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E
''' EaSy Data''' a été identifié comme étant l’'''entrepôt thématique national''' des données dites « orphelines » ou de longue traine de l’Environnement et du Système Terre. Les '''données de longue traîne''' peuvent y être déposées simplement, dans le respect des principes FAIR, et bénéficier d’un DOI pour chaque jeu de données. Une équipe de référents thématiques distribués accompagne et conseille les utilisateurs tout au long du processus.
Cet '''entrepôt de données thématique''' est porté par l’ensemble des partenaires de l’IR DATA TERRA et des pôles de données (CNRS, CNES, IRD, INRAE, Météo-France, Ifremer, IGN, BRGM, …). Une équipe dédiée associant des experts du BRGM et de DATA TERRA coordonne sa mise en œuvre. L’entrepôt est hébergé au BRGM.
Les '''métadonnées respectent les principes FAIR''' conformément aux recommandations nationales et européennes. Des vocabulaires sont utilisés pour améliorer la qualité de description des jeux de données et garantir un certain niveau d’interopérabilité entre systèmes. Un système de modération assure la qualité des dépôts effectués. Elles respectent les standards et directives du domaine ('''ISO 19115-3, INSPIRE'''). Elles sont compatibles et exportables vers d’autres formats et schémas de métadonnées (GeoDCAT-AP, DataCite, ..). Elles sont accessibles via des API standardisées dans différents formats (JSON, XML, RDF).
EaSy Data '''rendra visible les jeux de données d’autres entrepôts thématiques''' (e.g. Seanoe, Data Indores), et les '''données stockées dans cet entrepôt seront référencées au niveau du catalogue de DATA TERRA mais également au niveau national dans le catalogue de Recherche Data Gouv'''.
L’entrepôt de données peut être moissonné via des protocoles normalisés du CSW (voir https://www.easydata.earth/api/csw). Les métadonnées de l’entrepôt seront visibles dans les catalogues de données et des services de l’IR DATA TERRA et dans le catalogue de la plate-forme nationale fédérée de la recherche.
EaSy Data propose une interface conviviale et simple d’utilisation pour le dépôt et les recherches. Il est basé sur des standards reconnus par les communautés du Système Terre et de l’Environnement, facilitant la '''découverte et la réutilisation des données''' déposées.
A
'''''archeofrag''''' est un package R pour l''''analyse des unités spatiales archéologiques''' (par ex. des couches stratigraphiques, des fosses, l'intérieur et l'extérieur d'un bâtiment, etc.) à partir des relations de remontage entre morceaux d'objets fragmentés. Il '''implémente la méthode TSAR''' (''Topological Study of Archaeological Refitting'') tirant parti des outils de la théorie des graphes pour modéliser les relations de connexion entre fragments adjacents issus d'un même objet. Les fonctions du package permettent :
* de '''créer, manipuler, vérifier, altérer et simuler des graphes de fragmentation''',
* de '''mesurer la cohésion et le mélange d'unités spatiales archéologiques''',
* '''caractériser les propriétés topologiques''' d'un ensemble de relations de connexion entre fragments.
Le simulateur permet de générer des graphes artificiels pouvant être comparés aux observations réalisées sur des données de terrain.
== Références ==
* '''Plutniak, S. 2021'''. “The Strength of Parthood Ties. Modelling Spatial Units and Fragmented Objects with the TSAR Method – Topological Study of Archaeological Refitting”, ''Journal of Archaeological Science'', 136, p. 105501. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jas.2021.105501.
* '''Plutniak, S. 2022'''. “Archeofrag: an R package for Refitting and Spatial Analysis in Archaeology”, ''Journal of Open Source Software'', 7 (75), p. 4335. DOI: https://doi.org/10.21105/joss.04335.
* '''Plutniak, S. 2022'''. “Archeofrag: un package R pour les remontages et l'analyse spatiale en archéologie”, ''Rzine'', https://rzine.fr/ressources/20220811_archeofrag_joss/
* '''Plutniak, S. 2022'''. “L'analyse topologique des remontages archéologiques : la méthode TSAR et le package R archeofrag”, ''Bulletin de la Société préhistorique française'', 119 (1), p. 110–113.
* '''Plutniak, S., J. Caro, C. Manen 2023'''. “Four Problems for Archaeological Fragmentation Studies. Discussion and Application to the Taï Cave’s Neolithic Pottery Material (France)”, in A. Sörman, A. Noterman, M. Fjellström (eds.) ''Broken Bodies, Places and Objects. New Perspectives on Fragmentation in Archaeology'', London: Routledge, p. 124–142. DOI: https://doi.org/10.4324/9781003350026-11.
'''Le service a été évalué par le ''Journal of Open Source Software'' (https://doi.org/10.21105/joss.04335)'''.
2
'''2P2IDB''' est une '''base de données structurale''' dédiée aux '''interactions protéine-protéine''' pour lesquelles des '''inhibiteurs d’interface''' ont été caractérisés. Cette base de données développée et maintenue par le [[CRCM]] contient des données structurales sur les interfaces protéine-protéine et leurs inhibiteurs connus. +
3
'''3P''' est '''une unité expérimentale Physiologie et Phénotypage des Porcs de l’INRAE''' qui met à disposition de la communauté scientifique '''des compétences et des outils autour du modèle expérimental porcin comme espèce cible ou comme organisme modèle'''. +
A
'''ABCdb''', '''Archaeal and Bacterial ABC Systems database''', est une base de données de systèmes ABC de bactéries et d’archées.
L'URL n'étant plus active, nous sommes en attente de nouvelles informations. +
'''ABDo''' propose une offre de services variée destinée à l'ensemble de la communauté scientifique bordelaise partenaire, notamment les chercheurs, les enseignants-chercheurs et les personnels d'appui à la recherche des plus de 100 unités de recherche présentes sur le site. L'atelier s'adresse tout particulièrement aux porteurs de projets tenus de respecter les règles de '''gestion des données de recherche''' imposées par leur financeur, aux doctorants des 9 écoles doctorales du site bordelais, et à l'ensemble des personnels d'appui à la recherche concernés par les enjeux de la gestion des données.
Les services proposés sont :
* FAIRisation
* Formation
* Plan de gestion des données
* Aide au stockage
* Aide au choix et au dépôt dans un entrepôt
* Codes & logiciels, calcul
* Cahiers de laboratoires électroniques
* Sobriété numérique.
Il a été '''labellisé Atelier de la donnée'''. +
'''ADES''' est le '''portail national d’Accès aux Données sur les Eaux Souterraines''' pour la France métropolitaine et les départements d’outre-mer. Il rassemble sur un site Internet public des '''données quantitatives et qualitatives relatives aux eaux souterraines'''.
Les objectifs de cet outil sont de :
*constituer un outil de collecte et de conservation des données sur les eaux souterraines,
*être mobilisable par un large ensemble de partenaires,
*permettre les traitements nécessaires à l’action de chacun des partenaires,
*être le guichet d’accès aux informations sur les eaux souterraines,
*avoir un suivi de l’état des ressources pour répondre à la politique des eaux souterraines,
*adopter au niveau national un principe de transparence et d’accessibilité aux données sur les eaux souterraines.
ADES s’inscrit dans le système d'information sur l'eau, [[SIE]], dispositif créé par l'État pour le partage et la mise à disposition des données sur l'eau. +
'''ALICE''' - '''A Large Ion Collider Experiment''' - est un '''détecteur spécialisé dans la physique des ions lourds installé sur l’anneau du Grand collisionneur de hadrons (LHC)'''. Il a été conçu pour étudier les propriétés physiques de la matière soumise à l’interaction forte, à des densités d’énergie extrêmes auxquelles une phase de la matière appelée plasma quarks-gluons se forme.
La collaboration ALICE étudie le plasma quarks-gluons pendant qu’il se dilate et se refroidit, observant comment il donne progressivement naissance aux particules qui constituent la matière de notre univers.
Pour étudier le plasma quarks-gluons, la collaboration ALICE utilise le détecteur ALICE, qui pèse 10 000 tonnes et mesure 26 mètres de long, 16 mètres de haut et 16 mètres de large. Celui-ci est installé dans une vaste caverne située à 56 mètres sous terre, à proximité du village de Saint-Genis-Pouilly (France), où il reçoit les faisceaux du LHC. +
'''APOLLON''' est une infrastructure de recherche (IR) opérée par le Laboratoire pour l’Utilisation des Lasers Intenses (LULI) et placée sous la tutelle du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et de l’École polytechnique. Elle est conçue pour atteindre '''une puissance laser multipetawatt exceptionnelle'''.
APOLLON délivre '''un ensemble de sources laser ultra-intenses et ultra-brèves''', superposables sur une même tache focale et synchronisables, d'énergie totale maximale sur cible de 265 J. Il alimente 2 salles expérimentales, la salle « courte focale » pour '''générer des faisceaux de protons, d’ions et de rayonnements X''', et la salle « longue focale » dédiée à '''l'accélération d'électrons''' sur plusieurs dizaines de mètres.
