 (https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf)

NFX 50-900:2016 (https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf)

IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation :

TGML est en lien avec les services et structures

IFB

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex
TAGC	TGML

2015

Systèmes de management de la qualité

Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.