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O
'''Orphanet est un portail et serveur d'informations dédié aux maladies rares et aux médicaments orphelins en libre accès pour tous publics'''.
Créé en France par l’Inserm, afin de rassembler les connaissances disponibles sur les maladies rares pour améliorer le diagnostic, le soin et le traitement des patients.Cette initiative est devenue un effort européen, financée par des contrats de la Commission européenne. Orphanet s'est progressivement transformé en un réseau de 41 pays, répartis en Europe et à travers le monde.
Orphanet propose une gamme de services gratuits et en libre accès :
*[https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/Disease_Search.php?lng=FR Un inventaire des maladies rares] aligné avec des ressources telles que OMIM, CIM10 (ICD10), MeSH, MedDRA, GARD et UMLS, ainsi qu’une [https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/Disease_Classif.php?lng=FR classification] des maladies élaborée d’après les classifications d'experts déjà publiées.
*[https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/Disease_ProEncyclo.php?lng=FR Une encyclopédie sur les maladies rares] en anglais.
*[https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/Drugs.php?lng=FR Un inventaire des médicaments orphelins] à tous les stades de développement.
*Un répertoire des ressources expertes, qui fournit des informations sur les centres experts, les laboratoires de diagnostic, les projets de recherche en cours, les essais cliniques, les registres , réseaux, les plateformes technologiques et les associations de patients, dans le domaine des maladies rares dans chaque pays du consortium Orphanet.
*Un outil d'aide au diagnostic permettant aux utilisateurs de réaliser des recherches par signes cliniques et symptômes.
*Une encyclopédie de recommandations pour les soins médicaux d'urgence et l'anesthésie
*OrphaNews, une lettre d’information électronique bimensuelle qui présente un aperçu des actualités scientifiques et politiques sur les maladies rares et les médicaments orphelins, en anglais, français et italien.
*Une collection de rapports de synthèse, les [https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/Education_Home.php?lng=FR Cahiers d’Orphanet], portant sur des sujets transversaux, directement téléchargeables depuis le site Orphanet.
*[[Orphadata]], une plateforme qui fournit des jeux de données de grande qualité sur les maladies rares et les médicaments orphelins, dans un format réutilisable et informatisé.
*L’[http://www.orphadata.org/cgi-bin/index.php#ontologies Ontologie Orphanet des maladies rares] (Orphanet Rare Disease Ontology ; ORDO), un vocabulaire structuré pour les maladies rares, issu de la base de données d’Orphanet et montrant les relations entre les maladies, les gènes et d’autres caractéristiques pertinentes. ORDO fournit des données intégrées et réutilisables pour des analyses informatiques.
'''Ortolang''' est un équipement d'excellence, offrant un '''réservoir de données''' (corpus, lexiques, dictionnaires, etc.) et d’'''outils''' sur la langue et son traitement. Son but est de permettre la recherche sur l’analyse, la '''modélisation''' et le '''traitement automatique''' des langues de France. Il propose un '''accompagnement''' au '''dépôt des données''', ainsi que différentes modalités de '''diffusion des données''' (en accès libre, en accès restreint ou sous embargo). +
P
'''P2IO''', pour '''Physique des 2 Infinis et des Origines''', est l'un des 100 laboratoires d'excellence (LabEx) approuvés par le gouvernement en Mars 2011 dans le cadre des Investissements d'avenir financés par le Grand Emprunt de 2010 et prolongé en 2020 pour une période de 5 ans.
Le LabEx réunit les laboratoires du Campus Paris-Saclay impliqués dans la '''physique de l'infiniment petit, de l'infiniment grand et de l'étude des conditions d'apparition de la vie'''.
Les laboratoires et équipes partenaires relèvent de 5 tutelles : CEA, CNRS, École polytechnique, Université Paris Saclay, et Université de Paris et est organisé comme un réseau de 17 laboratoires appartenants aux unités suivantes : IJCLab, IPHT, Irfu, CPHT, LLR, IAS, SERMA.
P2IO couvre un champ disciplinaire très large (physique des particules, physique nucléaire, physique des astroparticules, astrophysique, sciences des accélérateurs) tant sur le plan expérimental que théorique ou l'instrumentation et ses interfaces.
