Ocean Gene Atlas
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|---|---|
| Type de service | Plateforme d'accès |
| Statut | En production |
| Autres noms | OGA, Atlas génétique de l'océan |
| URL | https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/ |
| Contact | oceangeneatlas at mio.osupytheas.fr |
| Localisation | Marseille |
| Structure d'appartenance | MIO |
| Tutelles | Université de Toulon, CNRS, IRD, Université Aix-Marseille |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
Il permet aux utilisateurs d'interroger les séquences de protéines ou de nucléotides par rapport aux catalogues mondiaux de gènes de référence océaniques : les catalogues de séquences de gènes (ENA), le contexte environnemental des échantillons (PANGAEA) et les estimations de l'abondance des gènes dans les échantillons (calculées par la cartographie des séquences brutes lues sur les catalogues de gènes).
En un seul clic, l'abondance et la localisation des séquences cibles sont visualisées sur les cartes du monde ainsi que leur distribution taxonomique. Des panneaux de résultats interactifs permettent d'ajuster les seuils de qualité de l'alignement et d'afficher l'abondance des gènes dans le contexte des caractéristiques environnementales (température, nutriments, etc.) mesurées au moment de l'échantillonnage.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes; Ecologie, évolution et biologie environnementale Thématique et/ou mots clés :
- Biologie marine
- Plancton
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :
Conditions d'usage : Open accès
Conditions tarifaires : Accès gratuit
Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources)
Conditions générales d'utilisation : https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/termsOfUse
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| MIO | Ocean Gene Atlas Ocean Barcode Atlas |