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A
Entrepôt de données de l'infrastructure AnaEE-France. Utilise la solution Dataverse +
Les plateaux techniques d’Anexplo mettent à disposition de la communauté scientifique publique et privée des équipements de pointe et les expertises nécessaires à la compréhension du vivant dans son fonctionnement normal et pathologique.
'''Anexplo''' propose un continuum d’'''activités de la création à l’archivage de modèles rongeurs de physiopathologie''' en passant par leur '''exploration fonctionnelle''' et '''caractérisation phénotypique''' (ex vivo et in vivo). Anexplo offre aussi des environnements adaptés à l’exploration des physiopathalogies des ovins, bovins, lagomorphes (lapin) et oiseaux (poules, canards et dindes). Ces modèles d’étude intégrés permettent une meilleure compréhension de la physiologie et des dysfonctionnements pathologiques dans le domaine du cancer, des maladies métaboliques, cardiovasculaires, immunologiques et infectieuses et en génétique. +
La '''plateforme régionale AniRA (Ani-Rhone-Alpes)''' est '''dédiée à la génération et au phénotypage de souris'''. La structure AniRA est subdivisée en '''2 départements spécialisés''' offrant chacun différents services à la communauté scientifique. Chacun des départements AniRA s'appuie sur des plateformes technologiques qui entretiennent des liens étroits avec les équipes locales de recherche permettant le développement et le transfert efficace de nouvelles technologies.
Le '''département AniRA-Phenotyping''' permet de proposer des '''prestations de phénotypage''' complètes axées autour des différents systèmes physiologiques: cardiovasculaire, métabolisme, système immunitaire, métabolisme cellulaire ou encore système osseux. Le phénotypage permet la caractérisation standardisée et fonctionnel du modèle rongeur. Ce département vise à mieux comprendre la fonction des gènes, les mécanismes biologiques fondamentaux, de la physiopathologie infectieuses, pour identifier et valider de nouvelles cibles médicamenteuses par exemple.
Actuellement AniRA Phenotyping propose à la communauté scientifique des prestations de phénotypage sur mesure :
* Phénotypage du système immunitaire, du métabolisme cellulaire et/ou du système osseux (AniRA-ImmOs) qui s’appuie en grande partie sur le plateau de cytométrie en flux (AniRA-Cytométrie) et sur l' animalerie (AniRA-PBES).
* Phénotypage dans les domaines métaboliques, cardiovasculaire et l’exploration du système nerveux autonome (AniPhy)
* Etude des neuro-transmetteurs (BELIV) gràce à des biocapteurs destinés au dosage de petites molécules développé à façon sur la plateforme.
* Étude des principaux phénotypes cardiaques et de physiopathologie des syndromes d’ischémie-reperfusion dans le cœur, le rein et le cerveau (Ixplora).
Le '''département AniRA Mouse Models''' est '''en charge de la génération, de la production de souris génétiquement modifiée''' ainsi que de l''''utilisation de modèles infectieux animaux'''. Ce département propose des services variés et développe en permanence de nouveaux outils pour la génération et la validation de modèles expérimentaux .
AniRA Mouse Models dispose d'une animalerie centrale (AniRA-PBES) comportant un service de transgénèse perfomant qui utilise entre autre des vecteurs lentiviraux developpé en relation avec la plateforme d'analyse génétique (AniRA-Analyse Génétique) et la plateforme de vectorologie (AniRA-Vectorologie). L'animalerie AniRA-PBES dispose d'une zone A1 et de zones A2 et A3 permettant l'utilisation de modèles infectieux. Ce département dispose également d'un laboratoire de niveaux 3 (AniRA-L3) permettant ainsi de proposer à la communauté scientifique des modèles animaux infectieux pertinents.
L’Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail, assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence couvrant '''la santé humaine''', '''la santé et le bien-être animal''' ainsi que '''la santé végétale'''.
L’Anses étudie, évalue et surveille l’ensemble '''des risques chimiques''', '''microbiologiques''' et '''physiques''' auxquels les hommes, les animaux et les végétaux sont exposés. L’Agence s’appuie sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche, répartis sur l’ensemble du territoire.
