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Version du 14 juin 2017 à 10:08
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E
''' EaSy Data''' a été identifié comme étant l’'''entrepôt thématique national''' des données dites « orphelines » ou de longue traine de l’Environnement et du Système Terre. Les '''données de longue traîne''' peuvent y être déposées simplement, dans le respect des principes FAIR, et bénéficier d’un DOI pour chaque jeu de données. Une équipe de référents thématiques distribués accompagne et conseille les utilisateurs tout au long du processus.
Cet '''entrepôt de données thématique''' est porté par l’ensemble des partenaires de l’IR DATA TERRA et des pôles de données (CNRS, CNES, IRD, INRAE, Météo-France, Ifremer, IGN, BRGM, …). Une équipe dédiée associant des experts du BRGM et de DATA TERRA coordonne sa mise en œuvre. L’entrepôt est hébergé au BRGM.
Les '''métadonnées respectent les principes FAIR''' conformément aux recommandations nationales et européennes. Des vocabulaires sont utilisés pour améliorer la qualité de description des jeux de données et garantir un certain niveau d’interopérabilité entre systèmes. Un système de modération assure la qualité des dépôts effectués. Elles respectent les standards et directives du domaine ('''ISO 19115-3, INSPIRE'''). Elles sont compatibles et exportables vers d’autres formats et schémas de métadonnées (GeoDCAT-AP, DataCite, ..). Elles sont accessibles via des API standardisées dans différents formats (JSON, XML, RDF).
EaSy Data rend visible les jeux de données d’autres entrepôts thématiques (e.g. Seanoe, Data Indores), et les données stockées dans cet entrepôt seront référencées au niveau du catalogue de '''DATA TERRA''' mais également au niveau national dans le catalogue de '''Recherche Data Gouv'''.
L’entrepôt de données peut être moissonné via des protocoles normalisés (OAI-PMH, CSW, OpenSearch). Les métadonnées de l’entrepôt seront visibles dans les catalogues de données et des services de l’IR DATA TERRA et dans le catalogue de la plate-forme nationale fédérée de la recherche.
EaSy Data propose une interface conviviale et simple d’utilisation pour le dépôt et les recherches. Il est basé sur des standards reconnus par les communautés du Système Terre et de l’Environnement, facilitant la '''découverte et la réutilisation des données''' déposées.
2
'''2P2IDB''' est une '''base de données structurale''' dédiée aux '''interactions protéine-protéine''' pour lesquelles des '''inhibiteurs d’interface''' ont été caractérisés. Cette base de données développée et maintenue par le [[CRCM]] contient des données structurales sur les interfaces protéine-protéine et leurs inhibiteurs connus. +
A
'''ABCdb''', '''Archaeal and Bacterial ABC Systems database''', est une base de données de systèmes ABC de bactéries et d’archées. +
'''ADES''' est le '''portail national d’Accès aux Données sur les Eaux Souterraines''' pour la France métropolitaine et les départements d’outre-mer. Il rassemble sur un site Internet public des '''données quantitatives et qualitatives relatives aux eaux souterraines'''.
Les objectifs de cet outil sont de :
*constituer un outil de collecte et de conservation des données sur les eaux souterraines,
*être mobilisable par un large ensemble de partenaires,
*permettre les traitements nécessaires à l’action de chacun des partenaires,
*être le guichet d’accès aux informations sur les eaux souterraines,
*avoir un suivi de l’état des ressources pour répondre à la politique des eaux souterraines,
*adopter au niveau national un principe de transparence et d’accessibilité aux données sur les eaux souterraines.
ADES s’inscrit dans le système d'information sur l'eau, [[SIE]], dispositif créé par l'État pour le partage et la mise à disposition des données sur l'eau. +
'''ALICE''' - '''A Large Ion Collider Experiment''' - est un '''détecteur spécialisé dans la physique des ions lourds installé sur l’anneau du Grand collisionneur de hadrons (LHC)'''. Il a été conçu pour étudier les propriétés physiques de la matière soumise à l’interaction forte, à des densités d’énergie extrêmes auxquelles une phase de la matière appelée plasma quarks-gluons se forme.
