« Ocean Gene Atlas » : différence entre les versions

|Description=Le portail d'accès Ocean Gene Atlas permet d'accéder à trois objets de données complémentaires : les catalogues de séquences de gènes (ENA), le contexte environnemental des échantillons (PANGAEA) et les estimations de l'abondance des gènes dans les échantillons (calculées par la cartographie des séquences brutes lues sur les catalogues de gènes). Les requêtes de l'utilisateur sont composées soit d'une séquence (nucléique ou protéique), soit d'un modèle de Markov caché dérivé d'un alignement de séquences multiples. Les homologies de la requête utilisateur dans les catalogues de gènes sont identifiées à l'aide d'outils de recherche de similarité de séquence standard (par exemple BLAST ou HMMER), et leur abondance estimée basée sur la lecture est affichée sur des cartes du monde interactives et des parcelles écologiques. Un arbre phylogénétique est également déduit afin de situer la requête de l'utilisateur dans son contexte d'homologues du milieu marin ainsi que d'homologues connus à partir de séquences de référence.