Dans le cadre de son engagement en faveur de '''la science ouverte''' et d’agence de financement de projets de recherche, l’Anses met en œuvre cette politique et ses principes à travers le Programme national de recherche Environnement - Santé - Travail ([https://www.anses.fr/fr/content/le-programme-national-de-recherche-environnement-sant%C3%A9-travail-0 PNR EST]) qu’elle pilote. En 2020, le dépôt des publications sur une archive ouverte est rendu obligatoire ainsi que l’élaboration d’un '''plan de gestion de données''' (PGD) pour les équipes financées. L’Anses dispose d’une plateforme d’auto-archivage [https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/ HAL-Anses]. +
'''APOLLON''' est une infrastructure de recherche (IR) opérée par le Laboratoire pour l’Utilisation des Lasers Intenses (LULI) et placée sous la tutelle du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et de l’École polytechnique. Elle est conçue pour atteindre '''une puissance laser multipetawatt exceptionnelle'''.
APOLLON délivre '''un ensemble de sources laser ultra-intenses et ultra-brèves''', superposables sur une même tache focale et synchronisables, d'énergie totale maximale sur cible de 265 J. Il alimente 2 salles expérimentales, la salle « courte focale » pour '''générer des faisceaux de protons, d’ions et de rayonnements X''', et la salle « longue focale » dédiée à '''l'accélération d'électrons''' sur plusieurs dizaines de mètres.
Le laser APOLLON devrait à terme atteindre une puissance de 10 PW et sera exploité dans le cadre de la recherche fondamentale et appliquée ('''physique en champ fort''', '''accélération de particules au-delà du GeV''').
Cet instrument permet d’explorer de nouveaux domaines de '''la physique relativiste''' à '''la physique du vide''', par la réalisation d’expériences d’interactions avec la matière à très haute intensité, pour des applications finales liées à '''l’énergie''', '''la biologie''', '''la médecine''' et '''le nucléaire'''.
Le '''logiciel [[Smilei]] a été développé pour accompagner les activités de recherche autour d’Apollon'''. Cet outil est calibré pour '''simuler les interactions lumière-matière présentes au sein des expériences menées avec ce laser'''. Il permet de concevoir en amont les expériences et de prévoir ce qu’il se passera lors de celle-ci. +
Le laboratoire '''Archéologies et Sciences de l’Antiquité''' ('''ArScAn''') développe des recherches en archéologie et histoire de l’art, histoire et épigraphie, philologie et littérature. Les recherches archéologiques incluent la géo-archéologie, le paléo-environnement, l’anthropologie funéraire. ArScAn intervient sur les 5 continents, de la Préhistoire au début de l’époque moderne, sur la base de travaux de terrain, de l’étude de textes et d’images. +
L’outil '''ArchEthno''' permet aux chercheurs de '''structurer leurs matériaux bruts pour les transformer en données''' répondant à une question scientifique, tout en décidant pour chaque donnée, métadonnée si elle sera en accès libre ou en accès restreint à des personnes autorisées.
L'outil se décline en deux parties :
* '''ArchEditor''', déjà fonctionnel, permet l'autosaisie des matériaux
* '''ArchWeb''', plateforme documentaire pour le web, permettra la consultation des données autosaisies dans le respect des règles de confidentialité définies par les producteurs des données +
ArcheoGRID est une '''application Web''' initiée il y a plus de 10 ans par Archeovision pour '''archiver et diffuser des données numériques iconographiques de la recherche'''.
Elle est devenue aujourd’hui un '''outil incontournable de gestion collaborative de la documentation de tout type''' (iconographie, relevés...) pour les '''projets SHS portant une composante 3D''' : annotation, indexation, préservation, sauvegarde, dissémination. ArcheoGRID permet d’intégrer des données sémantiques aux données numériques afin d’être en mesure d’échanger ces informations selon les protocoles standards d’échange en vigueur (OAI-PMH, RDFa, DublinCore) et participer pleinement à l’ouverture des données de la recherche.
Les données contenues dans ArcheoGRID sont accessibles par l’intermédiaire de l’interface originellement appelée "tabloïde" qui simule une table lumineuse sur laquelle il est possible de visualiser des "diapositives" par lots. Une visionneuse permet de consulter individuellement chacune des diapositives présentes sur la table lumineuse et de consulter les métadonnées associées à chacune des diapositives. La typologie des documents ayant évolué, il est désormais possible de traiter non seulement de la documentation iconographique mais aussi des textes, des sons, des vidéos ou encore des fichiers json, 3D, ...
Toutes les données d’ArcheoGRID, fichiers et bases de données, sont hébergées par Huma-Num qui assure également l’exploitation d’une partie des serveurs liés aux services Web et la sauvegarde des données. +
'''archeoViz''' est une application dédiée à l'archéologie permettant de visualiser, d'explorer interactivement, et d'exposer et communiquer rapidement des '''données archéologiques de terrain''' (de fouille ou de prospection).