La collaboration ALICE étudie le plasma quarks-gluons pendant qu’il se dilate et se refroidit, observant comment il donne progressivement naissance aux particules qui constituent la matière de notre univers.
Pour étudier le plasma quarks-gluons, la collaboration ALICE utilise le détecteur ALICE, qui pèse 10 000 tonnes et mesure 26 mètres de long, 16 mètres de haut et 16 mètres de large. Celui-ci est installé dans une vaste caverne située à 56 mètres sous terre, à proximité du village de Saint-Genis-Pouilly (France), où il reçoit les faisceaux du LHC. +
'''APOLLON''' est une infrastructure de recherche (IR) opérée par le Laboratoire pour l’Utilisation des Lasers Intenses (LULI) et placée sous la tutelle du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et de l’École polytechnique. Elle est conçue pour atteindre '''une puissance laser multipetawatt exceptionnelle'''.
APOLLON délivre '''un ensemble de sources laser ultra-intenses et ultra-brèves''', superposables sur une même tache focale et synchronisables, d'énergie totale maximale sur cible de 265 J. Il alimente 2 salles expérimentales, la salle « courte focale » pour '''générer des faisceaux de protons, d’ions et de rayonnements X''', et la salle « longue focale » dédiée à '''l'accélération d'électrons''' sur plusieurs dizaines de mètres.
Le laser APOLLON devrait à terme atteindre une puissance de 10 PW et sera exploité dans le cadre de la recherche fondamentale et appliquée ('''physique en champ fort''', '''accélération de particules au-delà du GeV''').
Cet instrument permet d’explorer de nouveaux domaines de '''la physique relativiste''' à '''la physique du vide''', par la réalisation d’expériences d’interactions avec la matière à très haute intensité, pour des applications finales liées à '''l’énergie''', '''la biologie''', '''la médecine''' et '''le nucléaire'''.
La politique de données de l’infrastructure est en cours de validation. +
'''ARTbio''' est une plateforme de service s’appuyant sur l’outil '''Galaxy''', une plateforme ouverte et collaborative qui intègre un ensemble de '''logiciels d’analyses de données'''. Il permet aux chercheurs qui ont peu de connaissances en bioinformatique de les acquérir et de mener ainsi eux-mêmes leurs analyses. L’objectif est d’amener les chercheurs à réaliser leurs propres analyses, en rendant accessibles les outils dont ils ont besoin, en les aidant à choisir la meilleure stratégie et à identifier les paramètres les plus adaptés à leurs analyses.
Cet objectif est abordé à travers 3 axes:
* '''Services''' (services d'analyse ou de projets collaboratifs, services web en ligne)
* '''Enseignement''' (accompagnement, journées de formation, séminaires, documentation)
* '''Développement''' (outils, workflows, environnements d'analyse, stockage, etc)
L’équipe d’ARTbio développe actuellement un logiciel visant à analyser la présence de nouveaux virus à partir des expériences de séquençages d’ARN. Elle développe également un outil de virtualisation, qui permet à tout utilisateur d’exécuter ses propres codes sans quitter l’environnement Galaxy, ainsi que le logiciel "Galaxy-Kick-Start", qui permet de déployer rapidement des serveurs Galaxy personnalisés et adaptés à chaque projet d'analyse. +
'''ATLAS''' est l’un des deux '''détecteurs polyvalents du Grand collisionneur de hadrons (LHC)'''. Il étudie des domaines de physique très variés, de la recherche du boson de Higgs aux dimensions supplémentaires de l’espace-temps, en passant par les particules qui pourraient former la matière noire.
Les faisceaux de particules du LHC entrent en collision au centre du détecteur ATLAS. Les débris de collision ainsi produits forment de nouvelles particules, qui émergent du point de collision dans toutes les directions. Six sous-systèmes de détection différents disposés en couches autour du point de collision enregistrent la trajectoire, l’impulsion et l’énergie des particules, ce qui permet d'identifier chacune d'elles. Un énorme système d’aimants permet d’incurver la trajectoire des particules et, ainsi, de mesurer leur impulsion.
