« POPS (IPS2) » : différence entre les versions

IPS2 : POPS
Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Plateforme transcriptOmique de l’iPS2
URL	https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr/fiche/ips2-plateforme-de-transcriptomique-pops/
Contact	contact.ips2@u-psud.fr
Localisation	Gif-sur-Yvette
Structure d'appartenance	IPS2
Tutelles	Université Paris-Saclay

Version du 13 décembre 2024 à 11:47

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POPS est la plateforme de transcriptomique des plantes de Paris-Saclay localisée à l'institut de science des plantes Paris-Saclay (IPS2). Elle offre une expertise pour le développement de l’analyse du transcriptome chez les végétaux par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN (RNA-Seq). Leur savoir-faire s’étend de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique et statistiques des données.

Elle propose :

1. Une expertise pour l’analyse de l’expression des gènes chez les plantes par l’utilisation du séquençage à haut-débit de l’ARN. Cette offre est complétée par l’analyse bioinformatique et statistique permettant l’analyse quantitative du transcriptome. 2. Du développement méthodologique afin de répondre au mieux aux demandes de nos collaborateurs et d’élargir notre offre de service.

3. Des formations et de l’animation scientifique

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

Plateforme de bioinformatique
Organismes végétaux

Type de données :Données génomiques, Données de séquençage

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Pour soumettre un projet à la plateforme POPS, il est possible d'envoyer un mail à pops.ips2@universite-paris-saclay.fr en décrivant brièvement le projet. Après une première prise de contact permettant d’étudier la faisabilité du projet, une réunion téléphonique ou sur site sera proposée, afin de définir les objectifs et les questions biologiques, d’établir un plan d’expérience... Les collaborateurs et experts concernés de la plateforme seront présents à cette réunion. Le délai de réalisation des projets varie selon le type d’analyse, le nombre d’échantillons et le taux d’occupation de la plateforme.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 (http://IBiSA)

Conditions générales d'utilisation :

POPS (IPS2) est en lien avec les services et structures

France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IPS2	CATdb POPS (IPS2)

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 {{Service
-|Description=POPS est la plateforme de transcriptomique des plantes de Paris-Saclay localisée à l'institut de science des plantes Paris-Saclay (IPS2). Elle offre une expertise pour le développement de l’'''analyse du transcriptome chez les végétaux par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN (RNA-Seq)'''.
+|Description='''POPS''' est la plateforme de transcriptomique des plantes de Paris-Saclay localisée à l'institut de science des plantes Paris-Saclay (IPS2). Elle offre une expertise pour le développement de l’'''analyse du transcriptome chez les végétaux par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN (RNA-Seq)'''. Leur savoir-faire s’étend de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique et statistiques des données.
-La plateforme est impliquée dans de nombreux projets de recherche et réalise des analyses de transcriptome en collaboration avec des laboratoires partenaires. Ses experts conseillent les utilisateurs sur les technologies à utiliser en tenant compte de leurs contraintes et établissent des plans d’expérience efficaces. Leur savoir-faire s’étend de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique et statistiques des données.
+Elle propose :
-La versatilité de la plateforme POPS se traduit par la diversité des organismes végétaux, la nature et le nombre d’échantillons par projet pouvant être pris en charge. La gamme d’analyse proposée s’enrichit grâce aux activités de développement de la plateforme qui lui permettent de proposer des approches de transcriptomique toujours plus innovantes.
+. Une expertise pour l’'''analyse de l’expression des gènes chez les plantes par l’utilisation du séquençage à haut-débit de l’ARN'''. Cette offre est complétée par l’'''analyse bioinformatique et statistique permettant l’analyse quantitative du transcriptome'''.
+. Du développement méthodologique afin de répondre au mieux aux demandes de nos collaborateurs et d’élargir notre offre de service.
+. Des formations et de l’animation scientifique
 |Discipline=Vie & Santé
 |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution
-|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Végétaux
+|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Organismes végétaux
-|TypeDonnee=Données génomiques
+|TypeDonnee=Données génomiques, Données de séquençage
+|ConditionUsage=Pour soumettre un projet à la plateforme POPS, il est possible d'envoyer un mail à pops.ips2@universite-paris-saclay.fr en décrivant brièvement le projet. Après une première prise de contact permettant d’étudier la faisabilité du projet, une réunion téléphonique ou sur site sera proposée, afin de définir les objectifs et les questions biologiques, d’établir un plan d’expérience... Les collaborateurs et experts concernés de la plateforme seront présents à cette réunion. Le délai de réalisation des projets varie selon le type d’analyse, le nombre d’échantillons et le taux d’occupation de la plateforme.
 |Certification=ISO 9001:2015;
 IBiSA; https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/