« Go@l » : différence entre les versions
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|TypeService=Plateforme d'acquisition | |TypeService=Plateforme d'acquisition | ||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
|NomDéveloppé=GenOmique at Lille | |||
|NomAlternatif=GenOmique at Lille | |NomAlternatif=GenOmique at Lille | ||
|UrlService=https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique | |UrlService=https://ums-plbs.univ-lille.fr/les-plateformes-constitutives/genomique | ||
| Ligne 17 : | Ligne 18 : | ||
Elle comprend deux plateaux spécialisés : | Elle comprend deux plateaux spécialisés : | ||
* Le | * Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG) | ||
* Le | * Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS) | ||
La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes : | La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes : | ||
* Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | * '''Génomique « génomes entiers »''' : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | ||
* Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | * '''Transcriptomique''' : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | ||
* Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS. | * '''Métagénomique''' : amplicon-seq ciblé 16S-ITS. | ||
De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | ||
* Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne. | * '''Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne'''. | ||
* Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée. | * '''Analyse différentielle d’expression''', analyse non supervisée. | ||
* Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose. | * '''Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose'''. | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de génomique | |Thematique=Plateforme de génomique, Transcriptomique, Single cell, RNA-Seq, Small RNA-Seq, Biostatistique, DGE | ||
|TypeDonnee=Données de séquençage | |TypeDonnee=Données de séquençage, Données génomiques | ||
|Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. | |Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. | ||
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins | |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins | ||
|Certification=IBiSA; | |ConditionUsage=La soumission des projets se fait par l’intermédiaire du portail internet de France Génomique | ||
|Relation=France Génomique | |Certification=IBiSA; http://www.ibisa.net/plateformes/ | ||
|Relation=France Génomique, Transcriptomique et de Génomique Appliquée | |||
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