Les interactions produites dans les détecteurs d’ATLAS créent un énorme flux de données. Pour assimiler ces données, ATLAS utilise un système de « déclenchement » de pointe, qui indique au détecteur les événements devant être enregistrés et ceux devant être ignorés. Des systèmes complexes d’acquisition de données et de calcul sont ensuite utilisés pour analyser les événements enregistrés. Mesurant 46 m de long, 25 m de haut et 25 m de large, et pesant 7000 tonnes, le détecteur ATLAS est le détecteur de particules le plus volumineux jamais construit. Il se situe dans une caverne, à 100 m sous terre, à proximité du site principal du CERN et de la commune de Meyrin, en Suisse. +
'''Adonis''' ( '''Acquisition de DONnées à l'Inra''') est un un '''logiciel d’acquisition de données''' développé et déployé à l'INRAE. Il intègre des '''fonctionnalités d'aide à la saisie des observations et des mesures réalisées dans les dispositifs d’expérimentation végétale''' (serre, champ, verger, forêt, ...). Adonis permet l’acquisition et la structuration des données sur le terrain, dans le cadre d’expérimentations végétales. Son utilisation fiabilise les saisies et assure leur traçabilité. Les données et l’ensemble des informations relatives à leur acquisition sont centralisés et peuvent être organisés selon des nomenclatures mutualisées pour faciliter les échanges dans les réseaux d’expérimentations.
L'application permet de réaliser :
*la conception de l’expérimentation et l’organisation de la saisie au bureau,
*la saisie des données et métadonnées sur le terrain à l’aide d’ordinateur (portables, tablettes, ...),
*la réintégration de ces données au bureau.
Le logiciel Adonis intègre naturellement des fonctionnalités permettant de répondre aux deux critères essentiels de la démarche qualité, à savoir la fiabilité des données produites et la traçabilité de l’activité expérimentale.
Il se compose de 2 utilitaires : Adonis bureau et Adonis terrain.
Le projet Adonis est piloté par la CNUE (Commission Nationale des Unités Expérimentales), en partenariat avec les Départements AgroEcoSystem (Agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes ), ECODIV (Ecologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques), BAP (Biologie et Amélioration des Plantes) et SPE (Santé des Plantes et Environnement) ainsi que la DSI (Direction du Système d'Information). +
'''ArchiPolis''' est un réseau coopératif multi-métiers fédérant des laboratoires menant des recherches empiriques en sciences sociales dans le domaine du politique. Il rassemble 8 unités de recherche :
* Le Centre de Données Socio-Politiques ([[CDSP]]), assure également le portage administratif ;
* Le Centre d’Études Européennes ([http://www.sciencespo.fr/centre-etudes-europeennes/fr CEE]) ;
* Le Centre de Recherches Politiques ([https://www.sciencespo.fr/cevipof/ CEVIPOF]) ;
* L'Observatoire Sociologique du Changement ([http://www.sciencespo.fr/osc/fr OSC]) ;
* Le Centre de Sociologie des Organisations ([http://www.cso.edu CSO]) ;
* Le Centre d’Études et de Recherches Administratives, Politiques et Sociales ([http://ceraps.univ-lille2.fr/ Ceraps]) ;
* L'UMR Politiques publiques, Action politique, Territoires ([https://www.pacte-grenoble.fr/ Pacte]) ;
* L'UMR Action, discours, pensée politique et économique ([http://triangle.ens-lyon.fr/ Triangle]).
ArchiPolis a été labellisé par l'IR* Huma-Num entre 2012 et 2016.
