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A
AgroParisTech est l’institut des sciences et industries du vivant et de l’environnement dont les objectifs sont de répondre aux enjeux du 21e siècle : nourrir les hommes en gérant durablement les territoires, préserver les ressources naturelles, favoriser les innovations et intégrer la bioéconomie.
L’activité scientifique à AgroParisTech est assurée par 22 unités mixtes de recherche et d’une unité de recherche et développement en co-tutelles avec le CNRS, l’INRAE, le Cirad, l’IRD, des universités et des écoles. L'activité de recherche est répartie sur 4 domaines thématiques :
* Production agricole et forestière ;
* Transformation alimentaire et non-alimentaire ;
* Gestion durable des ressources naturelles et de l’environnement ;
* Santé humaine.
En 2020, AgroParisTech a adopté une politique dédiée à la Science Ouverte dans le cadre de sa politique d’établissement. La Cellule Données de la recherche propose un service d’accompagnement à la rédaction de plan de gestion de données (PGD) destiné aux chercheurs d’AgroParisTech. L’établissement a élaboré deux modèles de PGD [https://dmp.opidor.fr/template_export/413287783.pdf AgroParisTech - modèle de PGD "Projet de Recherche"] et [https://dmp.opidor.fr/template_export/2059692581.pdf AgroParisTech - modèle de PGD "Structure"] ainsi que les versions anglaises correspondantes [https://dmp.opidor.fr/template_export/2050970126.pdf AgroParisTech – DMP template for Project] et [https://dmp.opidor.fr/template_export/704013521.pdf AgroParisTech - DMP template for Structure].
AgroParisTech est un établissement-composante de l’Université Paris-Saclay. L'institut est partenaire des Ateliers de la donnée DatASaclay (Dat’Atelier de l’Université Paris-Saclay) et ADOC Lorraine (Accompagner aux Données les Chercheurs et Chercheuses en Lorraine).
La '''Cellule Données de la recherche d'AgroParisTech''' rassemble les compétences de plusieurs services internes (documentation, systèmes d'Information, juridique, délégué à la protection des données) afin de répondre aux demandes et besoins des chercheurs sur '''la gestion, l'ouverture et la valorisation des données de la recherche'''. Un réseau de correspondants de proximité sera mis en place au niveau des unités de recherche.
La cellule intervient en appui à :
* l’instruction du sujet des données de la recherche dans la phase de montage des projets de recherche : aide à la rédaction de Plans de Gestion de Données (PGD) à partir de [https://dmp.opidor.fr/template_export/413287783.pdf AgroParisTech - modèle de PGD "Projet de Recherche"] ainsi que de la version anglaise [https://dmp.opidor.fr/template_export/2050970126.pdf AgroParisTech – DMP template for Project], analyse des besoins d’infrastructure numérique (volumétrie, stockage, sauvegarde, accès aux données), soutien juridique, accompagnement sur le traitement documentaire et terminologique de jeux de données (vocabulaires structurés, thésaurus, ontologies, métadonnées, constitution de corpus, techniques de fouille de texte et de données), aide à la stratégie d’ouverture des données (identification d’un entrepôt, stratégie de publication);
* La formalisation de la gestion des données au niveau des unités de recherche : mise à disposition de ressources d’information, aide à l’identification des besoins, formation, instruction des enjeux juridiques. Une aide à la rédaction de Plans de Gestion de Données (PGD) est proposée à partir de [https://dmp.opidor.fr/template_export/2059692581.pdf AgroParisTech - modèle de PGD "Structure"] ainsi que de la version anglaise [https://dmp.opidor.fr/template_export/704013521.pdf AgroParisTech - DMP template for Structure]. Ce modèle s’applique à la gestion des données d’une structure de recherche : unité de recherche, plateforme, laboratoire, équipe, dispositif.
Aix-Marseille Université (AMU) est organisée en :
*6 secteurs de formation et de recherche : Arts, lettres, langues et sciences humaines; Droit et sciences politique; Economie et gestion; Santé; Science et technologies; Secteur pluridisciplinaire
*3 pôles d’innovation territoriaux (PIT)
*6 groupements interdisciplinaires de formation thématiques (GIFT) : Aéronautique, Big Data, Handicap, Mer et activités maritimes, Tourisme, Vieillissement
*5 pôles de recherche interdisciplinaire (PR2I) : Energie; Environnement; Santé, sciences de la vie; Sciences et technologies avancées; Humanités.