P2IO tente d'apporter des réponses aux problématiques complexes que pose la physique expérimentale et théorique, de l'infiniment petit à l'infiniment grand, des origines aux conditions de la création de la vie. Le labex dispose d'instruments d'excellence pour produire, détecter et analyser des radiations. Le labex est basé sur trois piliers : l'exploration, la transformation, la structuration. +
'''PANDO''', la '''machine HPC (High Performance Computing) de calcul scientifique de haut niveau''' est dédiée à l’ensemble des départements de recherche de l'ISAE-SUPAERO, avec des applications en '''mécanique des fluides, mécanique des structures, électromagnétisme et intelligence artificielle'''.
La plateforme PANDO c'est :
* Une '''puissance de calcul de 206 TFlops'''
* Un total de '''104 Nœuds de calculs pour un total de 2496 cœurs de calcul'''
* Un '''stockage distribué''' de 275 To
* '''2 Nœuds disposant chacun de deux accélérateurs graphique de dernière génération'''
* '''2 Nœuds de visualisation à distance''' pouvant chacun accueillir jusqu’à 8 utilisateurs simultanément. +
'''PANELS''' accompagne les laboratoires à toutes les étapes d’une recherche requérant des '''collectes de données''', des '''traitements statistiques''', des modélisations et des interprétations, conseille sur les '''sources de données disponibles''', leurs modes d’accès et d’utilisation. Elle propose un accompagnement méthodologique dans l’élaboration d’'''enquêtes''' quantitatives ou qualitatives outillées et dans le déploiement de bases de données sécurisées. Elle propose des formations à des logiciels spécialisés (de type '''gestion de base de données''', '''traitement des données''', '''réalisation d’enquêtes''', '''visualisation cartographique'''). +
'''PANGAEA''' est un entrepôt pour l''''archivage, la publication et la diffusion de données géoréférencées issues des sciences de la Terre, de l'environnement et de la biodiversité'''. +
'''PARCOURS (Patrimoine culturel et restauration-conservation : ontologie pour un référentiel commun aux différentes sources de données)''' veut permettre un usage unifié de sources très différentes de données.
Il s’agit à la fois de '''rendre interopérables les systèmes de données''' des différents centres de recherche du ministère de la culture et de réaliser une '''ontologie de ces données'''. +
'''PARI/GP''' est un '''système de calcul formel conçu pour des calculs rapides en arithmétique''' mais contient aussi un grand nombre de fonctions pour le calcul matriciel, l'intégration ou la sommation numérique, ainsi que de nombreuses fonctions transcendantes. Pour accélérer certains calculs, PARI est aussi disponible sous forme de bibliothèque C.
PARI est une bibliothèque C, permettant des calculs rapides.
gp est un interpréteur, donnant accès aux routines de PARI, mais bien plus simple et intuitif à utiliser.
GP est le nom du langage compris par gp.
gp2c est un compilateur qui permet de traduire le langage GP en langage C. Cela permet de cumuler les avantages de gp et de PARI, en compilant les scripts GP en C, puis en chargeant les fonctions correspondantes dans gp de façon transparente (un script compilé par gp2c sera typiquement quatre fois plus rapide). Actuellement, gp2c ne sait gérer qu'une partie du languge GP.
Il est utilisé mondialement par la quasi-totalité des théoriciens des nombres. La communauté des utilisateurs est estimée à 25 000 personnes. +
'''PDBe''' (Protein Data Bank Europe) est un entrepôt de '''biologie''' qui concerne les données en lien avec la '''biophysique''' et les '''protéines'''.
PDBe accepte des '''structures 3D de molécules biologiques''' (protéines, ADN, ARN). +
'''PEA²t''' est une infrastructure d'équipements et de moyens destinés à répondre aux problématiques scientifiques environnementales dans toutes leurs dimensions. En raison de la nature inter- et pluridisciplinaire des questionnements soulevés par les enjeux environnementaux, la plateforme offre une chaine complète de services, allant des outils de collecte d’échantillons environnementaux de nature variée dans des matrices potentiellement complexes ou d’accessibilité difficile, aux outils analytiques permettant la collecte d’informations physiques, chimiques et biologiques, jusqu’aux outils de référencement, stockage et conservation des échantillons collectés, et de modélisation.
