« TGML » : différence entre les versions

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|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).
|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).


Les services proposés sont :
Les services proposés sont :  
* Construction de librairies de séquençage ChIP-Seq
 
* Construction de librairies de séquençage RNA-Seq : sélection poly(A) et ribo-déplétion
* '''Biologie moléculaire'''
* Construction de librairies de séquençage miRNA-Seq
# Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
* Construction de librairies avec le Chromium Controller : single cell et linked reads
# Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
* Séquençage,
# Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
* '''Bioinformatique''' :
# Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
# OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
# PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)
* Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs
* Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs
* Réalisation d’analyses bioinformatiques.
* Réalisation d’analyses bioinformatiques.

Version du 14 novembre 2023 à 17:19

TGML
Type de service Plateforme de calcul
Statut En production
Autres noms Transcriptomique et génomique Marseille Luminy
URL https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy
Contact denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr
Localisation
Structure d'appartenance TAGC, France Génomique
Tutelles INSERM, Aix-Marseille Université


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse
Documentation
Stockage




La plateforme TGML propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au séquençage à haut débit. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du transcriptome et de la génomique fonctionnelle. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).

Les services proposés sont :

  • Biologie moléculaire
  1. Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
  2. Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
  3. Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
  • Bioinformatique :
  1. Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
  2. OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
  3. PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)
  • Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs
  • Réalisation d’analyses bioinformatiques.


Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé


PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique
  • Génomique
  • Biostatistique
  • Logiciel
  • Séquençage
  • Analyse à grande échelle

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle Usagers et bénéficiaires :


Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 ([https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf%0ANFX_50-900:2016 https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf NFX 50-900:2016])

Conditions générales d'utilisation :

TGML est en lien avec les services et structures

IFB



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
France GénomiqueGeT
LIGAN-PM
GenomiqueENS
TGML
TAGCTGML


Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant.

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