L’AMU s’est dotée d'une [https://www.univ-amu.fr/system/files/2021-09/Politique_Science_Ouverte_AMU.pdf charte pour la Science ouverte]. Dans le Projet d’établissement 2018-2022, le Service Commun de Documentation (SCD) de l’AMU développera des services à la recherche en particulier sur l’open access, la gestion des données de la recherche, le droit d’auteur, l’appui à la bibliographie. +
La Cellule Science Ouverte du Service Commun de Documentation (SCD) d’Aix-Marseille Université (AMU) est chargée du projet « données de la recherche » de l’université retenu dans le cadre du schéma directeur du numérique (SDN) 2019-2022. Ce projet fait partie de l’axe prioritaire concernant le libre accès aux publications déposées dans l’archive ouverte [https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/ HAL-AMU] et aux données de recherche.
La Cellule Science Ouverte du SCD d’AMU met en place un service d’accompagnement à la gestion des données de la recherche destiné à la communauté scientifique et aux services d’appui de l’université.
Elle peut contribuer à :
*Fournir des ressources, outils et méthodes pour faciliter la gestion des données de recherche et répondre aux enjeux de la science ouverte ;
*Intervenir auprès des équipes et/ou de leurs partenaires pour les sensibiliser et les conseiller sur la stratégie de diffusion, de partage de leurs productions scientifiques en accès ouvert ;
* Accompagner dans la rédaction d’un plan de gestion des données via l’outil DMP OPIDoR;
* Relayer les questions techniques et/ou juridiques aux services dédiés ;
* Chercher des solutions concrètes pour '''la gestion''', '''l’archivage''' et '''la diffusion des données de recherche'''.
L’équipe propose un jeu de plateau en ligne [https://zenodo.org/record/4043644 À l'asSO !] pour animer de façon ludique les formations et présentations à distance sur la Science Ouverte.
La Cellule Science Ouverte du SCD d’AMU accompagne les porteurs de projets, issus d’une unité de recherche dont Aix-Marseille Université est une des tutelles, dans la gestion des données de recherche et la conception de plans de gestion des données.
Vous pouvez suivre la cellule Science Ouverte sur Le [https://oaamu.hypotheses.org/ Reservoar], blog de l’Open Access et de la Science Ouverte à AMU, et en vous abonnant la [https://listes.univ-amu.fr/wws/subscribe/scd-donnees-recherche lettre mensuelle] sur les données de la recherche et la Science Ouverte.
Le SCD d’AMU participe au projet '''GDsAM''', '''Guichet de la Donnée du Site d'Aix-Marseille''', qui accompagne le chercheur tout au long du cycle de vie de ses données.
La Cellule '''Science ouverte''' du Service Commun de Documentation (SCD) d’Aix-Marseille Université (AMU) propose un '''guide thématique sur les données de la recherche''' composé de 4 rubriques ainsi que les ressources correspondantes :
* Définition de la gestion des données et le contexte (national, européen et AMU)
* Définition des données de la recherche et les types
* Des réponses à la question pourquoi gérer ses données ?
* La description du plan de gestion de données (PGD ou Data Management Plan DMP) et les questions posées
* La boîte à outils : ressources et services pour l’accompagnement à la gestion des données de recherche.
Ce site est dédié aux enseignants-chercheurs et aux professionnels de l’IST pour les accompagner dans le cadre du '''cycle de vie des données de recherche.''' +
Aladin est un '''atlas du ciel interactif'''. Il permet aux utilisateurs de visualiser des images digitalisées du ciel, ainsi que des relevés complet du ciel. Il permet d'y superposer des informations issues des bases de données astronomiques telles que Simbad, VizieR et autres archives pour tous les objets connus dans le champ.
'''Aladin sky atlas''' est disponible sous deux formes: '''Aladin Desktop, un logiciel à installer''' et '''Aladin Lite, une application Web'''.
'''Aladin Desktop''' est un logiciel dédié à localiser les données astronomiques pertinentes, les accéder, les explorer et les visualiser. Compatible avec la plupart des standards OV émergeants ou existants, il est interconnectable avec d'autres outils de visualisation et d'analyse. Ces points forts lui permettent d'être un puissant outil d'exploration et d'intégration des données astronomiques largement utilisé par la communauté astronomique scientifique. Aladin Desktop s'appuie sur la technologie Java. Il nécessite une installation préalable sur l'ordinateur de l'utilisateur.
'''Aladin Lite''' est une version allégée de l'outil Aladin qui s'exécute directement dans la fenêtre du navigateur de l'utilisateur. Aladin Lite est avant tout dédié à la visualisation. Il s'appuie sur la technologie WebGL, supportée par la plupart des navigateurs modernes. Aladin Lite peut être facilement incorporé au sein d'une page Web. Il peut être également piloté via une API Javacript dédiée.