Elle est structurée en sept domaines d’expertise :
'''1- Monitoring in situ et Expérimentation en conditions contrôlées'''
Instrumentation et biosurveillance in situ pour le suivi long terme des milieux naturels dans le cadre des SNO et zones ateliers ; dispositifs de culture et d’élevage en enceinte climatique
'''2- Analyses Paléo-environnementales'''
Reconstitutions paléoenvironnementales et paléoécologiques à partir des archives naturelles et anthropiques
'''3- Caractérisations chimiques de matrices environnementales complexes'''
Identification qualitative et quantitative des composés organiques et inorganiques dans de multiples matrices environnementales
'''4- Caractérisations physiques des géo-matériaux'''
Mesures pétrophysiques et géophysiques de la croûte profonde à la zone critique
'''5- Isolation et caractérisation de l’ADN environnemental'''
Mise en œuvre de techniques de biologie moléculaire telles que la PCR quantitative, ou la métagénomique pour l'analyse de l'ADN issu d'échantillons environnementaux
'''6- Chimie quantique, simulation numérique et rayonnements'''
Moyen d’outils de calcul liés à la chimie quantique et à la simulation numérique dans des domaines aussi variés que la radiothérapie, l’interaction rayonnement/matière ou les mécanismes d’oxydo-réduction en milieu biologique
'''7- Synthèse et caractérisation physico-chimique de nanoparticules multifonctionnelles'''
Développement de nanomatériaux multifonctionnels pour des applications médicales notamment des nanomédicaments utilisés dans le cadre d’une thérapie guidée par l’imagerie
'''PELAGIS''', '''Systèmes d’Observation pour la Conservation des Mammifères et Oiseaux Marins''', rassemble les programmes d’observation et d’expertise sur la conservation des populations de mammifères et oiseaux marins ainsi que la gestion des bases de données associées. L’unité repose sur cinq bases de données démographiques, spatialisées et biologiques et une banque de prélèvements biologiques.
Les principales actions concernent le suivi de l’'''abondance''' et de la '''démographie''', la détermination de la '''distribution''' et des habitats critiques ainsi que l’estimation des paramètres biologiques des mammifères et oiseaux marins. Différents méthodes sont mises en œuvre pour y parvenir notamment le '''suivi des échouages''', les '''observations en mer''', la '''télémétrie''' ou encore l’'''acoustique'''.
De plus l’observatoire PELAGIS assure la production de synthèses et rapports réglementaires, l’évaluation de scénarios de gestion et d’unités de conservation, et l’entretien des bases de données sur les prédateurs supérieurs marins +
'''PEMI''', pour '''Plateforme d'Expertise pour la Mobilité Intelligente''', est une plateforme universitaire de la '''Maison des sciences de l'homme en Bretagne''' centrée sur les '''usages du numérique dans le domaine de la mobilité'''. L’objectif de la plateforme est d’accompagner les acteurs privés (entreprises, start-ups) et publics (collectivités, académiques) qui souhaitent appréhender et analyser les mobilités, et mettre en oeuvre des actions de développement de solutions numériques au service de la mobilité.
Pour répondre à ces objectifs, PEMI met à disposition '''des moyens humains''' (ingénieurs) et '''techniques''' (matériel, locaux, panel testeurs, etc.).
La plateforme s'articule autour de 2 grands axes:
* l'évaluation des usages de solutions innovantes en matière de mobilité
* la collecte, l'analyse et la valorisation de données de mobilité +
'''PHENOMIN''' est une '''infrastructure nationale en biotechologie et santé''' qui fournit des services à l'ensemble des laboratoires français '''dans le domaine de la phénogénomique'''. L'Infrastructure a pour but :
*De développer des outils d'ingénierie génétique pour la souris et le rat
*De sécuriser l'hébergement des animaux en assurant leur bien être et l'éthique
*De compléter le phénotypage haut débit en développant de nouveaux essais fonctionnels pertinents
*De construire une ressource unique de modèles pour la recherche fondamentale, l'innovation biotechnologique et biopharmaceutique.
PHENOMIN rassemble 3 centres complémentaires au service de la communauté scientifique pour l'utilisation des modèles murins en Recherche : le Centre d'ImmunoPHEnomique ([[CIPHE]]), l'[[PHENOMIN-ICS|Institut Clinique de la Souris (ICS)]], le [[PHENOMIN-TAAM|Typage et Archivage des Animaux Modèles (TAAM)]]. +
'''PLATINOM, la PLATeforme de technologie et d'INstrumentation pour l'Optique et les Microondes''', est le centre de ressources technologiques d'XLIM. PLATINOM rassemble un ensemble de moyens expérimentaux de caractérisation et de fabrication, et des équipes qualifiées qui assurent le fonctionnement et le développement de la plateforme.