Elle propose des '''visualisations en 3D et 2D''', génère des coupes et des cartes des restes archéologiques, permet de réaliser des statistiques spatiales simples, d'exporter des données vers des applications tierces pour des analyses plus avancées, et de visualiser la chronologie interactive d'une opération archéologique.
Cette application est conçue comme l'élément de base d'un réseau d'édition web décentralisé pour les données archéologiques :
* Les utilisateurs peuvent déployer des '''instances d'archeoViz spécifiques à leurs jeux de données''' sur le serveur de leur choix.
* Le '''[https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home/ portail archeoViz]''', une application en ligne complémentaire, référence et documente avec des '''métadonnées''' ces instances archeoViz, augmentant leur découvrabilité et leur audience sur le web.
'''archeoViz''' peut également être utilisée comme ressource pédagogique pour initier les apprenants à l'analyse spatiale, aux formats de données, à la recherche reproductible, à la science ouverte et à l'archéologie computationnelle.
Plus d'informations sur le [https://archeoviz.hypotheses.org/ blog archeoViz]. +
'''''archeofrag''''' est un package R pour l''''analyse des unités spatiales archéologiques''' (par ex. des couches stratigraphiques, des fosses, l'intérieur et l'extérieur d'un bâtiment, etc.) à partir des relations de remontage entre morceaux d'objets fragmentés. Il '''implémente la méthode TSAR''' (''Topological Study of Archaeological Refitting'') tirant parti des outils de la théorie des graphes pour modéliser les relations de connexion entre fragments adjacents issus d'un même objet. Les fonctions du package permettent :
* de '''créer, manipuler, vérifier, altérer et simuler des graphes de fragmentation''',
* de '''mesurer la cohésion et le mélange d'unités spatiales archéologiques''',
* '''caractériser les propriétés topologiques''' d'un ensemble de relations de connexion entre fragments.
Le simulateur permet de générer des graphes artificiels pouvant être comparés aux observations réalisées sur des données de terrain.
== Références ==
* '''Plutniak, S. 2021'''. “The Strength of Parthood Ties. Modelling Spatial Units and Fragmented Objects with the TSAR Method – Topological Study of Archaeological Refitting”, ''Journal of Archaeological Science'', 136, p. 105501. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jas.2021.105501.
* '''Plutniak, S. 2022'''. “Archeofrag: an R package for Refitting and Spatial Analysis in Archaeology”, ''Journal of Open Source Software'', 7 (75), p. 4335. DOI: https://doi.org/10.21105/joss.04335.
* '''Plutniak, S. 2022'''. “Archeofrag: un package R pour les remontages et l'analyse spatiale en archéologie”, ''Rzine'', https://rzine.fr/ressources/20220811_archeofrag_joss/
* '''Plutniak, S. 2022'''. “L'analyse topologique des remontages archéologiques : la méthode TSAR et le package R archeofrag”, ''Bulletin de la Société préhistorique française'', 119 (1), p. 110–113.
* '''Plutniak, S., J. Caro, C. Manen 2023'''. “Four Problems for Archaeological Fragmentation Studies. Discussion and Application to the Taï Cave’s Neolithic Pottery Material (France)”, in A. Sörman, A. Noterman, M. Fjellström (eds.) ''Broken Bodies, Places and Objects. New Perspectives on Fragmentation in Archaeology'', London: Routledge, p. 124–142. DOI: https://doi.org/10.4324/9781003350026-11.
'''Le service a été évalué par le ''Journal of Open Source Software'' (https://doi.org/10.21105/joss.04335)'''.
'''Archeovision''' est une '''plateforme technologique 3D''' du CNRS. Elle est au service des acteurs SHS qui souhaitent introduire une composante 3D dans leurs projets (acquisition, restitutions, valorisation et bases de données 3D). L’UMS effectue des expertises, émet des recommandations, accompagne les porteurs de projets 3D en Sciences Humaines et Sociales (SHS) et offre des solutions de conservation des données 3D. L’UMS présente au public les résultats scientifiques des différents programmes de recherche dans l’Odéon de réalité virtuelle dans l’Archéopôle d’Aquitaine où elle est installée.
