« TGML » : différence entre les versions
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|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Génomique, Biostatistique, Logiciel, Séquençage, Analyse à grande échelle | |Thematique=Plateforme de bioinformatique, Génomique, Biostatistique, Logiciel, Séquençage, Analyse à grande échelle | ||
|Communaute=Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle | |||
|Certification=ISO 9001:2015; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf | |Certification=ISO 9001:2015; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf | ||
NFX 50-900:2016; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf | NFX 50-900:2016; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf | ||
Version du 14 novembre 2023 à 16:10
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|---|---|
| Type de service | Plateforme de calcul |
| Statut | En production |
| Autres noms | Transcriptomique et génomique Marseille Luminy |
| URL | https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy |
| Contact | denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr |
| Localisation | |
| Structure d'appartenance | TAGC |
| Tutelles | INSERM, Aix-Marseille Université |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Les services proposés sont :
- Biologie moléculaire :
- Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
- Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
- Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
Bioinformatique :
- Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
- OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
- PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)
Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé
PE6 Sciences informatiques et informatique
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Génomique
- Biostatistique
- Logiciel
- Séquençage
- Analyse à grande échelle
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :ISO 9001:2015 ([https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf%0ANFX_50-900:2016 https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf NFX 50-900:2016])
Conditions générales d'utilisation :
TGML est en lien avec les services et structures
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| France Génomique | GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex |
| TAGC | TGML |