LoRDEC

  LoRDEC

Type de service	Outils de gestion des données
Statut	En production
Autres noms	LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads
URL	http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/, http://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/
Contact	Eric.Rivals@lirmm.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	LIRMM
Tutelles	CNRS

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

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Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Bioinformatique
• Outil d'analyse
• Analyse de données de séquençage NGS
• Méthodologie
• Alignements de lectures sur des génomes

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

LoRDEC est en lien avec les services et structures

IFB, CNRS Sciences informatiques

Portée internationale de LoRDEC

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
LIRMM	ATGC LoRDEC DORIST

Centre National de la Recherche Scientifique