Archeovision est une plateforme qui associe une structure publique (CNRS/universités) et une structure de transfert technologique filiale des Universités de Bordeaux, Archeovision Production. Archeovision est dans l’UMR 6034 Archeosciences-Bordeaux (union de l’ancienne équipe CRPAA et l’UMS 3657). +
'''ArchiPolis''' est un réseau coopératif multi-métiers fédérant des laboratoires menant des recherches empiriques en sciences sociales dans le domaine du politique. Il rassemble 8 unités de recherche :
* Le Centre de Données Socio-Politiques ([[CDSP]]), assure également le portage administratif ;
* Le Centre d’Études Européennes ([http://www.sciencespo.fr/centre-etudes-europeennes/fr CEE]) ;
* Le Centre de Recherches Politiques ([https://www.sciencespo.fr/cevipof/ CEVIPOF]) ;
* Le Centre de Recherche sur les Inégalités Sociales ([http://www.sciencespo.fr/osc/fr CRIS]) ;
* Le Centre de Sociologie des Organisations ([http://www.cso.edu CSO]) ;
* Le Centre d’Études et de Recherches Administratives, Politiques et Sociales ;
* L'UMR Politiques publiques, Action politique, Territoires ([https://www.pacte-grenoble.fr/ Pacte]) ;
* L'UMR Action, discours, pensée politique et économique ([http://triangle.ens-lyon.fr/ Triangle]).
ArchiPolis a été labellisé par l'IR* Huma-Num entre 2012 et 2016.
L’objectif du consortium est de proposer des méthodes et des outils communs pour la '''sauvegarde des archives d'enquêtes en sciences sociales du politique'''. Il a notamment développé un outil commun d’[https://catalogues.cdsp.sciences-po.fr/dataverse/archipolis inventaire des enquêtes qualitatives en sciences sociales]. Il s'accompagne de '''méthodes et bonnes pratiques d’inventaire et d’archivage''' et d’une '''sensibilisation des chercheurs''' à ces démarches. Il s’agit de rendre ces enquêtes intelligibles grâce à une '''documentation''' et une '''mise en contexte''' conséquentes. Le travail du consortium est mené en collaboration avec les réseaux d’archivistes et de documentalistes des universités et établissements d’enseignement supérieur et de recherche. +
A destination des chercheurs en sciences politiques, la plateforme Dataverse Archipolis propose un '''catalogue des enquêtes qualitatives en science du politique''', recensées par les unités de recherche membres d'Archipolis.
Archipolis permet de consulter les notices de description des métadonnées de ces enquêtes. La plateforme propose une navigation par facettes, permettant de rechercher et de trier les résultats par structure, chercheur, mots clés, discipline, couverture géographique ou langage…
Ce catalogue est bâti sur des normes internationales permettant l’échange et le moissonnage des données.
Chaque notice est dotée d’un identifiant pérenne (DOI). Outre l’identification de l’auteur de l’enquête, sa méthodologie, les repères géographiques et temporels, on y trouve une bibliographie de référence permettant de retrouver les principaux articles et ouvrages ayant exploité les données d'enquête.
La plateforme est hébergée sur les serveurs du [[CDSP]], l'archivage « ArchiPolis » est assurée en lien avec l’équipe Ariane (Méthodes et ingénierie de projets) du laboratoire de sciences sociales [https://www.pacte-grenoble.fr/ Pacte] sur les questions de méthodes de recherche. Son implantation passe par l’information et l’accompagnement des chercheurs, notamment avec un guide de bonnes pratiques en cours de rédaction. +
'''ArchiTex''' est une '''plateforme Humanités Numériques''' accompagnant tous les enseignants-chercheurs, chercheurs et doctorants en SHS de l'Université Clermont Auvergne dans la '''création de corpus de données numériques'''. En accord avec les recommandations de la TGIR Huma-Num et de l'ensemble des consortiums SHS, ilpropose aux chercheurs des solutions toujours en accord avec les normes et procédures qui s'appliquent dans le domaine.
Le domaine d'intervention est très vaste, et va de la mise en place d'une infrastructure pour aider les utilisateurs à '''organiser et à rassembler leurs données''', à la '''réalisation d'un corpus web''', en passant par l'utilisation d'outils spécifiques qui peuvent permettre d''''analyser, de croiser, de visualiser et d'indexer les données'''. L'indexation se réalise à travers la mise en place de '''métadonnées''' qui sont "captées" par les outils de référencement.
ArchiTex met à disposition les compétences suivantes :
* La création de '''sites web de corpus'''
* La '''modélisation de données'''
* La prise en compte de la '''science ouverte''' dans vos recherches
* La gestion de revues
* La mise à disposition d'espaces Extranets
* Des formations +
'''Archifiltre''' permet d’'''analyser, visualiser et nettoyer les fichiers numériques pour avoir des stockages plus performants et préparer des versements d’archives'''.
L’équipe associe les archivistes des ministères Sociaux et des profils techniques complémentaires (Développeurs, UX designers, Product Managers, etc.) pour développer un outil avec les méthodes agiles en co-construction permanente avec ses utilisateurs. +
'''Archipel''' est une plateforme lancée par l'[[Inrap]] afin de centraliser les '''données des recherches archéologiques''' menées par l'Institut.
