« Go@l » : différence entre les versions
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* Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | * '''Génomique « génomes entiers »''' : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | ||
* Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | * '''Transcriptomique''' : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | ||
* Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS. | * '''Métagénomique''' : amplicon-seq ciblé 16S-ITS. | ||
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | ||
* Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne. | * '''Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne'''. | ||
* Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée. | * '''Analyse différentielle d’expression''', analyse non supervisée. | ||
* Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose. | * '''Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose'''. | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de génomique | |Thematique=Plateforme de génomique, Transcriptomique, Single cell, RNA-Seq, Small RNA-Seq, Biostatistique, DGE | ||
|TypeDonnee=Données de séquençage | |TypeDonnee=Données de séquençage, Données génomiques | ||
|Certification=IBiSA; | |Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. | ||
|Relation=France Génomique | |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins | ||
|ConditionUsage=La soumission des projets se fait par l’intermédiaire du portail internet de France Génomique | |||
|Certification=IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/ | |||
|Relation=France Génomique, Transcriptomique et de Génomique Appliquée | |||
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Dernière version du 18 avril 2025 à 15:21
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| Type de service | Plateforme d'acquisition |
| Statut | En production |
| Nom développé | GenOmique at Lille |
| Autres noms | |
| URL | https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique |
| Contact | genomique-plbs@univ-lille.fr |
| Localisation | Lille |
| Structure d'appartenance | PLBS |
| Tutelles | Université de Lille, Inserm, CHU de Lille, CNRS, Institut Pasteur de Lille |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme Go@l offre son expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit.
Elle comprend deux plateaux spécialisés :
- Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG)
- Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS)
La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes :
- Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays.
- Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell.
- Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS.
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :
- Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne.
- Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée.
- Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de génomique
- Transcriptomique
- Single cell
- RNA-Seq
- Small RNA-Seq
- Biostatistique
- DGE
Type de données :Données de séquençage, Données génomiques
Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins
Conditions d'usage : La soumission des projets se fait par l’intermédiaire du portail internet de France Génomique
Conditions tarifaires :
Certification/Label :IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)
Conditions générales d'utilisation :
Go@l est en lien avec les services et structures
France Génomique, Transcriptomique et de Génomique Appliquée
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| PLBS | Transcriptomique et Génomique Appliquée Bilille Go@l |