Le laser APOLLON devrait à terme atteindre une puissance de 10 PW et sera exploité dans le cadre de la recherche fondamentale et appliquée ('''physique en champ fort''', '''accélération de particules au-delà du GeV''').
Cet instrument permet d’explorer de nouveaux domaines de '''la physique relativiste''' à '''la physique du vide''', par la réalisation d’expériences d’interactions avec la matière à très haute intensité, pour des applications finales liées à '''l’énergie''', '''la biologie''', '''la médecine''' et '''le nucléaire'''.
Le '''logiciel [[Smilei]] a été développé pour accompagner les activités de recherche autour d’Apollon'''. Cet outil est calibré pour '''simuler les interactions lumière-matière présentes au sein des expériences menées avec ce laser'''. Il permet de concevoir en amont les expériences et de prévoir ce qu’il se passera lors de celle-ci.
L’infrastructure dispose d'une [https://apollonlaserfacility.cnrs.fr/wp-content/uploads/2022/06/APOLLON-data-policy.pdf politique de données]. +
'''ARCHITOUL''', la bibliothèque numérique de la Maison des Sciences de l’Homme et de la Société de Toulouse (MSHS-T) '''sauvegarde, valorise et diffuse des fonds d'archives scientifiques''' de chercheurs et chercheuses en Science Humaines et Sociales de la région Occitanie. +
'''ARDoISE''' labellisé "Atelier de la donnée" par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche en juin 2024, porté par l’Université Rennes 2 et l'Université de Rennes, est un '''réseau d'appui qui accompagne les équipes de recherche de toutes disciplines des établissements du site rennais dans la structuration, la gestion et le partage de leurs données, codes sources et logiciels de recherche dans une logique FAIR et tout au long du cycle de vie de la donnée'''.
Constituée de bibliothécaires, documentalistes et ingénieurs de l’université de Rennes, de l'université de Rennes 2, de l’Inserm, de l'INRAE, de l’Inria, et de l'URFIST, la cellule opérationnelle est étoffée de correspondants experts (DPO, archivistes, informaticiens, documentalistes et ingénieurs de laboratoires ou plateformes, correspondants des nœuds thématiques et centre de ressources...). Elle offre un '''guichet unique''' qui répond à vos questions et vous propose un accompagnement au traitement et à la gestion de vos données de recherche dans la perspective du partage et de l'ouverture contrôlée de vos données de recherche.
Depuis 2023, l'Université Rennes 2 dispose d'un espace institutionnel sur l'entrepôt Recherche Data Gouv destiné aux communautés de recherche qui ne disposent pas d'entrepôt disciplinaire reconnu.
La gamme de ses services couvre l’'''ensemble du cycle de la donnée de la sensibilisation à la mise en œuvre''' et s’organise autour de 3 types d’action :
# Simplification d’accès et orientation
# Sensibilisation et formation
# Accompagnement
ARDoISE propose neuf services :
* '''Guichet unique''' vers tous les acteurs de la donnée
* Accompagnement à la '''rédaction de plans de gestion de données'''
* '''Formation et sensibilisation à la gestion FAIR et à l’ouverture des données de la recherche et codes sources et logiciels'''
* '''Accompagnement au dépôt, partage et diffusion des données'''
* Accompagnement à la '''préservation et la sécurisation des données'''
* Conseils juridiques et éthiques
* '''Accompagnement à l’ouverture des codes sources et logiciels'''
* Accompagnement à la reproductibilité de la recherche et à l’utilisation des cahiers de laboratoire électroniques
* Espace recherche dédié aux données de la recherche
Le projet ARDoISE s’est construit en complémentarité avec des « centres de références thématiques » :
* Institut français de bioinformatique : [[GenOuest]]
* Pôle national de données de biodiversité ([[PNDB]])
* Sciences humaines : Maison des sciences de l’homme en Bretagne ([[MSHB]]), liée à [[Huma-Num]]
* Plateforme universitaire des données de Rennes (PUD Rennes), service de la MSHB, membre de [[PROGEDO]],
et du « Centre de ressources » l’[[URFIST de Rennes|URFIST Bretagne Pays de Loire]] membre du GIS URFIST.
ARDoISE a été labellisé '''atelier de la donnée''' par [[Recherche Data Gouv]].