'''Données disponibles''' : Aladin Desktop & Aladin Lite utilise des données "recalculées" sur le principe de la technologie HiPS (Hierarchical Progressive Survey). Cette méthode offre la possibilité de zoomer et de se déplacer dans n'importe quelle région d'un relevé. Actuellement,environ 1100 relevés HiPS sont disponibles représentant 500To de pixels distribués par plusieurs serveurs collaboratifs.
Aladin Desktop offre d'autre part un accès direct à la plupart des serveurs astronomiques de la planète (CDS, NED, ESO, CADC, MAST, HEASARC, NRAO, ROE, IMCCE, etc), et également aux données locales de l'utilisateur.
L’'''Alliance nationale de recherche pour l'environnement''' '''AllEnvi''' coordonne les programmes de recherche pour relever divers grands défis sociétaux - alimentation, eaux continentales, climat, biodiversité, océan, risques - et anticiper leurs évolutions.
AllEnvi est composée de 12 membres fondateurs (BRGM, CEA, Cirad, CNES, CNRS, France Universités, Ifremer, INERIS, Inrae, IRD, Météo-France, Muséum national d’histoire naturelle) et 11 membres associés (Andra, Anses, CDEFI, Cerema, CGE, IFPEN, IGN, Inria, IRSN, LNE, Shom).
Allenvi mobilise cette communauté pluridisciplinaire afin de couvrir 7 thématiques de recherche : Sols, Plantes, Océan, Animaux, Terre solide, Atmosphère, Eaux continentales.
AllEnvi ne propose pas de données mais regroupe des institutions qui proposent. +
Créée en 2010, l ’Alliance des sciences et technologies du numérique (Allistene) programme et coordonne la recherche nationale dans le domaine des sciences et technologies de l'information et de la communication, depuis les mathématiques jusqu’à l’électronique et les nanotechnologies.
Les membres fondateurs d’Allistene sont la CDEFI, le CEA, le CNRS, France Universités, l’Inria et l’Institut Mines-Télécom.
Des représentants des membres fondateurs participent aux 6 groupes programmatiques qui pilotent les grands enjeux scientifiques et technologiques du domaine couvert par l’alliance:
* Modèles numériques : Modèles Calcul, Complexité, Contrôle et Analyse
* Logiciels et systèmes informatiques : Conception et réalisation de systèmes matériels et logiciels
* Réseaux et services de communication et d'information
* Contenus, connaissances, interfaces, interactions et robotique
* Technologies et dispositifs matériels : technologies et dispositifs de saisie, traitement, transport et stockage de l'information
* Recherche intégrative et intégration des systèmes +
AnaEE constitue une infrastructure de recherche expérimentale pan-Européenne intégrée et à long terme, à l'échelle du continent, qui s'appuie sur des plateformes distribuées avancées de quatre types :
*Plateformes écosystémiques en plein air : situées dans des écosystèmes terrestres ou aquatiques, gérés et non gérés, traversant les zones climatiques de l'Europe ;
*Plateformes écosystémiques fermées: elles complètent les plateformes en plein air en permettant un niveau plus élevé de contrôle environnemental et de mesure des processus ;
*Plateformes analytiques : elles offrent des analyses biologiques, physiques et chimiques avancées pour une meilleure compréhension des processus des écosystèmes ;
*Plateformes de modélisation : elles donnent accès à des solutions logicielles et à des installations avancées pour le développement de modèles. +
Infrastructure d'acquisition, de services et de données, '''AnaEE-France''', '''Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France''',
est une '''infrastructure nationale de recherche dédiée à l’étude des écosystèmes continentaux et de leur biodiversité'''.
L’infrastructure AnaEE France offre à la communauté scientifique, aux entreprises et aux organisations issues de la société civile un accès à des dispositifs expérimentaux dédiés à l’étude des écosystèmes continentaux terrestres et aquatiques et distribuées sur le territoire national métropolitain et ultramarin.
L’infrastructure accompagne également la réalisation des projets de recherche en proposant un accès aux données et à ses plateformes analytiques.
Elle met à la disposition de la communauté scientifique internationale 33 dispositifs originaux permettant de manipuler les écosystèmes soit en conditions plus ou moins contrôlées soit en milieu ouvert en accédant à des expérimentations long terme offrant des milieux différentiés et des historiques documentés ou en réalisant des expérimentations nouvelles notamment dans des écosystèmes alpins
et des forêts tropicales.
