LoRDEC

LoRDEC

Type de service	Outils de gestion des données
Statut	En production
Autres noms	LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads
URL	http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/, http://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/
Contact	Eric.Rivals@lirmm.fr
Localisation	Montpellier
Structure d'appartenance	LIRMM
Tutelles	CNRS-INS2I

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

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Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :

• Bioinformatique
• Outil d'analyse
• Analyse de données de séquençage NGS
• Méthodologie
• Alignements de lectures sur des génomes

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

LoRDEC est en lien avec les services et structures

IFB

Portée internationale de LoRDEC

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
LIRMM	ATGC LoRDEC DORIST

Centre National de la Recherche Scientifique