« Bio2M » : différence entre les versions
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* Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes. | * Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes. | ||
Version du 13 novembre 2023 à 11:02
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|---|---|
| Type de service | Plateforme de calcul |
| Statut | En production |
| Autres noms | Bio-Informatique et Bio-Marqueurs |
| URL | https://www.bio2m.fr/ |
| Contact | therese.commes@inserm.fr, anthony.boureux@inserm.fr, florence.ruffle@inserm.fr |
| Localisation | Montpellier |
| Structure d'appartenance | DRI |
| Tutelles | INSERM |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme BIO2M (Bio-Informatique et Bio-Marqueurs) est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide des données NGS à grande échelle. Elle propose une expertise des méthodes d’analyse des données de séquençage haut-débit (NGS). Son champ d’application est la Recherche de biomarqueurs en santé humaine.
La plateforme propose les services suivants :
- NGS
- Conception et design de projets de séquençage haut-débit
- Conception de pipelines
- Analyse des données DNA-Seq
- Recherche de mutations : CracTools, Hisat2/Freebayes
- Analyse des données RNA-Seq
- Vérification de la qualité des données : FastqC, Kmertool
- Alignement sur génome de référence : CRAC, STAR, Hisat2
- Analyses d’expression différentielle avec approche par k-mers : DE-kupl, CountTags
- Analyse d’expression différentielle de gènes : Kallisto, SLEUTH, DE-SEq2, EdgeR
- Recherche d’ARN et gènes de fusion : ChimCT
- Reconstruction de transcrits incluant les ARN non codants : Stringtie
Des formations sont également proposées :
- Formations courtes pour les biologistes et les bio-informaticiens (3-4 jours).
- Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes.
Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé
Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :
Bio2M est en lien avec les services et structures
IFB, GenoToul, ATGC, France Génomique
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| DRI | Bio2M |