Bio2M

  Bio2M

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Bio-Informatique et Bio-Marqueurs
URL	https://www.bio2m.fr/
Contact	therese.commes@inserm.fr, anthony.boureux@inserm.fr, florence.ruffle@inserm.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	DRI
Tutelles	INSERM

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

La plateforme BIO2M (Bio-Informatique et Bio-Marqueurs) est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide des données NGS à grande échelle. Elle propose une expertise des méthodes d’analyse des données de séquençage haut-débit (NGS). Son champ d’application est la recherche de biomarqueurs en santé humaine.

Elle est composée de spécialistes de l'algorithme textuel qui se concentrent sur la conception de nouveaux outils et de nouvelles structures pour l'analyse de l'ARN-Seq. Ils ont créée une nouvelle structure de données capable d'organiser les reads pour des requêtes très rapides et développé un logiciel, appelé CRAC.

La plateforme propose les services suivants :

• NGS

1. Conception et design de projets de séquençage haut-débit
2. Conception de pipelines

• Analyse des données DNA-Seq

1. Recherche de mutations : CracTools, Hisat2/Freebayes

• Analyse des données RNA-Seq

1. Vérification de la qualité des données : FastqC, Kmertool
2. Alignement sur génome de référence : CRAC, STAR, Hisat2
3. Analyses d’expression différentielle avec approche par k-mers : DE-kupl, CountTags
4. Analyse d’expression différentielle de gènes : Kallisto, SLEUTH, DE-SEq2, EdgeR
5. Recherche d’ARN et gènes de fusion : ChimCT
6. Reconstruction de transcrits incluant les ARN non codants : Stringtie

Des formations sont également proposées :

• Formations courtes pour les biologistes et les bio-informaticiens (3-4 jours).
• Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Bio2M est en lien avec les services et structures

IFB, GenoToul, ATGC, France Génomique, LIRMM

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
DRI	Bio2M