UCA Genomix

  UCAGenomix

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Université Côte d'Azur Genomix
URL	https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-genomique-fonctionnelle-ucagenomix-nice-sophia-antipolis/, https://www.ipmc.cnrs.fr/cgi-bin/site.cgi
Contact	plateforme@ipmc.cnrs.fr
Localisation	Valbonne Sophia Antipolis
Structure d'appartenance	France Génomique, IPMC
Tutelles	CNRS, Université Côte d'Azur

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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La plateforme UCAGenomiX fournit une expertise en transcriptomique, bioinformatique et génomique fonctionnelle, allant de la conception expérimentale des expériences jusqu'aux analyses bioinformatiques primaires et secondaires et leur interprétation biologique.

Elle met en œuvre tout un panel d’expériences en génomique (DNA-Seq, Chip-Seq, RNA-Seq, CLIP-Seq) avec une spécialisation dans le profilage -omique sur cellule unique (single cell RNA-Seq, CNV-Seq, ATAC-Seq). Les résultats sont stockés automatiquement sur le portail d’informations de la plateforme Médiante.

Elle propose une expertise en génomique fonctionnelle :

• Conception expérimentale des expériences
• Analyse bioinformatique primaire et secondaire des résultats
• Aide à leur interprétation biologique

La plateforme développe en permanence de nouvelles expertises, en interne ou au travers de collaborations scientifiques.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Séquençage
• Cellule unique
• Génomique
• Transcriptomique
• Bioinformatique
• RNA-Seq
• scRNA-Seq
• Single cell
• Long reads
• Nanopore
• PromethION
• Illumina
• 10x Genomics Chromium

Type de données :Données de séquençage, Données génomiques

Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins

Conditions d'usage : Les demandes de séquençage à haut-débit doivent être déposées sur le portail de l’infrastructure nationale France Genomique. Elles sont évaluées et validées au cas par cas par le comité scientifique d’UCAGenomiX, puis transférées sur le système d’information de la plateforme, Mediante, qui permet un échange sécurisé des données et des résultats.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001-2015 (https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-genomique-fonctionnelle-ucagenomix-nice-sophia-antipolis/)

IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex
IPMC	MICA UCA Genomix

Centre National de la Recherche Scientifique

2015

Systèmes de management de la qualité

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.