AnaEE-France propose un accès à des systèmes d'information et de modélisation pour la valorisation des résultats obtenus sur les différentes plateformes de l'infrastructure. [https://www.anaee-france.fr/service/modeles-et-donnees/donnees/ecoinfo EcoInfo] et [[BBEES]] assurent un accès aux bases de données AnaEE, tandis que les plateformes [https://www6.inrae.fr/vsoil/The-Project VSOIL] et [https://www6.inrae.fr/record/Presentation RECORD] offrent un accès aux outils de modélisation de l'infrastructure.
'''Science ouverte et données''' :
*Infrastructure dotée d’une [https://www.anaee-france.fr/images/documents/Politique_des_donnees_AnaEE-France/2019.05.13_Politique_de_donn%C3%A9es_AnaEE.pdf politique des donnéesp FAIR] en application, AnaEE-France est membre fondateur de l’infrastructure ESFRI Landmark [[:AnaEE|AnaEE]] devenue ERIC en février 2022 (coordination France).
*Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://forgemia.inra.fr/anaee-dev/semdata
*Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données [http://www.anaee.eu/services/data-and-models-portals www.anaee.eu/services/data-and-models-portals]
Infrastructure issue de la fusion des IRs AnaEE-France Ecotrons et AnaEE-France Natura.
Le '''PEPR exploratoire FairCarboN''' est en interaction avec elle pour l'expérimentation sur les écosystèmes.
Catalogue des jeux de données, services, cartes proposés par AnaEE-France +
Entrepôt de données de l'infrastructure AnaEE-France. Utilise la solution Dataverse +
Créée en 2009, l’Alliance nationale de coordination de la recherche pour l’énergie a pour mission de répondre aux défis sociétaux suivants : une énergie propre, sûre et efficace; la mobilité et systèmes urbains durables.
Ancre est composée de 4 membres fondateurs (CEA, CNRS, France Universités, IFPEN) et de membres associés (Andra, BRGM, CDEFI, Cirad, CSTB, Ifremer, Cerema, Ineris, Inrae, Inria, IRD, IRSN) ainsi que les Pôles de compétitivité en tant que partenaires industriels.
Parmi ses objectifs, Ancre doit mobiliser, structurer et fédérer les communautés, d’autre part produire et diffuser des connaissances.
Des groupes programmatiques sont mobilisés : Énergies issues de la biomasse, Agriculture; Ressources et usages du sous-sol pour la transition énergétique; Énergies nucléaires; Énergies solaires; Énergies marines, hydrauliques et éoliennes; Prospective et économie de l’énergie; Transports; Bâtiment; Industries; Prospective et économie de l’énergie, Réseaux d'énergies et stockage associé. +
Les plateaux techniques d’Anexplo mettent à disposition de la communauté scientifique publique et privée des équipements de pointe et les expertises nécessaires à la compréhension du vivant dans son fonctionnement normal et pathologique.
'''Anexplo''' propose un continuum d’'''activités de la création à l’archivage de modèles rongeurs de physiopathologie''' en passant par leur '''exploration fonctionnelle''' et '''caractérisation phénotypique''' (ex vivo et in vivo). Anexplo offre aussi des environnements adaptés à l’exploration des physiopathalogies des ovins, bovins, lagomorphes (lapin) et oiseaux (poules, canards et dindes). Ces modèles d’étude intégrés permettent une meilleure compréhension de la physiologie et des dysfonctionnements pathologiques dans le domaine du cancer, des maladies métaboliques, cardiovasculaires, immunologiques et infectieuses et en génétique. +
La '''plateforme régionale AniRA (Ani-Rhone-Alpes)''' est '''dédiée à la génération et au phénotypage de souris'''. La structure AniRA est subdivisée en '''2 départements spécialisés''' offrant chacun différents services à la communauté scientifique. Chacun des départements AniRA s'appuie sur des plateformes technologiques qui entretiennent des liens étroits avec les équipes locales de recherche permettant le développement et le transfert efficace de nouvelles technologies.
Le '''département AniRA-Phenotyping''' permet de proposer des '''prestations de phénotypage''' complètes axées autour des différents systèmes physiologiques: cardiovasculaire, métabolisme, système immunitaire, métabolisme cellulaire ou encore système osseux. Le phénotypage permet la caractérisation standardisée et fonctionnel du modèle rongeur. Ce département vise à mieux comprendre la fonction des gènes, les mécanismes biologiques fondamentaux, de la physiopathologie infectieuses, pour identifier et valider de nouvelles cibles médicamenteuses par exemple.
Actuellement AniRA Phenotyping propose à la communauté scientifique des prestations de phénotypage sur mesure :
* Phénotypage du système immunitaire, du métabolisme cellulaire et/ou du système osseux (AniRA-ImmOs) qui s’appuie en grande partie sur le plateau de cytométrie en flux (AniRA-Cytométrie) et sur l' animalerie (AniRA-PBES).