PLATINOM regroupe 6 domaines d’activités :
* Fibrage
* Synthèse de matériaux et procédés pour fibres optiques
* Sources lasers, Caractérisation de rayonnements et Imagerie optique avancée
* Technologie Circuits - Électronique Imprimée
* Instrumentation Circuits
* Instrumentation Électromagnétique +
'''PLH''' est un laboratoire de recherche pluridisciplinaire centré sur les '''héritages culturels''' (littéraires, artistiques, historiques, philosophiques, politiques, scientifiques), dans les rapports à la fois féconds et problématiques qu'ils instaurent entre les époques.
Elle est composée de 3 équipes développant des projets transversaux ou spécifiques :
* '''CRATA''' : Culture, Représentations, Archéologie et Textes Antiques
* '''ELH''' : Équipe Littérature et Herméneutique
* '''ERASME''' : Équipe de recherche sur la Réception de l'Antiquité : Sources, Mémoire, Enjeux +
I
'''POLAC''' - '''Paris Observatory Lunar Analysis Center''' est le service d'observation en charge de l''''analyse des données de télémétrie laser lune (LLR, Lunar Laser Ranging)''' à l'Observatoire de Paris (SYRTE). Le but de ce centre d’analyse des données laser-lune est d’améliorer la connaissance de la dynamique du système terre-lune, de raccorder le repère céleste dynamique à d’autres repères et, d’une manière générale, de déterminer les paramètres qui ont une signature sensible dans les mouvements de circulation et de libration de la lune.
Ce service est le seul centre français des six centres d’analyse LLR reconnus par l’ILRS (International Laser Ranging Service). Il est depuis son origine en charge de la collecte et de l’analyse des données de télémétrie laser sur la Lune. +
P
'''POPS''' est la '''plateforme collaborative de gestion de projets scientifiques''' propulsée par redmine et mise en oeuvre par l’UMR [[LETG]] en partenariat avec l’[[IUEM|Institut Universitaire Européen de la Mer]] et la société Dotgee. C’est un outil offrant aux chercheurs de l’UMR la possibilité de gérer, partager et diffuser les informations de gestion de leurs projets. Elle a été réalisée dans le cadre de l’appel à projets innovants de l’UEB C@mpus (2013-2015) et a bénéficié de l’expertise de la plateforme de recherche pluri disciplinaire LOUSTIC (GIS M@arsouin).
Les développements réalisés sont librement réutilisables sous licence GPLv3 : https://github.com/LETG/pops
Acuellement la plateforme est destinée à héberger des projets scientifiques ayant au moins un partenaire à l'IUEM ou à l'UMR multi-site LETG. +
'''POPS''' est la plateforme de transcriptomique des plantes de Paris-Saclay. Elle offre une expertise pour le développement de l’'''analyse du transcriptome chez les végétaux par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN (RNA-Seq)'''. Leur savoir-faire s’étend '''de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique et statistiques des données.'''
Elle propose :
1. Une expertise pour l’'''analyse de l’expression des gènes chez les plantes par l’utilisation du séquençage à haut-débit de l’ARN'''. Cette offre est complétée par l’'''analyse bioinformatique et statistique permettant l’analyse quantitative du transcriptome'''.
2. Du développement méthodologique afin de répondre au mieux aux demandes de nos collaborateurs et d’élargir l'offre de service.
3. Des formations et de l’animation scientifique +
'''PO²''' est une '''ontologie de base pour modéliser les processus de transformation et leurs observations''' dans les sciences alimentaires. +
'''PPanGGOLiN''' est un logiciel de bioinformatique dédié à l'analyse de pangénomes developpé par le [https://labgem.genoscope.cns.fr/ LABGeM]. Il permet de '''créer, manipuler et analyser des pangénomes procaryotes''' en utilisant des dizaines voire des milliers de génomes d'une même espèce. Il permet ainsi d'étudier l'évolution ou l'écologie des microbes, ouvrant la voie à des découvertes importantes pour la santé humaine, l'agriculture, l'alimentation ou l'environnement.
Le laboratoire LABGeM a également intégré l'outil dans sa plateforme de service, [[MicroScope]], mis à disposition des microbiologistes et qui comprend plus de 6600 utilisateurs à travers le monde.
Une nouvelle version (2.0) du logiciel a été déployée en janvier 2024 avec de nouvelles fonctionnalités incluant la possibilité d''''associer des métadonnées aux pangénomes , une structure de données améliorée pour le stockage des pangénomes, et une toute nouvelle documentation'''. +