Bio2M

  Bio2M

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms
URL	https://www.bio2m.fr/
Contact	therese.commes@inserm.fr, anthony.boureux@inserm.fr, florence.ruffle@inserm.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	DRI
Tutelles	INSERM

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

La plateforme BIO2M (Bio-Informatique et Bio-Marqueurs) est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide des données NGS à grande échelle. Elle propose une expertise des méthodes d’analyse des données de séquençage haut-débit (NGS). Son champ d’application est la Recherche de biomarqueurs en santé humaine.

La plateforme propose les services suivants :

• NGS

1. Conception et design de projets de séquençage haut-débit.
2. Conception de pipelines

• Analyse des données DNA-Seq

1. Recherche de mutations : CracTools, Hisat2/Freebayes

• Analyse des données RNA-Seq

1. Vérification de la qualité des données : FastqC, Kmertool
2. Alignement sur génome de référence : CRAC, STAR, Hisat2
3. Analyses d’expression différentielle avec approche par k-mers : DE-kupl, CountTags
4. Analyse d’expression différentielle de gènes : Kallisto, SLEUTH, DE-SEq2, EdgeR
5. Recherche d’ARN et gènes de fusion : ChimCT
6. Reconstruction de transcrits incluant les ARN non codants : Stringtie

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Bio2M est en lien avec les services et structures

IFB, GenoToul, ATGC, France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
DRI	Bio2M