'''ASPIC''' est un portail dédié à l’accès aux données à valeurs ajoutées issues d’enquêtes spectroscopiques ou spectro-photométriques publiées et/ou hébergées au Centre de données astrophysiques de Marseille (CeSAM), Laboratoire d’Astrophysique de Marseille (LAM).
L’expertise offerte par ASPIC vise à traiter toute la chaîne de mesure, y compris les mesures de redshift et d’évaluation de la fiabilité, l’accès aux spectres et les données auxiliaires appariées comme la photométrie multibande via un système d’information dédié.
ASPIC délivre les données de grands sondages photo-spectroscopiques, avec accès direct aux catalogues et aux spectres. Archives intégrées de données spectrophotométrques: El COSMOS, MUSE-Wide, VIMOS public extragalactic redshift survey, VIMOS VLT deep survey, VIMOS ultra deep survey, z-COSMOS survey, GAMMA survey, 6dF Galaxy survey. Outils de fouille de données.
En 2023 devrait fusionner avec [[GAZPAR]] pour donner un seul SNO GASPIC +
'''ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier''' fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.
Expertise :
*'''Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression''' (SAGE)
*'''Assemblage de transcriptome de novo''' (RNA-seq)
*'''Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq'''
*'''Analyse génomique''' : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
*'''Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques'''
Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique +
'''ATLAS''' est l’un des deux '''détecteurs polyvalents du Grand collisionneur de hadrons (LHC)'''. Il étudie des domaines de physique très variés, de la recherche du boson de Higgs aux dimensions supplémentaires de l’espace-temps, en passant par les particules qui pourraient former la matière noire.
Les faisceaux de particules du LHC entrent en collision au centre du détecteur ATLAS. Les débris de collision ainsi produits forment de nouvelles particules, qui émergent du point de collision dans toutes les directions. Six sous-systèmes de détection différents disposés en couches autour du point de collision enregistrent la trajectoire, l’impulsion et l’énergie des particules, ce qui permet d'identifier chacune d'elles. Un énorme système d’aimants permet d’incurver la trajectoire des particules et, ainsi, de mesurer leur impulsion.
Les interactions produites dans les détecteurs d’ATLAS créent un énorme flux de données. Pour assimiler ces données, ATLAS utilise un système de « déclenchement » de pointe, qui indique au détecteur les événements devant être enregistrés et ceux devant être ignorés. Des systèmes complexes d’acquisition de données et de calcul sont ensuite utilisés pour analyser les événements enregistrés. Mesurant 46 m de long, 25 m de haut et 25 m de large, et pesant 7000 tonnes, le détecteur ATLAS est le détecteur de particules le plus volumineux jamais construit. Il se situe dans une caverne, à 100 m sous terre, à proximité du site principal du CERN et de la commune de Meyrin, en Suisse. +
'''ATLASea data portal''' est le portail de données du [[ATLASea|PEPR ATLASea]]. Les données sont donc dérivées de ce programme. Les données sur le génome seront disponibles dans l'entrepôt [[ENA]]. +
'''Adonis''' ( '''Acquisition de DONnées à l'INRAE''') est un un '''logiciel d’acquisition de données''' développé et déployé à l'INRAE. Il intègre des '''fonctionnalités d'aide à la saisie des observations et des mesures réalisées dans les dispositifs d’expérimentation végétale''' (serre, champ, verger, forêt, ...). Adonis permet l’acquisition et la structuration des données sur le terrain, dans le cadre d’expérimentations végétales. Son utilisation fiabilise les saisies et assure leur traçabilité. Les données et l’ensemble des informations relatives à leur acquisition sont centralisés et peuvent être organisés selon des nomenclatures mutualisées pour faciliter les échanges dans les réseaux d’expérimentations.
L'application permet de réaliser :
*la conception de l’expérimentation et l’organisation de la saisie au bureau,
*la saisie des données et métadonnées sur le terrain à l’aide d’ordinateur (portables, tablettes, ...),
*la réintégration de ces données au bureau.
Le logiciel Adonis intègre naturellement des fonctionnalités permettant de répondre aux deux critères essentiels de la démarche qualité, à savoir la fiabilité des données produites et la traçabilité de l’activité expérimentale.
Il se compose de 2 utilitaires : Adonis bureau et Adonis terrain.
