« TGML » : différence entre les versions

TGML
Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Transcriptomique et génomique Marseille Luminy
URL	https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy
Contact	denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr
Localisation
Structure d'appartenance	TAGC
Tutelles	INSERM, Aix-Marseille Université

Version du 14 novembre 2023 à 17:13

La plateforme TGML propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au séquençage à haut débit. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du transcriptome et de la génomique fonctionnelle. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).

Les services proposés sont :

Construction de librairies de séquençage ChIP-Seq
Construction de librairies de séquençage RNA-Seq : sélection poly(A) et ribo-déplétion
Construction de librairies de séquençage miRNA-Seq
Construction de librairies avec le Chromium Controller : single cell et linked reads
Séquençage,
Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs
Réalisation d’analyses bioinformatiques.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

Plateforme de bioinformatique
Génomique
Biostatistique
Logiciel
Séquençage
Analyse à grande échelle

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 ([https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf%0ANFX_50-900:2016 https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf NFX 50-900:2016])

Conditions générales d'utilisation :

TGML est en lien avec les services et structures

IFB, France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML
TAGC	TGML

@@ Ligne 12 : / Ligne 12 : @@
 }}
 {{Service
-|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''.
+|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).
 Les services proposés sont :
+* Construction de librairies de séquençage ChIP-Seq
-* '''Biologie moléculaire''' :
+* Construction de librairies de séquençage RNA-Seq : sélection poly(A) et ribo-déplétion
-# Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
+* Construction de librairies de séquençage miRNA-Seq
-# Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
+* Construction de librairies avec le Chromium Controller : single cell et linked reads
-# Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
+* Séquençage,
+* Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs
-'''Bioinformatique''' :
+* Réalisation d’analyses bioinformatiques.
-# Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
-# OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
-# PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)
 |Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
 |SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique