« UCA Genomix » : différence entre les versions

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{{Infobox Service
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|NomService=UCA Genomix
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|ContactMel=plateforme@ipmc.cnrs.fr
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|Localisation=Valbonne Sophia Antipolis
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|Description=La '''plateforme UCAGenomiX''' fournit une expertise en '''transcriptomique, bioinformatique et génomique fonctionnelle''', allant de la conception expérimentale des expériences jusqu'aux analyses bioinformatiques primaires et secondaires et leur interprétation biologique.
|Description=La '''plateforme UCAGenomiX''' fournit une expertise en '''transcriptomique, bioinformatique et génomique fonctionnelle''', allant de la conception expérimentale des expériences jusqu'aux analyses bioinformatiques primaires et secondaires et leur interprétation biologique.


Elle met en œuvre tout un panel d’'''expériences en génomique''' (DNA-Seq, Chip-Seq, RNA-Seq, CLIP-Seq) avec une spécialisation dans le profilage -omique sur cellule unique (single cell RNA-Seq, CNV-Seq, ATAC-Seq)
Elle met en œuvre tout un panel d’'''expériences en génomique''' (DNA-Seq, Chip-Seq, RNA-Seq, CLIP-Seq) avec une spécialisation dans le profilage -omique sur cellule unique (single cell RNA-Seq, CNV-Seq, ATAC-Seq). Les résultats sont '''stockés automatiquement sur le portail d’informations de la plateforme Médiante'''.


Elle propose une expertise en génomique fonctionnelle :
Elle propose une expertise en génomique fonctionnelle :
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|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Séquençage, Cellule unique, Génomique, Transcriptomique, Bioinformatique, RNA-Seq, scRNA-Seq, Single cell, Long reads, Nanopore, PromethION, Illumina, 10x Genomics Chromium
|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Séquençage, Cellule unique, Génomique, Transcriptomique, Bioinformatique, RNA-Seq, scRNA-Seq, Single cell, Long reads, Nanopore, PromethION, Illumina, 10x Genomics Chromium
|TypeDonnee=Données de séquençage
|TypeDonnee=Données de séquençage, Données génomiques
|Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique.
|Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique.
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins

Dernière version du 18 décembre 2024 à 09:04

  UCA Genomix
Type de service Plateforme d'acquisition
Statut En production
Autres noms Université Côte d'Azur Genomix, Plateforme de génomique fonctionnelle de Nice-Sophia Antipolis
URL https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-genomique-fonctionnelle-ucagenomix-nice-sophia-antipolis/, https://www.ipmc.cnrs.fr/cgi-bin/site.cgi
Contact plateforme@ipmc.cnrs.fr
Localisation Valbonne Sophia Antipolis
Structure d'appartenance France Génomique, IPMC
Tutelles CNRS, Université Côte d'Azur


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


Leaflet | © OpenStreetMap contributors




La plateforme UCAGenomiX fournit une expertise en transcriptomique, bioinformatique et génomique fonctionnelle, allant de la conception expérimentale des expériences jusqu'aux analyses bioinformatiques primaires et secondaires et leur interprétation biologique.

Elle met en œuvre tout un panel d’expériences en génomique (DNA-Seq, Chip-Seq, RNA-Seq, CLIP-Seq) avec une spécialisation dans le profilage -omique sur cellule unique (single cell RNA-Seq, CNV-Seq, ATAC-Seq). Les résultats sont stockés automatiquement sur le portail d’informations de la plateforme Médiante.

Elle propose une expertise en génomique fonctionnelle :

  • Conception expérimentale des expériences
  • Analyse bioinformatique primaire et secondaire des résultats
  • Aide à leur interprétation biologique
La plateforme développe en permanence de nouvelles expertises, en interne ou au travers de collaborations scientifiques.


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

  • Plateforme de bioinformatique
  • Séquençage
  • Cellule unique
  • Génomique
  • Transcriptomique
  • Bioinformatique
  • RNA-Seq
  • scRNA-Seq
  • Single cell
  • Long reads
  • Nanopore
  • PromethION
  • Illumina
  • 10x Genomics Chromium

Type de données :Données de séquençage, Données génomiques

Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins


Conditions d'usage : Les demandes de séquençage à haut-débit doivent être déposées sur le portail de l’infrastructure nationale France Genomique. Elles sont évaluées et validées au cas par cas par le comité scientifique d’UCAGenomiX, puis transférées sur le système d’information de la plateforme, Mediante, qui permet un échange sécurisé des données et des résultats.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001-2015 (https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-genomique-fonctionnelle-ucagenomix-nice-sophia-antipolis/)

IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

Conditions générales d'utilisation :



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
France GénomiqueGeT
LIGAN-PM
GenomiqueENS
TGML
MGX
GenomEast
GENOMAX
UCA Genomix
PSI2BC
Biomics
ICGex
IPMCMICA
UCA Genomix