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P
Les missions de la '''Plateforme Genomer''' sont de :
* mettre à disposition des équipements performants, conseiller et assurer la formation des utilisateurs : '''Mise A Disposition d’équipements-MAD'''
* proposer un service d’accompagnement adapté pour la réalisation de projets de recherche : '''Conduite de Projet en Génomique-CPG'''.
Elle fait partie intégrante de l’axe [[Biogenouest|Biogenouest]] Génomique. Ce réseau a pour but de mettre à disposition de la communauté scientifique, les outils nécessaires pour mener à bien des projets de séquençage et/ou de genotypage à petit, moyen, et haut débit, dans les domaines de la mer, de l’agronomie et de la santé.
La plateforme Genomer (composante de Biogenouest Génomique) est labellisée IBiSA depuis avril 2012.
La plateforme accueille des chercheurs dans le cadre de collaboration et de l’infrastructure nationale en Biologie et Santé : [[EMBRC France|EMBRC FR]]. +
Le service '''Plateforme MIS & Jets''' est un ensemble de services visant à fournir les modèles théoriques nécessaires à la préparation et à l’interprétation des '''observations des grands instruments''' dans le '''gaz moléculaire galactique et extragalactique''' (Herschel, ALMA, NOEMA, JWST, …). Les services s’appuient sur des codes reconnus comme de référence, développés et constamment améliorés depuis plus d’une dizaine d’années (code PDR de Meudon, code de choc Paris-Durham) par des équipes de l'Observatoire de Paris et du LPENS. Ces codes traitent de façon couplée le transfert de rayonnement hors-ETL, la chimie de centaines d'espèces dans le gaz et sur les grains ainsi que les processus de chauffage et de refroidissement du gaz interstellaire.
Le service comporte également, ISMDB, une base de données de milliers de modèles pré-calculés couvrant différents environnements interstellaires et incluant des outils de fouille avancés pour simplifier l’interprétation d’observations et la préparation de campagnes d'observation. Un axe important de développement du service est de mettre en place des solutions innovantes pour interpréter rapidement des données massives, auxquelles les astrophysiciens sont de plus en plus confrontés, via des techniques de Machine Learning et bayesiennes.
Les services donnent accès à de très nombreuses quantités physiques (intensité des raies atomiques et moléculaires, profils de température du gaz et des grains, profils d'abondance des espèces chimiques, spectres théoriques, ...) pour de nombreux types d'environnements interstellaires. Ces données peuvent être utilisées pour préparer ou interpréter les observations des grands instruments dans tous les domaines de longueur d'onde depuis l'UV lointain jusqu'au domaine radio.
Ce Service National d'Observation (SNO) labélisé par le CNRS Terre & Univers supporte en grande partie les développements des standards IVOA pour la diffusion des données théoriques en astrophysique.
'''OMICS''' est une plateforme qui engage son '''expertise analytique en Biologie Moléculaire et Bio-informatique''' pour la caractérisation taxonomique des procaryotes dans les écosystèmes marins.
La partie Biologie Moléculaire d’OMICS propose à la communauté scientifique du [[MIO]] une mise à disposition d’appareils et de protocoles destinés à l’extraction, l’amplification et le contrôle d’acides nucléiques (ADN et/ou ARN) en vue d’un séquençage des communautés procaryotes basé sur le gène de l’ADN ribosomal 16S. Il est également envisageable que ces études soient entièrement prises en charge par le personnel de la plateforme que ce soit pour des projets des scientifiques du MIO ou d’autres organismes de recherche publics ou privés.
La partie Bio-informatique d’OMICS propose à la communauté scientifique du [[MIO]], du public et du privée, des analyses expertes en écologie numérique à travers la caractérisation de la biodiversité d’écosystèmes via le séquençage haut débit. Outre ces analyses expertes, des plans de formation en Bio-informatique sont régulièrement proposés et ouverts à la communauté scientifique. +
La plateforme Ruche est issue d’un projet porté par les centres de calcul de CentraleSupélec et de l’École Normale Supérieure Paris-Saclay, rejoint par l’Université Paris-Saclay et hébergée sur le site de l’IDRIS du CNRS. La plateforme Fusion/Ruche est articulée autour d’un calculateur HPC dénommé Ruche.
