« TGML » : différence entre les versions
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|NomAlternatif=Transcriptomique et génomique Marseille Luminy | |NomAlternatif=Transcriptomique et génomique Marseille Luminy, TAGC-BU | ||
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|ContactMel=denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr | |ContactMel=denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr | ||
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|Tutelle=INSERM, Aix-Marseille Université | |Tutelle=INSERM, Aix-Marseille Université | ||
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage | |PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage | ||
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|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. | |Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires). | ||
Les services proposés sont : | Les services proposés sont : | ||
* '''Biologie moléculaire''' | * '''Biologie moléculaire''' | ||
# Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH) | # Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH) | ||
# Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels | # Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels | ||
# Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq | # Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq | ||
'''Bioinformatique''' : | * '''Bioinformatique''' : | ||
# Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données | # Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données | ||
# OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF | # OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF | ||
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|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Génomique, Biostatistique, Logiciel, Séquençage, Analyse à grande échelle | |Thematique=Plateforme de bioinformatique, Génomique, Biostatistique, Logiciel, Séquençage, Analyse à grande échelle | ||
|Certification=ISO 9001:2015; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf | |Communaute=Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle | ||
NFX 50-900:2016; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf | |Certification=ISO 9001:2015; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf, | ||
NFX 50-900:2016; https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf, | |||
IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/ | IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/ | ||
|Relation=IFB | |Relation=IFB | ||
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Dernière version du 17 novembre 2023 à 11:19
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|---|---|
| Type de service | Plateforme de calcul |
| Statut | En production |
| Autres noms | Transcriptomique et génomique Marseille Luminy, TAGC-BU |
| URL | https://tagc.univ-amu.fr/en/resources/transcriptomic-genomic-platform-marseille-luminy |
| Contact | denis.puthier@univ-amu.fr, beatrice.loriod@inserm.fr |
| Localisation | |
| Structure d'appartenance | TAGC, France Génomique |
| Tutelles | INSERM, Aix-Marseille Université |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme TGML propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au séquençage à haut débit. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du transcriptome et de la génomique fonctionnelle. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).
Les services proposés sont :
- Biologie moléculaire
- Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
- Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
- Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
- Bioinformatique :
- Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
- OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
- PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)
Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé
PE6 Sciences informatiques et informatique
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Génomique
- Biostatistique
- Logiciel
- Séquençage
- Analyse à grande échelle
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Communautés de la recherche publique française et internationale, industrielle Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :ISO 9001:2015 (https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-iso-9001.pdf)
NFX 50-900:2016 (https://qualite.ibisa.net/certificats/tgml-nfx.pdf)
IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)
Conditions générales d'utilisation :
TGML est en lien avec les services et structures
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| France Génomique | GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML |
| TAGC | TGML |