ATLASea
Le programme de recherche exploratoire ATLASea vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines de la zone économique exclusive française.
Il est structuré en trois Projets Ciblés (PC) qui récapitulent le flux de données, de l’océan vers une information digitalisée accessible à tous :
- DIVE-SEA qui concerne l’échantillonnage des organismes vivants dans le milieu marin, en vue de leur séquençage. Il s’appuie sur un réseau de stations marines et prévoit plusieurs expéditions côtières et en haute mer ;
- SEQ-SEA qui concerne le séquençage des génomes. L’ADN sera extrait des échantillons au Genoscope, puis séquencé et assemblé en génomes de référence, et enfin annoté pour identifier la position des gènes. L’objectif est d’aboutir à des génomes de référence, c'est-à-dire complets.
- BYTE-SEA qui vise à établir l’infrastructure informatique requise pour gérer le flux de données depuis l’échantillonnage jusqu’au versement des données génomique dans le portail ATLASea et les dépôts internationaux. Il réalisera également des analyses à grande échelle' pour retracer l’histoire évolutive des génomes et assigner des fonctions aux gènes. Les génomes seront finalement stockés dans des bases de données ouvertes et accessibles à la communauté internationale.
Le programme comportera également un important volet formation afin de maintenir le savoir-faire français en termes de séquençage : écoles d’été, workshops, encadrements de doctorants, etc.
Domaines scientifiques :
Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
Thématique et/ou mots clés :- Séquençage
- Génomes
ATLASea est en lien avec les services et structures
Ifremer, MNHN, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université, Université PSL