Le projet Adonis est piloté par la CNUE (Commission Nationale des Unités Expérimentales), en partenariat avec les Départements AgroEcoSystem (Agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes ), ECODIV (Ecologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques), BAP (Biologie et Amélioration des Plantes) et SPE (Santé des Plantes et Environnement) ainsi que la DSI (Direction du Système d'Information). +
'''AgroPortal''' est le foyer des '''ontologies et des artefacts sémantiques dans l'agroalimentaire et les domaines connexes'''.
En téléchargeant et partageant une ontologie sur AgroPortal, il est possible de :
* Découvrir de nouvelles perspectives et connaissances en explorant d'autres ontologies ou ressources sémantiques dans le répertoire.
* Contribuez au '''partage de connaissances et à l'interopérabilité sémantique du domaine'''.
* '''Cartographier une ontologie avec d'autres ontologies pertinentes''' dans le domaine et collaborer avec d'autres utilisateurs.
* Obtenir des retours et des suggestions d'autres utilisateurs qui peuvent utiliser et commenter l'ontologie.
* '''Décrire précisément une ontologie avec des métadonnées pertinentes et obtenir un score FAIR'''.
Les "slices" permettent aux utilisateurs d''''interagir (à la fois via l'API ou l'interface utilisateur) uniquement avec un sous-ensemble d'ontologies''' dans AgroPortal. Sur AgroPortal, les slices et les groupes sont synchronisés, de sorte que chaque groupe a une slice correspondante affichant uniquement les ontologies de ce groupe. +
'''Agropolis Fondation''' est une fondation de coopération scientifique, reconnue d’utilité publique, créée en 2007 par le [[Cirad]], l’[[INRAE]] et l’[[Institut Agro]], rejoints en 2008 par l’[[IRD]], et en 2018 par l’[[Université de Montpellier]].
Sa mission générale est de '''soutenir, par la recherche et l’enseignement supérieur, le développement et la diffusion des connaissances'''. Historiquement au service des acteurs de l’'''agriculture et du développement durable, elle élargit aujourd’hui son champ d’actions aux thématiques de la santé et de l’environnement''', dans une logique interdisciplinaire.
Elle s’appuie sur un réseau scientifique de rang mondial regroupant plus de 1 600 chercheurs et enseignants-chercheurs, avec une ouverture spécifique sur les régions tropicales et méditerranéennes.
Agropolis Fondation est '''certifiée ISO 9001 pour l’ensemble de ses activités''' depuis 2011. +
'''Airbus Defence and Space''' est l’une des trois divisions du groupe Airbus, spécialisée dans les avions militaires, les drones, les missiles, les lanceurs spatiaux et satellites artificiels. +
'''ArchiPolis''' est un réseau coopératif multi-métiers fédérant des laboratoires menant des recherches empiriques en sciences sociales dans le domaine du politique. Il rassemble 8 unités de recherche :
* Le Centre de Données Socio-Politiques ([[CDSP]]), assure également le portage administratif ;
* Le Centre d’Études Européennes ([http://www.sciencespo.fr/centre-etudes-europeennes/fr CEE]) ;
* Le Centre de Recherches Politiques ([https://www.sciencespo.fr/cevipof/ CEVIPOF]) ;
* Le Centre de Recherche sur les Inégalités Sociales ([http://www.sciencespo.fr/osc/fr CRIS]) ;
* Le Centre de Sociologie des Organisations ([http://www.cso.edu CSO]) ;
* Le Centre d’Études et de Recherches Administratives, Politiques et Sociales ;
* L'UMR Politiques publiques, Action politique, Territoires ([https://www.pacte-grenoble.fr/ Pacte]) ;
* L'UMR Action, discours, pensée politique et économique ([http://triangle.ens-lyon.fr/ Triangle]).
ArchiPolis a été labellisé par l'IR* Huma-Num entre 2012 et 2016.
L’objectif du consortium est de proposer des méthodes et des outils communs pour la '''sauvegarde des archives d'enquêtes en sciences sociales du politique'''. Il a notamment développé un outil commun d’[https://catalogues.cdsp.sciences-po.fr/dataverse/archipolis inventaire des enquêtes qualitatives en sciences sociales]. Il s'accompagne de '''méthodes et bonnes pratiques d’inventaire et d’archivage''' et d’une '''sensibilisation des chercheurs''' à ces démarches. Il s’agit de rendre ces enquêtes intelligibles grâce à une '''documentation''' et une '''mise en contexte''' conséquentes. Le travail du consortium est mené en collaboration avec les réseaux d’archivistes et de documentalistes des universités et établissements d’enseignement supérieur et de recherche. +