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P
Pi4x4 est un projet qui a pour objectif la '''conception d'une tablette tout-terrain pour la recherche''' organisée '''autour d'un ordinateur Raspberry Pi'''. Il s’agit de mettre à disposition des '''carnets de terrain électroniques''' afin de remplacer la saisie papier des observations.
Cet objectif comporte un aspect applicatif et un aspect matériel. Pi4x4 ne se limite pas à des applications « outdoors ». Il sera une solution à chaque fois qu’il y a un besoin de mise en œuvre d’un Raspberry avec un écran et des capteurs, ou même un serveur, le tout unifié dans un boîtier équipé d’une batterie permettant une bonne autonomie.
Cette tablette se présente comme un instrument fortement '''adaptable à des besoins spécifiques''', chaque composant est indépendant des autres et peut être monté ou démonté par simple vissage. Le boîtier est conçu spécifiquement et imprimable sur une imprimante 3D. Cette tablette tournant sous linux (Raspbian), elle peut être utilisée également en laboratoire à d’autres fins (serveur par exemple).
Aujourd’hui, le 2ème prototype est réalisé (version 1), les instructions de montage sont disponibles sur le site, la version 2019 est en cours de développement. +
Le '''Consortium-HN pictorIA''' est dédié à l’'''analyse de corpus visuels numériques en sciences humaines et sociales par le biais d’outils d’intelligence artificielle'''.
Porté par la Maison des Sciences de l’Homme Mondes, et s’inscrivant dans la continuité des initiatives du Labex Les Passés dans le Présent, il vise à fédérer les recherches interdisciplinaires autour de la '''reconnaissance automatique des formes en SHS'''.
À travers la '''création de tutoriels, l’élaboration de protocoles partagés, l’organisation de formations et d’ateliers, ainsi que le développement de prototypes et de preuves de concept''', pictorIA cherche à améliorer l’accessibilité, l’interconnexion et l’enrichissement des corpus visuels en histoire de l’art, archéologie, sociologie, anthropologie, études culturelles, information et communication, histoire de l’architecture et autres disciplines. +
Dans le cadre de sa politique de science ouverte, l’'''observatoire international Pierre Auger''' a publié les données détaillées de plus de '''20 000 rayons cosmiques de haute énergie'''. Cela représente pas moins de 10% des données utilisées par la collaboration Auger lors de ses publications à la dernière conférence internationale de rayons cosmiques (ICRC2019) mises à disposition du public sur le portail Auger Open Data. En complément de la description des rayons cosmiques, le site web propose toute l'information de bas niveau des instruments qui les ont observés, permettant de comprendre en détail le fonctionnement des détecteurs de l'Observatoire et met à disposition des chercheurs et chercheuses intéressé(e)s des exemples d'analyse de physique sous forme de "notebook" interactifs.
En mettant à la disposition du public des données et des programmes d'analyse, la collaboration soutien l’idée que le libre accès aux données permettra, à long terme, la réalisation maximale de leur potentiel scientifique.
Toutes les datasets sont dotés d'un DOI. +
Le plateforme Pl@ntNet est géré par le consortium Pl@ntNet composé de quatre organismes de recherche (CIRAD, Inria, INRAE et IRD) et de la fondation Agropolis.
Pl@ntNet est un outil numérique, disponible sous forme '''d'application mobile et web''', qui permet '''d’identifier des milliers d’espèces de plantes''' grâce aux photos prises par les utilisateurs. Les images envoyées sont automatiquement comparées aux milliers d’images qui sont présentes dans les '''bases de données botaniques'''. Une liste de plantes est alors proposée à l'utilisateur, qui choisit la plante correspondante.
Actuellement, Pl@ntNet compte '''22 projets''' : 16 projets géographiques, 3 projets thématiques sur les plantes ornementales et cultivées, et 3 microprojets. +
Le '''plan France médecine génomique 2025''' ('''PFMG2025''') vise à faire évoluer la façon de diagnostiquer, prévenir, et soigner les patients, à s’assurer que chacun puisse accéder aux nouvelles technologies de la médecine génomique de manière équitable sur tout le territoire.
