« PB-IBENS » : différence entre les versions

PB-IBENS
Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS)
URL	https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/?rubrique55
Contact	admin-bioclust@bio.ens.psl.eu
Localisation	Paris
Structure d'appartenance	IBENS
Tutelles	ENS-PSL, CNRS, INSERM

Dernière version du 16 novembre 2023 à 09:41

La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en bio-informatique. PB-IBENS oriente les utilisateurs vers des spécialistes qui peuvent répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).

PB-IBENS déploie et maintient le cluster de calcul BioClust. Les utilisateurs exécutent des tâches via l'ordonnanceur HT-Condor, pour exécuter des outils à partir de la large gamme de logiciels déjà disponibles (plus de 200 paquets et outils dédiés à la bio-informatique).

Le PB-IBENS héberge également des serveurs web et des outils dont :

RSAT (Regulatory Sequence Analysis Tools) est une suite logicielle combinant des outils spécialisés pour la détection de signaux de régulation dans des séquences non codantes. Il comprend des outils pour la recherche de séquences, la découverte de motifs, l'appariement de motifs, l'appariement de motifs à l'échelle du génome, le dessin de cartes de caractéristiques, la génération de séquences aléatoires et d'autres utilitaires.

Genomicus est une base de données et un serveur web qui intègre des données comparatives sur les génomes et la reconstruction des génomes ancestraux d'une manière rapide et intuitive. Il permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes selon plusieurs dimensions :

Linéairement le long des axes chromosomiques
Transversalement entre différentes espèces
Chronologiquement le long du temps de l'évolution.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

Plateforme de bioinformatique
Génomique
Biostatistique
Logiciel
Séquençage

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communautés de l'IBENS et du LABEX Memolife pour BioClust et internationale pour RSAT et Genomicus Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

PB-IBENS est en lien avec les services et structures

IFB, Genomicus, LABEX Memolife

Portée internationale de PB-IBENS

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IBENS	Genomicus GenomiqueENS IBENS Opendata PB-IBENS

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 {{Service
-|Description=La '''Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS)''' définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en bio-informatique. PB-IBENS assure également la maintenance et le support d'outils en ligne (serveurs web et de bases de données) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. Il est impliqué dans la formation en bio-informatique à l'ENS, organise des séminaires et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique du CBC pour orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui peuvent répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).
+|Description=La '''Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS)''' définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en bio-informatique. PB-IBENS oriente les utilisateurs vers des spécialistes qui peuvent répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).
-Les services proposés :
+PB-IBENS déploie et maintient le cluster de calcul '''BioClust'''. Les utilisateurs exécutent des tâches via l'ordonnanceur HT-Condor, pour exécuter des outils à partir de la large gamme de logiciels déjà disponibles (plus de 200 paquets et outils dédiés à la bio-informatique).
-* '''BioClust''' : Bioclust est le cluster de calcul de PB-IBENS, accessible à tous les membres du LABEX MEMOLIFE. Il comprend actuellement 91 nœuds pour 3492 cœurs virtuels et 13,8 To de mémoire, ainsi que 3 GPU. Les utilisateurs exécutent des tâches via l'ordonnanceur HT-Condor, pour exécuter des outils à partir de la large gamme de logiciels déjà disponibles (plus de 200 paquets et outils dédiés à la bio-informatique).
-* '''RSAT''' : Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) est une suite logicielle combinant des outils spécialisés pour la détection de signaux de régulation dans des séquences non codantes. Il comprend des outils pour la recherche de séquences, la découverte de motifs, l'appariement de motifs, l'appariement de motifs à l'échelle du génome, le dessin de cartes de caractéristiques, la génération de séquences aléatoires et d'autres utilitaires. Le code RSAT est maintenu et développé par PB-IBENS. Pour obtenir des informations sur le téléchargement du code, veuillez contacter rsat-contact. L'instance spécifique de Rsat Protist est hébergée et maintenue par PB-IBENS.
+Le PB-IBENS héberge également des serveurs web et des outils dont :
-* '''GENOMICUS''' : Genomicus est une base de données et un serveur web qui intègre des données comparatives sur les génomes et la reconstruction des génomes ancestraux d'une manière rapide et intuitive. Il permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes selon plusieurs dimensions : linéairement le long des axes chromosomiques, transversalement entre différentes espèces et chronologiquement le long du temps de l'évolution.
+* '''RSAT''' (Regulatory Sequence Analysis Tools) est une suite logicielle combinant des outils spécialisés pour la détection de signaux de régulation dans des séquences non codantes. Il comprend des outils pour la recherche de séquences, la découverte de motifs, l'appariement de motifs, l'appariement de motifs à l'échelle du génome, le dessin de cartes de caractéristiques, la génération de séquences aléatoires et d'autres utilitaires.
-Une interface graphique conviviale permet des comparaisons synténiques et des alignements de l'ordre des gènes entre des paires de génomes ou des génomes multiples à différentes échelles : ordre local des gènes, caryotypes, diagrammes matriciels, etc.
+* '''[[Genomicus]]''' est une '''base de données et un serveur web''' qui intègre des données comparatives sur les génomes et la reconstruction des génomes ancestraux d'une manière rapide et intuitive. Il permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes selon plusieurs dimensions :
+# Linéairement le long des axes chromosomiques
+# Transversalement entre différentes espèces
+# Chronologiquement le long du temps de l'évolution.
 |Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
 |SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique
 |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
 |Thematique=Plateforme de bioinformatique, Génomique, Biostatistique, Logiciel, Séquençage
-|Communaute=Communauté de l'IBENS et du LABEX Memolife
+|Communaute=Communautés de l'IBENS et du LABEX Memolife pour BioClust et internationale pour RSAT et Genomicus
-|Relation=IFB, Genomicus
+|Relation=IFB, Genomicus, LABEX Memolife
 |PorteeInternationale=ELIXIR; https://elixir-europe.org/
-|StatutPage=Page en construction
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