EDNA

  EDNA

Type de service	Plateforme d'acquisition
Statut	En production
Nom développé	Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes
Autres noms
URL	https://leca.osug.fr/eDNA-AnaEE-France-272
Contact	stephen.mulero@univ-grenoble-alpes.fr
Localisation	Grenoble
Structure d'appartenance	LECA, AnaEE-France
Tutelles	CNRS, Université Grenoble Alpes, Université Savoie Mont Blanc

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

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La plateforme EDNA est spécialisée dans l'approche metabarcoding pour identifier les communautés microbiennes, animales et végétales en utilisant des échantillons environnementaux (sol, eau, fèces etc.). Habituellement, le metabarcode d'ADN est conçu selon la question scientifique, et cible l'ADN multi-copie (ADN de chloroplaste, ADN mitochondrial, ADN ribosomal nucléaire). La plateforme eDNA peut offrir un support pour :

• la conception des expériences selon la question scientifique, les contraintes techniques et la stratégie pour assurer la qualité des données;
• extraction d'ADN à grande échelle;
• amplification d'ADN à grande échelle;
• la sous-traitance du séquençage avec une entreprise qui fournit un service de haute qualité lors du séquençage d'amplicons;
• l'analyse des séquences brutes jusqu'à la production d'un tableau de cotingence qui sera ultérieurement analysé par l'écologiste;
• la discussion sur l'interprétation scientifique en fonction des pièges potentiels de l'approche metabarcoding.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE10 Sciences du Système Terre LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

• Metabarcoding

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Politiques : Politique de données

Conditions d'usage : Formulaire pour déposer un projet auprès d'une ou plusieurs plateforme(s) AnaEE-France sur le portail de dépôt de projet : https://isia.cnrs.fr/

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AnaEE-France	SETE Station des Nouragues Ecotron Ile de France Ecotron Européen de Montpellier PLANAQUA EcogenO AnaEE-France Metadata Catalog AnaEE-France entrepôt Jardin du Lautaret EDNA O3HP Puéchabon PEARL XPO OLA SI OLA
LECA	EDNA
OSUG	SSHADE-F AMMA-CATCH-DB CRYOBS-CLIM Theia/OZCAR-SI JMMC OHM-CV GLACIOCLIM SDC Epos-France Sismob HC-DC CDOS OSUG Corebook APK PINTE Plateforme Instrumentation et Terrain (EDYTEM) PTAL Plateforme Analytique (EDYTEM) EDNA BDOH Draix-Bléone