« Go@l » : différence entre les versions
Aucun résumé des modifications |
Aucun résumé des modifications |
||
| (7 versions intermédiaires par 2 utilisateurs non affichées) | |||
| Ligne 4 : | Ligne 4 : | ||
|TypeService=Plateforme d'acquisition | |TypeService=Plateforme d'acquisition | ||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
| | |NomDéveloppé=GenOmique at Lille | ||
|UrlService=https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique | |UrlService=https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique | ||
|ContactMel=genomique-plbs@univ-lille.fr | |ContactMel=genomique-plbs@univ-lille.fr | ||
| Ligne 12 : | Ligne 12 : | ||
|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Documentation | |PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Documentation | ||
|International=Non | |International=Non | ||
|NomAlternatif=GenOmique at Lille | |||
}} | }} | ||
{{Service | {{Service | ||
| Ligne 17 : | Ligne 18 : | ||
Elle comprend deux plateaux spécialisés : | Elle comprend deux plateaux spécialisés : | ||
* Le | * Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics ([[Transcriptomique et Génomique Appliquée|TAG]]) | ||
* Le | * Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS) | ||
La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes : | La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes : | ||
* Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | * '''Génomique « génomes entiers »''' : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | ||
* Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | * '''Transcriptomique''' : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | ||
* Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS. | * '''Métagénomique''' : amplicon-seq ciblé 16S-ITS. | ||
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | ||
| Ligne 31 : | Ligne 32 : | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de génomique | |Thematique=Plateforme de génomique, Transcriptomique, Single cell, RNA-Seq, Small RNA-Seq, Biostatistique, DGE | ||
|TypeDonnee=Données de séquençage | |TypeDonnee=Données de séquençage, Données génomiques | ||
|PerimetreCommunaute=ESR, thématique, privé, national | |||
|Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. | |Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. | ||
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins | |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins | ||
|ConditionUsage=La soumission des projets se fait par l’intermédiaire du portail internet de France Génomique | |ConditionUsage=La soumission des projets se fait par l’intermédiaire du portail internet de France Génomique | ||
|Certification=IBiSA; | |Certification=IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/ | ||
|Relation=France Génomique | |Relation=France Génomique, Transcriptomique et Génomique Appliquée | ||
}} | }} | ||
Dernière version du 22 avril 2026 à 16:18
| |
|---|---|
| Type de service | Plateforme d'acquisition |
| Statut | En production |
| Nom développé | GenOmique at Lille |
| URL | https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique |
| Contact | genomique-plbs@univ-lille.fr |
| Localisation | Lille |
| Structure d'appartenance | PLBS |
| Tutelles | Université de Lille, Inserm, CHU de Lille, CNRS, Institut Pasteur de Lille |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme Go@l offre son expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit.
Elle comprend deux plateaux spécialisés :
- Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG)
- Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS)
La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes :
- Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays.
- Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell.
- Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS.
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :
- Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne.
- Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée.
- Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de génomique
- Transcriptomique
- Single cell
- RNA-Seq
- Small RNA-Seq
- Biostatistique
- DGE
Type de données :Données de séquençage, Données génomiques
Périmètre de communauté : ESR, thématique, privé, national
Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique.
Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins
Conditions d'usage : La soumission des projets se fait par l’intermédiaire du portail internet de France Génomique
Conditions tarifaires :
Certification/Label :IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)
Conditions générales d'utilisation :
Go@l est en lien avec les services et structures
France Génomique, Transcriptomique et Génomique Appliquée
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| PLBS | Transcriptomique et Génomique Appliquée Bilille Go@l |