Transcriptomique et Génomique Appliquée

  Transcriptomique et Génomique Appliquée

Type de service	Plateforme d'acquisition
Statut	En production
Autres noms	TAG
URL	https://www.pasteur-lille.fr/recherche-medicale/plateforme-technologique/
Contact	david.hot@pasteur-lille.fr
Localisation	Lille
Structure d'appartenance	Plateformes Lilloises en Biologie et Santé
Tutelles	Université de Lille, CNRS, INSERM, CHU Lille, Institut Pasteur Lille

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Planification

Collecte

Analyse

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La plateforme Transcriptomique et Génomique Appliquée (TAG) met à la disposition de la communauté scientifique des applications basées sur les technologies de séquençage haut-débit et de microarray:

- DNA-seq (WGS, amplicon seq, Tn-seq), - RNA-seq (classique RNA-seq, differential RNA-seq), - Métagénomique ciblée.

Pour cela, la plateforme TAG est équipée d’un séquenceur à haut débit PGM Ion Torrent (Life Technologies) et a accès à des MiSeq et NextSeq (Illumina), d’un système d’isolation et de préparation de librairie au départ de cellule unique (C1 Single Cell Fluidigm) et des solutions intégrées pour travailler les microarrays Agilent Technologies (SureScan) et Illumina (iScan). De plus, des petits équipements permettent la quantification et qualification des acides nucléiques (BioAnalyzer, Nanodrop, Thermocycleurs, …).

Ces services de production de données peuvent se faire sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation. Dans le cadre de ce service, une équipe pluridisciplinaire (biologiste, bio-informaticien, bio-statisticien) peut intervenir depuis la mise en place du projet jusqu’à l’analyse des données.

Durant toute la durée de vie du projet, la plateforme assure la sauvegarde des données produites.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions; LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

Type de données :Données de séquençage aux formats bcl, fastq, fast5… Images de scan et d’analyse de microarray aux formats gif, txt, galFichiers d’annotation aux formats gbk, art, txt

Communauté d'utilisateurs : Le personnel des établissements publics de recherche et d’enseignement supérieur ainsi que le personnel des établissements privés peuvent bénéficier des services de la plateforme TAG et cela tant en France qu’à l’international. Usagers et bénéficiaires :Ce service est avant tout proposé aux chercheurs qui ont besoin de produire des données de biologie moléculaire dans le cadre de leur projet de recherche.

Conditions d'usage : Les équipements ne sont pas accessibles aux extérieurs. Une équipe de biologistes expérimentés se chargent de réaliser les manipulations. Le service sera réalisé sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation selon la thématique du projet et le financement de ce dernier.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Plateformes Lilloises en Biologie et Santé	Transcriptomique et Génomique Appliquée Bilille

Centre National de la Recherche Scientifique