Le PFMG2025 prend en compte 4 enjeux majeurs :
* L'organisation de la santé publique
* Les aspects scientifiques et cliniques
* L'aspect technologique
* L’aspect économique. +
Le projet de base de données sur les climats planétaires vise à fournir des outils et des statistiques sur les environnements planétaires dérivés de modèles numériques du climat.
Service National d'Observation (SNO) labélisé, Planetary Climates Database propose :
*des bases de données des environnements planétaires issues de simulation (Mars, Venus, Titan, Pluton),
*Generic Global Climate Model, plateformes de services et d'outils d'analyse statistique et de visualisation +
Les activités de la '''plateforme de bioinformatique des plantes''' - '''PlantBioinfoPF''' sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à l'INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information [[GnpIS]].
A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme [[WheatIS]]. En termes d’a'''nalyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables''', qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info ([[URGI]]) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique ([[IFB]]), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR.
Expertises et services de la plateforme :
*Mise à disposition de '''ressources de calcul et de stockage''',
*Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable),
*'''Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information''',
*'''Annotation de génomes''' (éléments répétés et transposables),
*Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données…
La plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF) a un Plan de Gestion des Données (https://doi.org/10.15454/9HM5UI). +
La '''base de données PlantRNA''' compile des '''séquences de gènes d'ARNt''' extraites de génomes nucléaires, plastidiaux et mitochondriaux de plantes. PlantRNA met à la disposition des utilisateurs les annotations et données fonctionnelles. Pour chaque gène d'ARNt, la structure secondaire linéaire est donnée ainsi que des informations biologiques. +
La plateforme de calcul A2S est dédiée à l’exploitation de '''séries temporelles d’images''' issues de '''la constellation Sentinel''' dédiée à '''l’observation de la Terre''' (imagerie satellitaire optique et radar : Sentinel 1 et Sentinel 2). L’objectif est de détecter '''des changements de classes d'occupation du sol et de surfaces en eau'''.
Les ressources de la plateforme A2S associent :
*des capacités de calcul et de stockage insérées au [[Pôle HPC Unistra|Mésocentre de l’Université de Strasbourg]] ;
*des logiciels dédiés (modules de gestion des processus de traitement parallélisés, modules d’ingestion et de mise en forme des données, modules thématiques spécialisés dans l’extraction d’information à partir de séries temporelles d’images) ;
*des ingénieurs spécialisés (calcul massif, conception logicielle) et l’expertise des chercheurs des laboratoires ([http://icube.unistra.fr/ ICube], [https://eost.unistra.fr/recherche/ipgs/ IPGS], [https://live.unistra.fr/ LIVE]).
La plateforme A2S permet le traitement en temps court de '''séries temporelles massives de données image''' en mode continu (flux) comme en mode traitement d’archives sur de grandes surfaces d’intérêt couvrant au minimum un territoire national.
La mise en place des '''chaines de traitement en temps réel''' permet de répondre aux 4 axes du projet A²S (Alsace Aval Sentinelle):
*Axe Urbanisation : inventaire cartographique systématique des surfaces artificialisées et des formes urbaines ;
*Axe Déformation / Mouvement du sol ;
*Axe Surfaces en eau : caractérisation des ressources en eau ;
*Axe Détection de changements : inventaire cartographique systématique des changements.
Les applications attendues concernent le suivi des '''glissements de terrains''', d’'''affaissement minier''', d’'''exploitation géothermique''', l’'''artificialisation des sols''', la '''gestion de l’eau''' et du '''risque d’inondations'''.
Le développement de la plateforme se poursuit autour de deux axes :
* la construction et opération de nouveaux produits (données, modèles, processus, services) avec d’autres partenaires ;
* l’intégration comme infrastructure associée aux pôles de données et services de l’IR [[Système Terre]] sur les thématiques qui relèvent des surfaces continentales et de la Terre solide.
ADN, la '''plateforme Archives-Documentation-Numérisation''' de la MSH de Dijon, met à disposition des chercheurs en Sciences Humaines et Sociales et des partenaires du monde socio-économique et culturel '''des outils, des compétences et une expertise afin de traiter, conserver et diffuser des documents inédits'''.
