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De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | ||
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|Thematique=Plateforme de génomique | |||
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Version du 3 décembre 2024 à 12:52
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| Type de service | Plateforme d'acquisition |
| Statut | En production |
| Autres noms | |
| URL | https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique |
| Contact | genomique-plbs@univ-lille.fr |
| Localisation | Lille |
| Structure d'appartenance | PLBS |
| Tutelles | Université de Lille, Inserm, CHU de Lille, CNRS, Institut Pasteur de Lille |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Page en construction
La plateforme Go@l offre son expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit.
Elle comprend deux plateaux spécialisés :
- Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG), localisé à l’Institut Pasteur de Lille, est spécialisé dans les applications de microbiologie.
- Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS), intégré dans les locaux du Centre de Biologie Pathologie Génétique du CHU de Lille, développe son expertise notamment au service de la génomique humaine associée à des pathologies ciblées et l'étude de modèles animaux.
La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes :
- Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays.
- Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell.
- Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS.
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :
- Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne.
- Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée.
- Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de génomique
Type de données :Données de séquençage
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/genomic-at-lille-go-l-625.html)
Conditions générales d'utilisation :
Go@l est en lien avec les services et structures
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| PLBS | Transcriptomique et Génomique Appliquée Bilille Go@l |