La plateforme Ruche permet les utilisations suivantes :
* Développement de codes parallèles CPU et GPU (MPI, OpenMP, OpenACC, CUDA, Kokkos)
* Test et préparation des codes avant le passage sur un plus gros supercalculateur
* Simulations physiques de taille modérée
* Visualisation (Python, Paraview)
* Validation et intégration continue
* Outil de calcul pour les formations. +
La '''plateforme drones et télédétection''' décline son activité en deux étapes :
* '''Acquisition de données''' qui consiste à préparer et à réaliser la mission de terrain afin d’acquérir les données en suivant un protocole défini.
* '''Traitement et analyse des données''' au laboratoire qui consiste à '''produire principalement une orthomosaïque et un modèle numérique de surface''' (MNS) à partir des photos acquises sur le terrain. Les logiciels utilisés sont ceux fournis avec le drone pour la préparation et la réalisation de la mission, Photoscan est ensuite utilisé, par défaut, pour la partie traitement des données.
Actuellement, seul un protocole d’acquisition et de traitement de données est proposé par la plateforme pour produire un MNS sur des plages de sables avec une précision de 10 cm. Sur ce modèle, d’autres protocoles et méthodologies pourront être développés pour suivre d’autres phénomènes sur d’autres types de substrats.
La plateforme est actuellement équipée de '''plusieurs drones aériens''' (eBee X RTK, eBee, Matrice 300 RTK, un Mavic 3 T et deux Mavic pro) et d''''un drone marin appelé [https://pameli.recherche.univ-lr.fr/equipe/linstrumentation-embarquee/ PAMELI]''' (Plateforme Autonome Multicapteurs pour l'Exploration du LIttoral). +
La '''plateforme géomatique de l’EHESS''' (PG) vise à faciliter la circulation et la valorisation de l’information géographique acquise et produite à l’[[EHESS]] ainsi que les savoir-faire spécifiques et les réflexions développés à l'EHESS autour de l'information spatialisée.
La plateforme géomatique est un outil transversal et interdisciplinaire. Elle s’appuie sur plusieurs ingénieurs qui l'animent et la dirigent. Elle produit des données historiques spatialisées permettant d’observer les évolutions des territoires sur la longue durée. La plateforme propose aussi le développement d’outils géomatiques ainsi qu’une réflexion sur la production de l’information cartographique.
La plateforme géomatique, dispose de moyens humains et matériels, de ressources, d’outils de stockages, de services et d'un site internet.
Elle répond à des besoins grandissants dans l’accompagnement de projets de recherches en géomatique et humanités numériques dans le développement d’outils informatiques ou encore dans la formation continue ou ponctuelle des étudiants et chercheurs. +
La '''Plateforme nationale des données de la recherche''' est la '''structure opérationnelle de l’[[ Recherche Data Gouv|écosystème Recherche Data Gouv]]'''. Elle est organisée en cinq pôles :
* Portail
* [[Entrepôt Recherche Data Gouv|Entrepôt]]
* Catalogue
* [[Centre de ressources Plateforme Recherche Data Gouv|Centre de ressources plateforme]]
* Infrastructures.
Les missions principales de l’unité sont :
* Le '''maintien en conditions opérationnelles de l’entrepôt, du catalogue et du portail'''
* L’'''évolution fonctionnelle et technique de l’entrepôt et du catalogue'''
* L’'''évolution du portail sur la base des demandes validées''' en collège de coordination et portée par la responsable de la communication
* La '''coordination des administrateurs des espaces institutionnels''' de l’entrepôt
* La '''formation, l’accompagnement et la communication''' sur les services proposés par la plateforme
L’équipe est constituée de personnels des établissements partenaires : INRAE, CNRS, Université Grenoble Alpes, Université de Lorraine, Université Marie et Louis Pasteur, Université de Strasbourg et Université Paris Nanterre. +
Le portail '''Pluies extrêmes en France métropolitaine et outre-mer''' donne accès aux '''pluies les plus remarquables''' observées en France métropolitaine et dans les outre-mer.