La plateforme vise à faciliter l'exploration, le croissement, la réutilisation des données et le contact avec les producteurs de ces données.
Les données et métadonnées de la plateforme proviennent de plusieurs systèmes d'informations de l'Inrap :
* [https://dolia.inrap.fr/ DOLIA] : Base de rapports d'opérations et de fouilles réalisés par l'Inrap.
* CAVIAR : Catalogue de visualisation de l'information archéologique, incluant la localisation des opérations archéologiques effectuées en France métropolitaine et outre-mer.
* [https://inrap.hal.science/ HAL-Inrap] : Archives des publications scientifiques des agents de l'Inrap.
* @gir : Plateforme interne recensant et documentant les projets de recherche soutenus par l’Inrap.
* COMODO : Application de gestion des collections archéologiques en garde par l’Institut.
* Systèmes administratifs de l’Inrap : Bases et outils internes utilisés pour la gestion des activités et des données administratives de l’Institut. +
Financé par l’I-SITE FUTURE de l’Université Gustave Eiffel (2019-2023), le programme de recherche '''Archival City''' a visé à interroger '''le concept d’archives urbaines''' en partant de '''six terrains expérimentaux''' ('''Alger''', '''Bologne''', '''Chiang Mai''', '''Grand Paris''', '''Jérusalem''', '''Quito''') dans son articulation avec la question de la durabilité et des futurs des villes. +
Le '''consortium Archives des ethnologues''', labellisé par l'IR* Huma-Num jusqu'en 2021, s’employait à accompagner les chercheurs, les projets et les bibliothèques de recherche dans la sauvegarde, le traitement, la valorisation et à la mise à disposition des matériaux produits lors des enquêtes ethnographiques et liés à l’anthropologie de terrain. Il s’efforçait d’identifier les questions spécifiques qui se posent aux ethnologues devant la singularité de leurs données, l’importance scientifique et patrimoniale de leurs matériaux, la richesse et la diversité des sociétés dont ils témoignent.
Il s’était donné comme objectif d’améliorer le repérage et l’accès à ces matériaux et de mettre à disposition ces derniers dans le respect de la propriété intellectuelle et de normes éthiques. +
Le '''service des "Archives diplomatiques"''' met en ligne ses pages de recherche et de consultation des '''inventaires et des archives numérisées'''.
Plus de '''2 millions de documents numérisés''', fruit des programmes de numérisation conduits par les Archives diplomatiques, peuvent être consultés à distance, téléchargés, partagés.
Un moteur de recherche permet d’accéder facilement au '''corpus d’inventaires''', clés d’accès aux quelque 110 kilomètres de documents consultables dans les centres des Archives diplomatiques de La Courneuve et de Nantes.
Pensé pour répondre aux besoins des chercheurs mais aussi de tous les usagers des archives diplomatiques, le site offre la possibilité de créer un espace personnel et permet de préparer aisément, à distance, une visite en salle de lecture. +
Les '''Archives sonores du CNRS - Musée de l'Homme''' sont un '''fonds d’archives sonores et audiovisuelles''' qui rassemble des '''enregistrements, inédits ou publiés''', de '''musiques de tradition orale''' et d''''enquêtes ethnographiques''' du monde entier, de 1900 à nos jours. Constitué de supports variés (cylindres, 78 tours, disques vinyles, bandes magnétiques, cassettes, CDs audios, DVD, supports numériques, vidéos), il se positionne parmi les plus importants au monde en termes de quantité, de diversité, et de qualité.
Le '''Centre de Recherche en Ethnomusicologie (CREM)''' du LESC est chargé de la gestion et de la valorisation de ce patrimoine scientifique. Les acquisitions effectuées de 1931 jusqu'en 2009 au musée de l’Homme sont en '''copropriété avec le MNHN''', celles qui sont postérieures à cette date dépendent désormais du CNRS.
La base de données répertorie :
*Plus de 48 000 documents sonores inédits, dont 40 000 sont numérisés, représentant près de 4 000 heures d'enregistrements de terrain.
*Plus de 18 000 enregistrements sonores édités, dont 7 400 sont numérisés et accessibles (soit plus de 5 600 disques dont beaucoup sont très rares).
*199 pays sont représentés à travers plus de 1 300 groupes ethniques ou sociaux, donnant à entendre une large palette de pratiques musicales (instrumentales et vocales), de langues et de dialectes.
Les archives participent au portail sonore européen (2014-2017) : [http://www.eusounds.eu/ Europeana Sounds] et sont disponibles sur [https://www.europeana.eu/fr Europeana]. +