« LoRDEC » : différence entre les versions

LoRDEC
Type de service	Outils de gestion des données
Statut	En production
Nom développé	LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads
Autres noms
URL	http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/, https://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/
Contact	Eric.Rivals@lirmm.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	LIRMM
Tutelles	CNRS

Dernière version du 28 avril 2025 à 09:45

Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

Bioinformatique
Outil d'analyse
Analyse de données de séquençage NGS
Méthodologie
Alignements de lectures sur des génomes

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

LoRDEC est en lien avec les services et structures

IFB, CNRS Sciences informatiques

Portée internationale de LoRDEC

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
LIRMM	ATGC LoRDEC DORIST AgroPortal IndustryPortal LIRMM GitLab

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 |TypeService=Outils de gestion des données
 |StatutService=En production
+|NomDéveloppé=LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads
 |NomAlternatif=LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads
-|UrlService=http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/ , http://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/
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 |ContactMel=Eric.Rivals@lirmm.fr
 |Localisation=Montpellier
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 |Tutelle=CNRS
 |PhaseCycleVie=Analyse, Documentation
+|International=Non
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-[[Aide à la gestion:: logiciel| ]]
 {{Service
 |Description=Le logiciel de bioinformatique  LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données.
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