Les '''bases de données recensent les pluies depuis 1958 pour la métropole et 1965 pour l’outre-mer jusqu’à l’année passée''' et sont mises à jour chaque printemps.
Les événements mémorables n’ont pas un caractère exhaustif. Ils sont enrichis chaque année tant par les événements de l’année passée que par des événements antérieurs qui ont pu être documentés grâce aux études d’archives et au sauvetage des données pluviométriques anciennes. +
Le service '''Plus-Sismique''' a pour objectif de favoriser la connaissance et l’utilisation des nombreuses données sismiques disponibles (notamment grâce aux missions spatiales, CoRoT et Kepler). Le service développe et opère deux outils principaux : La base d’indices sismiques
stellaires (SSI) et le portail ‘Seismic Plus’.
'''SSI''', nous met à disposition des '''indices sismiques''' (grandeurs caractérisant les spectres de pulsation stellaire au premier ordre) et des '''paramètres de granulation''' (caractérisant le temps caractéristique et la puissance de la granulation) pour
~20.000 étoiles géantes rouges et sous-géantes.
'''Le portail Seismic Plus''' recense les '''principales sources de données sismiques stellaires et solaires''' ainsi que les '''sources de données connexes''' le plus souvent utilisées en synergie avec les données sismiques. Il offre une description synthétique et standardisée de ces sources et données. Il permet de localiser dans ces différentes sources les données existantes pour une liste d’étoiles ou une période déterminée dans le cas des données solaires. Il permet de transmettre directement les requêtes à différentes sources pour télécharger ces données. De nombreux outils VO existants sont mis à profit pour la visualisation quick-look des données. Diverses sources de données ou portails sont interconnectés via les interfaces VO
KASOC, HELIO, CDS,…). Le portail Seismic Plus ne contient pas de données, il donne accès aux sources existantes et propose des outils permettant de recouper ces données (évènements solaires/courbes de lumière solaires) ou de les combiner pour produire des données d’ordre supérieur (estimation de rayons, de masses stellaires ou de log(g) sismiques à partir des indices sismiques de SSI et des températures effectives d’autres sources).
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +
Créée par Aymeric Hermann (CNRS) et Robert Forkel (MPI-EVA), '''Pofatu''' (terme pan-Polynésien pour « pierre ») est la première base de données en libre accès dédiée à la compilation des '''données géochimiques et archéologiques pour les analyses de provenance des matières premières et des artefacts'''. En tant que telle, Pofatu constitue un cadre opérationnel qui permet la conservation, le partage et l'utilisation de ces données dans le domaine de l'archéométrie, conformément aux principes FAIR.
En outre, la base de données fournit des métadonnées méthodologiques complètes (détails instrumentaux, procédures analytiques et normes de référence utilisées à des fins d'étalonnage et de contrôle de la qualité) et garantit donc la reproductibilité et la comparabilité entre les études de provenance.
Parce qu'elle est en libre accès, qu'elle permet la reproductibilité et qu'elle facilite la réutilisation des données existantes, Pofatu permettra de créditer les travaux antérieurs tout en faisant progresser les études futures dans le domaine des sciences archéologiques.
La base de données utilise GitHub pour la conservation collaborative et versionnée des données et des formats de fichiers communs non propriétaires (CSV) afin de permettre la transparence et la reproductibilité intégrée pour les études futures. Le contrôle de la qualité de chaque nouveau jeu de données fait l'objet d'un examen par les pairs et de retours d'information de la part des utilisateurs.
Pofatu a remporté un '''prix Science ouverte des données de la recherche''' (catégorie "créer les conditions de la réutilisation") [https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/remise-des-prix-science-ouverte-des-donnees-de-la-recherche-93729 décerné par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche en 2023]. +
PolarBase est une base de données alimentée par les spectres polarisés issus des spectropolarimètres haute résolution développés par le CNRS Terre & Univers (ESPaDOnS, NARVAL, SPIROU). Développée au sein d’OV-GSO, PolarBase est compatible avec les formats de l'Observatoire Virtuel. Elle vise un double objectif :
• Faciliter l'accès aux données publiques des spectropolarimètres du CNRS Terre & Univers, en garantissant la qualité des données en ligne et l’homogénéité de la réduction.