Elle offre pour cela une '''chaîne de traitement complet de ces données''', qu’elles soient sur support traditionnel (textes papier, images fixes et mobiles, sons) ou numériques natives. Cette chaîne comprend toutes les étapes permettant de transformer ces données en ressources intelligentes : indexation, préparation pour la fouille de données, publication, etc.
Les ressources ainsi traitées sont rendues accessibles à tout public via le Portail Archives Numériques et Données de la Recherche ([https://pandor.u-bourgogne.fr PANDOR]), outil de diffusion et de valorisation de la recherche. +
Les missions de la '''Plateforme Genomer''' sont de :
* mettre à disposition des équipements performants, conseiller et assurer la formation des utilisateurs : '''Mise A Disposition d’équipements-MAD'''
* proposer un service d’accompagnement adapté pour la réalisation de projets de recherche : '''Conduite de Projet en Génomique-CPG'''.
Elle fait partie intégrante de l’axe [[Biogenouest|Biogenouest]] Génomique. Ce réseau a pour but de mettre à disposition de la communauté scientifique, les outils nécessaires pour mener à bien des projets de séquençage et/ou de genotypage à petit, moyen, et haut débit, dans les domaines de la mer, de l’agronomie et de la santé.
La plateforme Genomer (composante de Biogenouest Génomique) est labellisée IBiSA depuis avril 2012.
La plateforme accueille des chercheurs dans le cadre de collaboration et de l’infrastructure nationale en Biologie et Santé : [[EMBRC France|EMBRC FR]]. +
Le service '''Plateforme MIS & Jets''' est un ensemble de services visant à fournir les modèles théoriques nécessaires à la préparation et à l’interprétation des '''observations des grands instruments''' dans le '''gaz moléculaire galactique et extragalactique''' (Herschel, ALMA, NOEMA, JWST, …). Les services s’appuient sur des codes reconnus comme de référence, développés et constamment améliorés depuis plus d’une dizaine d’années (code PDR de Meudon, code de choc Paris-Durham) par des équipes de l'Observatoire de Paris et du LPENS. Ces codes traitent de façon couplée le transfert de rayonnement hors-ETL, la chimie de centaines d'espèces dans le gaz et sur les grains ainsi que les processus de chauffage et de refroidissement du gaz interstellaire.
Le service comporte également, ISMDB, une base de données de milliers de modèles pré-calculés couvrant différents environnements interstellaires et incluant des outils de fouille avancés pour simplifier l’interprétation d’observations et la préparation de campagnes d'observation. Un axe important de développement du service est de mettre en place des solutions innovantes pour interpréter rapidement des données massives, auxquelles les astrophysiciens sont de plus en plus confrontés, via des techniques de Machine Learning et bayesiennes.
Les services donnent accès à de très nombreuses quantités physiques (intensité des raies atomiques et moléculaires, profils de température du gaz et des grains, profils d'abondance des espèces chimiques, spectres théoriques, ...) pour de nombreux types d'environnements interstellaires. Ces données peuvent être utilisées pour préparer ou interpréter les observations des grands instruments dans tous les domaines de longueur d'onde depuis l'UV lointain jusqu'au domaine radio.
Ce Service National d'Observation (SNO) labélisé par le CNRS Terre & Univers supporte en grande partie les développements des standards IVOA pour la diffusion des données théoriques en astrophysique.
'''OMICS''' est une plateforme qui engage son '''expertise analytique en Biologie Moléculaire et Bio-informatique''' pour la caractérisation taxonomique des procaryotes dans les écosystèmes marins.
La partie Biologie Moléculaire d’OMICS propose à la communauté scientifique du [[MIO]] une mise à disposition d’appareils et de protocoles destinés à l’extraction, l’amplification et le contrôle d’acides nucléiques (ADN et/ou ARN) en vue d’un séquençage des communautés procaryotes basé sur le gène de l’ADN ribosomal 16S. Il est également envisageable que ces études soient entièrement prises en charge par le personnel de la plateforme que ce soit pour des projets des scientifiques du MIO ou d’autres organismes de recherche publics ou privés.