L’objectif du consortium est de proposer des méthodes et des outils communs pour la '''sauvegarde des archives d'enquêtes en sciences sociales du politique'''. Il a notamment développé un outil commun d’[https://catalogues.cdsp.sciences-po.fr/dataverse/archipolis inventaire des enquêtes qualitatives en sciences sociales]. Il s'accompagne de '''méthodes et bonnes pratiques d’inventaire et d’archivage''' et d’une '''sensibilisation des chercheurs''' à ces démarches. Il s’agit de rendre ces enquêtes intelligibles grâce à une '''documentation''' et une '''mise en contexte''' conséquentes. Le travail du consortium est mené en collaboration avec les réseaux d’archivistes et de documentalistes des universités et établissements d’enseignement supérieur et de recherche. +
'''ArchiTex''' est un service accompagnant tous les enseignants-chercheurs, chercheurs et doctorants en SHS de l'Université Clermont Auvergne dans la création de corpus de données numériques. En accord avec les recommandations de la TGIR Huma-Num et de l'ensemble des consortiums SHS, ArchiTex propose aux chercheurs des solutions toujours en accord avec les normes et procédures qui s'appliquent dans le domaine.
Le domaine d'intervention est très vaste, et va de la mise en place d'une infrastructure pour aider les utilisateurs à '''organiser et à rassembler leurs données''', à la '''réalisation d'un corpus web''', en passant par l'utilisation d'outils spécifiques qui peuvent permettre d''''analyser, de croiser, de visualiser et d'indexer les données'''. L'indexation se réalise à travers la mise en place de '''métadonnées''' qui sont "captées" par les outils de référencement.
ArchiTex met à disposition les compétences suivantes :
* La création de '''sites web de corpus'''
* La '''modélisation de données'''
* La prise en compte de la '''science ouverte''' dans vos recherches
* La gestion de revues
* La mise à disposition d'espaces Extranets
* Des formations +
'''Archéosciences Bordeaux''' est un laboratoire de recherche à l’interface des Sciences Humaines et Sociales, et des sciences physiques, chimiques et naturelles. Ses axes de recherches portent sur la chronologie des peuplements humains, la circulation des matériaux et des techniques anciennes et l’imagerie appliquée au patrimoine.
Les recherches menées au sein de l’UMR Archéosciences Bordeaux s’ancrent dans '''les sciences archéologiques et le patrimoine au sens large''' ; la spécificité de la démarche repose sur '''une approche pluridisciplinaire,''' multiscalaire (de l’atome à l’édifice monumental et même au territoire) et diachronique (du paléolithique inférieur à nos jours). Elle vise à éclairer les débats relatifs aux grandes questions archéologiques : émergence des sociétés et structurations, échanges, interaction hommes-environnements, mobilités humaines, migrations, mais aussi expressions symboliques, culturelles et artistiques, développement et diffusion des techniques, notion d’innovation… +
'''ArkeOpen''' est une interface en libre accès permettant de '''consulter, d’interroger et de croiser les données ouvertes''' issues de la plateforme de recherche et d'enseignement ArkeoGIS.
Dans le cadre de ce service, les données sont mises à disposition de tous, en '''anglais et en français''', pour participer à la '''promotion, la diffusion et la réutilisation''' sans entrave des données de la recherche. Suivant les '''principes FAIR''', elles sont aussi respectueuses de la '''logique des données ouvertes et liées (LOD)'''.
La plateforme est animée et administrée par l’Université de Strasbourg et la Maison Inter-universitaire des Sciences de l'Homme – Alsace (MISHA) sur les infrastructures de la IR des humanités numériques Huma-Num, par une équipe pluridisciplinaire. +
'''AuReMe''', '''AUtomated REconstruction of MEtabolic models''', est un '''espace de travail modulaire et adaptable pour la reconstruction reproductible de modèles métaboliques à l'échelle génomique'''. L'espace de travail permet d'explorer, de visualiser et de distribuer les modèles à l'échelle du génome et leurs métadonnées par la génération de wikis locaux.
AuReMe est construit autour d'un paquet Python PADMet (Python library for hAndling metaData of METabolism), pour abriter la reconstruction de la reconstruction de modèles métaboliques à l'échelle du génome (GSMs). +
B
'''BASS2000''' archive et donne accès à des '''données d’observation du soleil''', fournies par différents observatoires en '''France'''. Les données sont issues d’instruments basés au sol, de type '''spectrohéliographes''', '''radiohéliographes''', '''coronographes''' et '''cartes synoptiques'''. Disponibles '''en libre accès''', elles sont destinées à être réutilisées dans un '''but exclusivement scientifique ou pédagogique'''. +
'''BCL''' est un laboratoire intégrant des linguistes et des psychologues dont les recherches sont centrées sur le '''langage en tant que fonction cognitive : ses structures et processus, son fonctionnement et son acquisition'''.