• Optimiser le retour scientifique des instruments, en associant aux données réduites une série de mesures déduites des observations (paramètres fondamentaux des cibles, champ magnétique de surface, émission chromosphérique, vitesse radiale, … )
Centre de données et de services, PolarBase est labellisée en tant que Service National d’Observation (SNO) de l’Action Nationale d’Observation N°5 de CNRS Terre & Univers (ANO5). +
Le portail 3D du consortium 3D SHS dresse une cartographie la plus exhaustive possible des modèles 3D produits dans un contexte scientifique SHS.
Le site n'est plus maintenu depuis 2017.Toutes les données qui y étaient précédemment hébergées ont été migrées vers le [[CND3D|'''Conservatoire des Données 3D''']] (https://3d.humanities.science/).
Le Conservatoire des Données 3D offre un environnement sécurisé et pérenne pour la sauvegarde et le partage des projets 3D en Sciences Humaines et Sociales. +
Le portail Biblissima est un '''point d'entrée de référence sur le patrimoine écrit du Moyen Age et de la Renaissance en Occident, du VIIIe au XVIIIe siècle'''.
Il propose un accès unifié à un ensemble de '''données numériques sur les manuscrits, incunables et imprimés anciens''' provenant des neuf équipes partenaires du consortium Biblissima+ :
* des documents numérisés issus de Gallica (BnF), de la BVMM (IRHT-CNRS) et de nombreuses autres bibliothèques numériques à travers le monde grâce aux protocoles IIIF,
*des catalogues et bases de données spécialisées de diverses natures (provenances, iconographie, textes, reliures etc.),
*et, à terme, des éditions électroniques de textes (inventaires de bibliothèques anciennes, glose ordinaire de la Bible, sermons).
Le portail est accessible à travers une interface web conviviale, facile d’utilisation et d'interrogation, intégrant trois fonctionnalités majeures :
*'''un moteur de recherche à facettes''', qui permet d’interroger les données et d'accéder à différents types de pages web reliées entre elles par des liens (manuscrit ou imprimé, lieu, personne ou collectivité, collection historique, oeuvre, inventaire, etc.). On peut ainsi, par rebonds successifs, suivre la transmission d’un texte, retracer l’histoire d’une bibliothèque ancienne...
*'''des visualisations de données''' : accès par cartes (lieux d’origine, vie d’un livre) et représentations en graphes (vie d’une oeuvre)
*'''un visualiseur d’images (« Mirador »)''', capable d’afficher à distance les documents numérisés provenant de plusieurs bibliothèques numériques à travers le monde, et '''conçu comme un véritable espace de travail autour des images'''. L'espace de travail Mirador est un outil de visualisation et de manipulation d'images haute résolution, configurable et partageable selon les besoins de l'utilisateur. A partir du portail, l’utilisateur peut ainsi constituer sa propre collection de documents, puis composer, sauvegarder et partager son environnement de visualisation personnalisé.
Le '''Portail Épidémiologie-France''' propose un catalogue en ligne des principales '''bases de données individuelles en santé''' de source française en '''santé publique''' (hors essais cliniques). Ce portail s’inscrit dans un mouvement de '''partage''' et de '''réutilisation''' des '''données épidémiologiques'''. Chaque base de données répertoriée dans le catalogue est décrite selon ses caractéristiques essentielles : objectifs, thématiques, populations couvertes, nature des informations recueillies, conditions d’accès, coordonnées du responsable scientifique...
En 2020, le Portail Epidémiologie France a été modifié afin de faciliter le recensement et l’identification des bases de données individuelles en santé utilisées pour des études concernant la Covid-19 en France.
