UCAGenomix

  UCAGenomix

Type de service	Plateforme d'acquisition
Statut	En production
URL	https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-genomique-fonctionnelle-ucagenomix-nice-sophia-antipolis/
Contact	plateforme@ipmc.cnrs.fr
Localisation	Valbonne Sophia Antipolis
Structure d'appartenance	France Génomique, IPMC
Tutelles	CNRS, Université Côte d'Azur

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

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La plateforme UCAGenomiX propose une expertise en génomique fonctionnelle : conception expérimentale des expériences, analyse bioinformatique primaire et secondaire des résultats, aide à leur interprétation biologique... La plateforme développe en permanence de nouvelles expertises, en interne ou au travers de collaborations scientifiques. Elle met en œuvre tout un panel d’expériences en génomique (DNA-Seq, Chip-Seq, RNA-Seq, CLIP-Seq) avec une spécialisation dans le profilage -omique sur cellule unique (single cell RNA-Seq, CNV-Seq, ATAC-Seq).

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Séquençage
• Cellule unique
• Génomique
• Transcriptomique
• Bioinformatique
• RNA-Seq
• scRNA-Seq
• Single cell
• Long reads
• Nanopore
• PromethION
• Illumina
• 10x Genomics Chromium

Type de données :Données de séquençage

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Les demandes de séquençage à haut-débit doivent être déposées sur le portail de l’infrastructure nationale France Genomique. Elles sont évaluées et validées au cas par cas par le comité scientifique d’UCAGenomiX, puis transférées sur le système d’information de la plateforme, Mediante, qui permet un échange sécurisé des données et des résultats.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001-2015 IBiSA (https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML UCAGenomix
IPMC	MICA UCAGenomix

Centre National de la Recherche Scientifique

2015

Systèmes de management de la qualité

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.