La partie Bio-informatique d’OMICS propose à la communauté scientifique du [[MIO]], du public et du privée, des analyses expertes en écologie numérique à travers la caractérisation de la biodiversité d’écosystèmes via le séquençage haut débit. Outre ces analyses expertes, des plans de formation en Bio-informatique sont régulièrement proposés et ouverts à la communauté scientifique. +
La plateforme Ruche est issue d’un projet porté par les centres de calcul de CentraleSupélec et de l’École Normale Supérieure Paris-Saclay, rejoint par l’Université Paris-Saclay et hébergée sur le site de l’IDRIS du CNRS. La plateforme Fusion/Ruche est articulée autour d’un calculateur HPC dénommé Ruche.
La plateforme Ruche permet les utilisations suivantes :
* Développement de codes parallèles CPU et GPU (MPI, OpenMP, OpenACC, CUDA, Kokkos)
* Test et préparation des codes avant le passage sur un plus gros supercalculateur
* Simulations physiques de taille modérée
* Visualisation (Python, Paraview)
* Validation et intégration continue
* Outil de calcul pour les formations. +
La '''plateforme drones et télédétection''' décline son activité en deux étapes :
* '''Acquisition de données''' qui consiste à préparer et à réaliser la mission de terrain afin d’acquérir les données en suivant un protocole défini.
* '''Traitement et analyse des données''' au laboratoire qui consiste à '''produire principalement une orthomosaïque et un modèle numérique de surface''' (MNS) à partir des photos acquises sur le terrain. Les logiciels utilisés sont ceux fournis avec le drone pour la préparation et la réalisation de la mission, Photoscan est ensuite utilisé, par défaut, pour la partie traitement des données.
Actuellement, seul un protocole d’acquisition et de traitement de données est proposé par la plateforme pour produire un MNS sur des plages de sables avec une précision de 10 cm. Sur ce modèle, d’autres protocoles et méthodologies pourront être développés pour suivre d’autres phénomènes sur d’autres types de substrats.
La plateforme est actuellement équipée de '''plusieurs drones aériens''' (eBee X RTK, eBee, Matrice 300 RTK, un Mavic 3 T et deux Mavic pro) et d''''un drone marin appelé [https://pameli.recherche.univ-lr.fr/equipe/linstrumentation-embarquee/ PAMELI]''' (Plateforme Autonome Multicapteurs pour l'Exploration du LIttoral). +
La '''plateforme géomatique de l’EHESS''' (PG) vise à faciliter la circulation et la valorisation de l’information géographique acquise et produite à l’[[EHESS]] ainsi que les savoir-faire spécifiques et les réflexions développés à l'EHESS autour de l'information spatialisée.
La plateforme géomatique est un outil transversal et interdisciplinaire. Elle s’appuie sur plusieurs ingénieurs qui l'animent et la dirigent. Elle produit des données historiques spatialisées permettant d’observer les évolutions des territoires sur la longue durée. La plateforme propose aussi le développement d’outils géomatiques ainsi qu’une réflexion sur la production de l’information cartographique.
La plateforme géomatique, dispose de moyens humains et matériels, de ressources, d’outils de stockages, de services et d'un site internet.
Elle répond à des besoins grandissants dans l’accompagnement de projets de recherches en géomatique et humanités numériques dans le développement d’outils informatiques ou encore dans la formation continue ou ponctuelle des étudiants et chercheurs. +
La '''Plateforme nationale des données de la recherche''' est la '''structure opérationnelle de l’[[ Recherche Data Gouv|écosystème Recherche Data Gouv]]'''. Elle est organisée en cinq pôles :
* Portail
* [[Entrepôt Recherche Data Gouv|Entrepôt]]
* Catalogue
* [[Centre de ressources Plateforme Recherche Data Gouv|Centre de ressources plateforme]]
* Infrastructures.
Les missions principales de l’unité sont :
* Le '''maintien en conditions opérationnelles de l’entrepôt, du catalogue et du portail'''
* L’'''évolution fonctionnelle et technique de l’entrepôt et du catalogue'''
* L’'''évolution du portail sur la base des demandes validées''' en collège de coordination et portée par la responsable de la communication
* La '''coordination des administrateurs des espaces institutionnels''' de l’entrepôt
* La '''formation, l’accompagnement et la communication''' sur les services proposés par la plateforme
L’équipe est constituée de personnels des établissements partenaires : INRAE, CNRS, Université Grenoble Alpes, Université de Lorraine, Université Marie et Louis Pasteur, Université de Strasbourg et Université Paris Nanterre. +
Le portail '''Pluies extrêmes en France métropolitaine et outre-mer''' donne accès aux '''pluies les plus remarquables''' observées en France métropolitaine et dans les outre-mer.