Dans le contexte de la crise sanitaire et dans le cadre du Plan national pour la science ouverte, il s’agit d’améliorer la visibilité et l'accessibilité de ces bases, la collaboration entre équipes, et la réutilisation des données collectées à des fins de recherche.
'''Les données seront progressivement migrées vers [[FReSH]].''' +
Le '''archeoViz Portal''' (ou '''Portail archeoViz''') est un catalogue interactif référençant les utilisations de l'application [[ArcheoViz|archeoViz]], laquelle permet l'exploration visuelle et statistique de données archéologiques spatialisées.
Ce catalogue peut être exploré via une carte du monde ou un tableau dynamique offrant plusieurs critères de recherche (période chronologique, localisation spatiale, type d'objet archéologique, etc.).
Les métadonnées du catalogue, en partie alignées sur des référentiels (''geonames'', ''PACTOLS'', ''ORCID'', ''VIAF'', etc.) sont librement téléchargeables.
Plus d'informations sur le [https://archeoviz.hypotheses.org/404 blog archeoViz]. +
A travers ses activités scientifiques et ses '''activités d’observations''' (navires océanographiques et submersibles, observatoires automatisés (bouées de surface, mouillages, flotteurs), satellites, réseaux d’observateurs scientifiques ou d’observateurs volontaires, l’Ifremer récolte et valorise un grand nombre de données très variées (mesures physiques, chimiques, biologiques, observations, cartographie…). Ces données sont archivées dans des '''bases de données''' très diverses.
'''Le portail de données marines constitue point d’entrée unique vers les données marines de l'Ifremer''', cet outil présente les différents types de données disponibles, et permet de les filtrer selon de nombreux critères (disciplines, sources, types, périmètres...).
La diffusion des données s’exerce dans le cadre de règles établies en accord avec les équipes scientifiques ayant effectué la collecte des informations et dans le '''respect des directives nationales et internationales''' (convention internationale du Droit de la Mer, convention d’Aarhus, directive INSPIRE, par exemple).
La '''gestion des données et les traitements associés sont menés dans le cadre d’une démarche qualité''', destinée à '''garantir l’intégrité et la pérennité des informations''' gérées et leur adéquation à l’état de l’art scientifique, conformément aux standards de qualité de chaque discipline. Cette démarche concerne également la qualité des services proposés : disponibilité des portails internet et des outils de prévisualisation et de téléchargement, détection et prévention des interruptions de service, support aux utilisateurs... +
'''[https://spatial.ign.fr/ Spatial.ign.fr]''' est le portail IGN de diffusion des données spatiales SPOT et Pléiades, le site permet d'accéder à des services de catalogage, de visualisation, de téléchargement et de comparaison d'images. Le portail s'appuie sur l'entrepôt de données du [[Géoportail]].
Il propose des outils de téléchargement et de visualisation, disponibles pour les adhérents [[GEOSUD|Géosud]].
Trois services sont proposés en ligne : le téléchargement, la visualisation de flux ainsi que des traitements de ces données. Un quatrième service est encore géré "manuellement, il s'agit de l'approvisionnement de nouvelles données auprès du distributeur d'images.
*Le '''service de téléchargement''' permet de se procurer les images PLEIADES et SPOT
*Le '''service de visualisation''' permet de visualiser l'ensemble des images obtenues auprès d'Airbus Geo-Intelligence, sous la forme de flux WMTS.
*Le '''services de traitement''' offre la possibilité d'exploiter les modèles géométriques des images PLEIADES et SPOT pour obtenir les produits suivants :
**Un modèle de localisation cohérent des référentiels IGN
**Une ortho-image
**Une carte des altitudes issues de la corrélation entre plusieurs images recouvrantes
*Le '''service de programmation''' :
**Le projet EQUIPEX GEOSUD propose à ses adhérents d'acquérir des données Pléiades à la demande. Une formalisation de ces demandes sur le site est proposée.