Le laboratoire cherche à forger l’'''identité niçoise des études sur le langage par la dialectique puisée dans l’entrelacement d’un objet construit et théorisé, d’une méthodologie et d’une expertise dans des thématiques spécifiques'''. +
'''BiRD''' conseille, propose et développe des services bioinformatiques : '''soutien à l'analyse des données de séquençage à haut débit, c'est-à-dire la détection des variants, l'étude du transcriptome et maintenant l'analyse des microbiotes'''. À cette fin, elle travaille conjointement avec le centre GenoA, qui gère la préparation des bibliothèques et les projets de séquençage.
Pour toutes ces applications, BiRD possède une '''expertise dans l'analyse de données à grande échelle et développe des pipelines d'analyse bioinformatique''' dédiés afin de standardiser l'analyse des données brutes jusqu'à l'interprétation biologique.
Ces services sont soutenus par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée, accessible à distance par plusieurs services et ouverte à la communauté scientifique quelle que soit son institution.
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'''BiRD''' advises, proposes and develops bioinformatics services: '''support for high throughput sequencing data analysis, i.e. variant detection, transcriptome study and now microbiote analysis.''' To this end, BiRD works jointly with the GenoA core facility, which handles library preparation and sequencing projects.
For all these applications, BiRD has '''expertise in large-scale data analysis and develops dedicated bioinformatics analysis pipelines''' to standardize analysis from raw data to biological interpretation.
These services are supported by a dedicated computing and storage infrastructure, remotely accessible through several services and open to the scientific community regardless of its institution. +
'''Brian 2''' est un simulateur de réseaux de neurones biologiques à impulsions, conçu pour faciliter le développement de '''nouveaux modèles'''.
Il adopte une approche novatrice en exprimant les modèles à l’aide d’'''équations mathématiques et d’unités physiques, permettant une extension facile pour interagir avec un code externe'''. Cela offre plus de flexibilité, permettant aux chercheurs et chercheuses d’explorer une variété de modèles sans sacrifier la facilité d’utilisation, la précision et la fiabilité du simulateur.
Il est écrit en langage de programmation Python et est disponible sur presque toutes les plateformes. +
C
'''CALI''', '''CAlcul en LImousin''', est un serveur de calcul dédié aux chercheurs des 4 Instituts de recherche (XLIM, IPAM, GEIST, SHS) de l’Université de Limoges et ouvert aux partenaires régionaux. L’objectif est de fédérer la communauté des chercheurs sur la thématique du '''calcul scientifique'''. La Direction du Système d'Information assure l’administration des moyens de calcul scientifique, l’installation des logiciels de recherche et les conseils sur les configurations matérielles. Les chercheurs des disciplines suivantes utilisent CALI : '''électronique''', '''optique''', '''communication''', '''informatique''', '''matériaux''', '''génie des procédés''', '''génomique''', '''immunité''', '''environnement''', '''géographie'''. CALI dispose de 2 espaces de '''stockage''' (temporaire et permanent) pour les données de recherche. +
'''CATdb''' met à disposition les '''analyses de transcriptome réalisées par la plateforme POPS de l’IPS2''' (cf. [https://ips2.u-psud.fr/fr/plateformes/spomics-interatome-metabolome-transcriptome.html SPOMICS]), depuis les plans expérimentaux jusqu’aux analyses différentielles en passant par les descriptions complètes des échantillons et leurs traitements, pour plusieurs espèces végétales.
Le module [http://tools.ips2.u-psud.fr/GEM2Net/ '''GEM2Net'''] donne accès aux méta-analyses du transcriptome d’Arabidopsis thaliana sous conditions de stress variées. +