Les '''bases de données recensent les pluies depuis 1958 pour la métropole et 1965 pour l’outre-mer jusqu’à l’année passée''' et sont mises à jour chaque printemps.
Les événements mémorables n’ont pas un caractère exhaustif. Ils sont enrichis chaque année tant par les événements de l’année passée que par des événements antérieurs qui ont pu être documentés grâce aux études d’archives et au sauvetage des données pluviométriques anciennes. +
Le service '''Plus-Sismique''' a pour objectif de favoriser la connaissance et l’utilisation des nombreuses données sismiques disponibles (notamment grâce aux missions spatiales, CoRoT et Kepler). Le service développe et opère deux outils principaux : La base d’indices sismiques
stellaires (SSI) et le portail ‘Seismic Plus’.
'''SSI''', nous met à disposition des '''indices sismiques''' (grandeurs caractérisant les spectres de pulsation stellaire au premier ordre) et des '''paramètres de granulation''' (caractérisant le temps caractéristique et la puissance de la granulation) pour
~20.000 étoiles géantes rouges et sous-géantes.
'''Le portail Seismic Plus''' recense les '''principales sources de données sismiques stellaires et solaires''' ainsi que les '''sources de données connexes''' le plus souvent utilisées en synergie avec les données sismiques. Il offre une description synthétique et standardisée de ces sources et données. Il permet de localiser dans ces différentes sources les données existantes pour une liste d’étoiles ou une période déterminée dans le cas des données solaires. Il permet de transmettre directement les requêtes à différentes sources pour télécharger ces données. De nombreux outils VO existants sont mis à profit pour la visualisation quick-look des données. Diverses sources de données ou portails sont interconnectés via les interfaces VO
KASOC, HELIO, CDS,…). Le portail Seismic Plus ne contient pas de données, il donne accès aux sources existantes et propose des outils permettant de recouper ces données (évènements solaires/courbes de lumière solaires) ou de les combiner pour produire des données d’ordre supérieur (estimation de rayons, de masses stellaires ou de log(g) sismiques à partir des indices sismiques de SSI et des températures effectives d’autres sources).
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +
Créée par Aymeric Hermann (CNRS) et Robert Forkel (MPI-EVA), '''Pofatu''' (terme pan-Polynésien pour « pierre ») est la première base de données en libre accès dédiée à la compilation des '''données géochimiques et archéologiques pour les analyses de provenance des matières premières et des artefacts'''. En tant que telle, Pofatu constitue un cadre opérationnel qui permet la conservation, le partage et l'utilisation de ces données dans le domaine de l'archéométrie, conformément aux principes FAIR.
En outre, la base de données fournit des métadonnées méthodologiques complètes (détails instrumentaux, procédures analytiques et normes de référence utilisées à des fins d'étalonnage et de contrôle de la qualité) et garantit donc la reproductibilité et la comparabilité entre les études de provenance.
Parce qu'elle est en libre accès, qu'elle permet la reproductibilité et qu'elle facilite la réutilisation des données existantes, Pofatu permettra de créditer les travaux antérieurs tout en faisant progresser les études futures dans le domaine des sciences archéologiques.
La base de données utilise GitHub pour la conservation collaborative et versionnée des données et des formats de fichiers communs non propriétaires (CSV) afin de permettre la transparence et la reproductibilité intégrée pour les études futures. Le contrôle de la qualité de chaque nouveau jeu de données fait l'objet d'un examen par les pairs et de retours d'information de la part des utilisateurs.
Pofatu a remporté un '''prix Science ouverte des données de la recherche''' (catégorie "créer les conditions de la réutilisation") [https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/remise-des-prix-science-ouverte-des-donnees-de-la-recherche-93729 décerné par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche en 2023]. +