**IGN Espace joue le rôle de point focal pour le recueil des demandes d'acteurs institutionnels sur le territoire national, en vue de la programmation d'images collectées par les satellites SPOT et PLEIADES. Pour faciliter l'analyse de ces demandes, notamment orienter le choix du capteur, le besoin peut être exprimé par la saisie d'un questionnaire disponible sur le site. Pour aider dans cette démarche, un guide d'utilisation des images Pléiades est disponible, et si besoin des experts peuvent être contactés à l'adresse images-satellites@ign.fr.
'''L’institut P’''' est un laboratoire de recherche des domaines des Sciences Physiques et des Sciences de l’Ingénierie.
Il se compose de 3 départements :
* Fluides, Thermiques et Combustion
* Génie Mécanique et Systèmes Complexes
* Physique et Mécanique des Matériaux
Il s’agit notamment de s’appuyer sur ce panel de compétences reconnues aux niveaux national et international pour favoriser les collaborations et les synergies entre les différentes disciplines, et ainsi apporter une réponse adaptée aux '''nouveaux besoins du secteur socio-économique'''. Les domaines d’application privilégiés sont les transports et l’énergie, en portant une attention particulière aux aspects environnementaux. +
'''Pratinada''' (« écho » en sanscrit) est un portail, accessible dans neuf langues (thaï, lao, khmer, vietnamien, indonésien, filipino, tetun, anglais et français), regroupe plusieurs fonds méconnus d’'''archives musicales et sonores d’Asie du Sud-Est conservés en Europe''' (plus de 7 000 fichiers sonores originaires de treize pays). Ces derniers sont désormais rendus accessibles au monde entier, et notamment aux populations d’Asie du Sud-Est. Il apporte ainsi une visibilité internationale aux données sonores de la recherche.
Il permet d’'''affiner ses recherches dans la base de données grâce à des filtres géo-culturels, archivistiques, techniques et juridiques''' mais aussi d’'''agréger selon un même modèle de métadonnées plusieurs collections issues de trois pays d’Europe''' (France, Pays-Bas, Royaume Uni), dont les lecteurs web-audio étaient différents.
Ce projet, fruit d’un partenariat avec les universités d’Amsterdam (UvA) et de Londres (SOAS, BBC), a bénéficié du soutien de l'Union européenne dans le cadre du programme JPI-Cultural Heritage (DeCoSEAS - Decolonizing Southeast Asian Sound Archives, 2021-2025).
Le site web a été réalisé en étroite concertation avec des partenaires d’Asie du Sud-Est dont certains souhaitent contribuer à l’enrichissement des collections existantes. Ce projet a ainsi '''favorisé un dialogue autour de la décolonisation, notamment sur la restitution des données aux sociétés concernées'''. Dans le cadre du projet, une déclaration (The Joint Declaration, 2022) a été rédigée pour exprimer l’importance de '''repenser la gestion des archives sonores issues de la période coloniale en donnant une responsabilité aux sociétés d’où viennent ces archives'''. +
'''ProFI''' - '''Proteomics French Infrastructure''', est l’infrastructure nationale de '''protéomique''', qui s’appuie les trois principales '''plateformes protéomiques françaises''' (Grenoble, Strasbourg et Toulouse). Ses missions s’articulent autour de 3 axes :
* La structuration et l’analyse des données de spectrométrie de masse par une infrastructure logicielle commune
* La structuration et l’analyse des données de spectrométrie de masse par une infrastructure logicielle commune
* L’analyse protéomique quantitative d’échantillons biologiques
* L’analyse ciblée de biomarqueurs protéiques dans les fluides et tissus biologiques.
ProFi mène également une action de formation destinée à irriguer l'ensemble de la communauté protéomique française ; par exemple pour permettre aux opérateurs des plateformes protéomiques de prendre en mains l'environnement logiciel qui a été développé par l'infrastructure.
ProFI développe les approches de détection et quantification des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles. ProFI offre ses services aux laboratoires académiques et aux industriels, en particulier dans les secteurs pharmaceutique, agroalimentaire et de la bio production.
Une partie des publications issues de projets utilisant l’infrastructure est en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://github.com/profiproteomics. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données [http://www.proteomexchange.org www.proteomexchange.org] +