Ocean Gene Atlas

  Ocean Gene Atlas

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Type de service	Plateforme d'accès
Statut	En production
Autres noms	OGA, Atlas génétique de l'océan
URL	https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/
Contact	oceangeneatlas at mio.osupytheas.fr
Localisation	Marseille
Structure d'appartenance	MIO
Tutelles	Université de Toulon, CNRS, IRD, Université Aix-Marseille

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Exposition

Réutilisation

Chargement de la carte...

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Le portail d'accès Ocean Gene Atlas, OGA ou Atlas génétique de l'océan est un service Web qui permet d'explorer la biogéographie des gènes d'organismes planctoniques marins.

Il permet aux utilisateurs d'interroger les séquences de protéines ou de nucléotides par rapport aux catalogues mondiaux de gènes de référence océaniques : les catalogues de séquences de gènes (ENA), le contexte environnemental des échantillons (PANGAEA) et les estimations de l'abondance des gènes dans les échantillons (calculées par la cartographie des séquences brutes lues sur les catalogues de gènes).

En un seul clic, l'abondance et la localisation des séquences cibles sont visualisées sur les cartes du monde ainsi que leur distribution taxonomique. Des panneaux de résultats interactifs permettent d'ajuster les seuils de qualité de l'alignement et d'afficher l'abondance des gènes dans le contexte des caractéristiques environnementales (température, nutriments, etc.) mesurées au moment de l'échantillonnage.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes; Ecologie, évolution et biologie environnementale Thématique et/ou mots clés :

• Biologie marine

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Open accès

Conditions tarifaires : Accès gratuit

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources)

Conditions générales d'utilisation : https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/termsOfUse

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
MIO	Ocean Gene Atlas Ocean Barcode Atlas

Centre National de la Recherche Scientifique