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Dernière version du 14 novembre 2023 à 13:52
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|---|---|
| Type de service | Plateforme de calcul |
| Statut | En production |
| Autres noms | Bio-Informatique et Bio-Marqueurs |
| URL | https://www.bio2m.fr/ |
| Contact | therese.commes@inserm.fr, anthony.boureux@inserm.fr, florence.ruffle@inserm.fr |
| Localisation | Montpellier |
| Structure d'appartenance | DRI |
| Tutelles | INSERM |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
La plateforme BIO2M (Bio-Informatique et Bio-Marqueurs) est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide des données NGS à grande échelle. Elle propose une expertise des méthodes d’analyse des données de séquençage haut-débit (NGS). Son champ d’application est la recherche de biomarqueurs en santé humaine.
Elle est composée de spécialistes de l'algorithme textuel qui se concentrent sur la conception de nouveaux outils et de nouvelles structures pour l'analyse de l'ARN-Seq.
La plateforme propose les services suivants :
- NGS
- Conception et design de projets de séquençage haut-débit
- Conception de pipelines
- Analyse des données DNA-Seq
- Recherche de mutations : CracTools, Hisat2/Freebayes
- Analyse des données RNA-Seq
- Vérification de la qualité des données : FastqC, Kmertool
- Alignement sur génome de référence : CRAC, STAR, Hisat2
- Analyses d’expression différentielle avec approche par k-mers : DE-kupl, CountTags
- Analyse d’expression différentielle de gènes : Kallisto, SLEUTH, DE-SEq2, EdgeR
- Recherche d’ARN et gènes de fusion : ChimCT
- Reconstruction de transcrits incluant les ARN non codants : Stringtie
Des formations sont également proposées :
- Formations courtes pour les biologistes et les bio-informaticiens (3-4 jours).
- Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes.
Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé
Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
- Génomique
- Logiciel
- Analyse à grande échelle
- Séquençage
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :
Bio2M est en lien avec les services et structures
IFB, GenoToul, ATGC, France Génomique, LIRMM
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| DRI | Bio2M |