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Version du 17 novembre 2023 à 11:19

466 octets ajoutés ,  17 novembre 2023
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|TypeService=Plateforme de calcul
|TypeService=Plateforme de calcul
|StatutService=En production
|StatutService=En production
|NomAlternatif=Transcriptomique et génomique Marseille Luminy
|NomAlternatif=Transcriptomique et génomique Marseille Luminy, TAGC-BU
|UrlService=https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy
|UrlService=https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy
|ContactMel=denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr
|ContactMel=denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr
|StructureAppartenance=TAGC
|StructureAppartenance=TAGC, France Génomique
|Tutelle=INSERM, Aix-Marseille Université
|Tutelle=INSERM, Aix-Marseille Université
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage
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|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).
|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).


Les services proposés sont :
Les services proposés sont :  
* Construction de librairies de séquençage ChIP-Seq
 
* Construction de librairies de séquençage RNA-Seq : sélection poly(A) et ribo-déplétion
* '''Biologie moléculaire'''
* Construction de librairies de séquençage miRNA-Seq
# Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
* Construction de librairies avec le Chromium Controller : single cell et linked reads
# Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
* Séquençage,
# Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
* Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs
* Réalisation d’analyses bioinformatiques.
* '''Bioinformatique''' :
# Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
# OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
# PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)
|Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
|Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
|SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique
|SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique
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|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Génomique, Biostatistique, Logiciel, Séquençage, Analyse à grande échelle
|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Génomique, Biostatistique, Logiciel, Séquençage, Analyse à grande échelle
|Communaute=Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle
|Communaute=Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle
|Certification=ISO 9001:2015; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf
|Certification=ISO 9001:2015; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf,
NFX 50-900:2016; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf
NFX 50-900:2016; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf,
IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/
IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/
|Relation=IFB, France Génomique
|Relation=IFB
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