* Phénotypage dans les domaines métaboliques, cardiovasculaire et l’exploration du système nerveux autonome (AniPhy)
* Etude des neuro-transmetteurs (BELIV) gràce à des biocapteurs destinés au dosage de petites molécules développé à façon sur la plateforme.
* Étude des principaux phénotypes cardiaques et de physiopathologie des syndromes d’ischémie-reperfusion dans le cœur, le rein et le cerveau (Ixplora).
Le '''département AniRA Mouse Models''' est '''en charge de la génération, de la production de souris génétiquement modifiée''' ainsi que de l''''utilisation de modèles infectieux animaux'''. Ce département propose des services variés et développe en permanence de nouveaux outils pour la génération et la validation de modèles expérimentaux .
AniRA Mouse Models dispose d'une animalerie centrale (AniRA-PBES) comportant un service de transgénèse perfomant qui utilise entre autre des vecteurs lentiviraux developpé en relation avec la plateforme d'analyse génétique (AniRA-Analyse Génétique) et la plateforme de vectorologie (AniRA-Vectorologie). L'animalerie AniRA-PBES dispose d'une zone A1 et de zones A2 et A3 permettant l'utilisation de modèles infectieux. Ce département dispose également d'un laboratoire de niveaux 3 (AniRA-L3) permettant ainsi de proposer à la communauté scientifique des modèles animaux infectieux pertinents.
L’Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail, assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence couvrant '''la santé humaine''', '''la santé et le bien-être animal''' ainsi que '''la santé végétale'''.
L’Anses étudie, évalue et surveille l’ensemble '''des risques chimiques''', '''microbiologiques''' et '''physiques''' auxquels les hommes, les animaux et les végétaux sont exposés. L’Agence s’appuie sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche, répartis sur l’ensemble du territoire.
Dans le cadre de son engagement en faveur de '''la science ouverte''' et d’agence de financement de projets de recherche, l’Anses met en œuvre cette politique et ses principes à travers le Programme national de recherche Environnement - Santé - Travail ([https://www.anses.fr/fr/content/le-programme-national-de-recherche-environnement-sant%C3%A9-travail-0 PNR EST]) qu’elle pilote. En 2020, le dépôt des publications sur une archive ouverte est rendu obligatoire ainsi que l’élaboration d’un '''plan de gestion de données''' (PGD) pour les équipes financées. L’Anses dispose d’une plateforme d’auto-archivage [https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/ HAL-Anses]. +
Le Service d’information scientifique et technique du Laboratoire de Fougères propose un service d’accompagnement à '''la rédaction de plan de gestion''' (PGD) aux chercheurs de l’Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail du site de Fougères (Laboratoire de Fougères et ANMV). +
'''APOLLON''' est une infrastructure de recherche (IR) opérée par le Laboratoire pour l’Utilisation des Lasers Intenses (LULI) et placée sous la tutelle du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et de l’École polytechnique. Elle est conçue pour atteindre '''une puissance laser multipetawatt exceptionnelle'''.
APOLLON délivre '''un ensemble de sources laser ultra-intenses et ultra-brèves''', superposables sur une même tache focale et synchronisables, d'énergie totale maximale sur cible de 265 J. Il alimente 2 salles expérimentales, la salle « courte focale » pour '''générer des faisceaux de protons, d’ions et de rayonnements X''', et la salle « longue focale » dédiée à '''l'accélération d'électrons''' sur plusieurs dizaines de mètres.
Le laser APOLLON devrait à terme atteindre une puissance de 10 PW et sera exploité dans le cadre de la recherche fondamentale et appliquée ('''physique en champ fort''', '''accélération de particules au-delà du GeV''').
Cet instrument permet d’explorer de nouveaux domaines de '''la physique relativiste''' à '''la physique du vide''', par la réalisation d’expériences d’interactions avec la matière à très haute intensité, pour des applications finales liées à '''l’énergie''', '''la biologie''', '''la médecine''' et '''le nucléaire'''.
La politique de données de l’infrastructure est en cours de validation. +
Le laboratoire '''Archéologies et Sciences de l’Antiquité''' ('''ArScAn''') développe des recherches en archéologie et histoire de l’art, histoire et épigraphie, philologie et littérature. Les recherches archéologiques incluent la géo-archéologie, le paléo-environnement, l’anthropologie funéraire. ArScAn intervient sur les 5 continents, de la Préhistoire au début de l’époque moderne, sur la base de travaux de terrain, de l’étude de textes et d’images. +
ArcheoGRID est une '''application Web''' initiée il y a plus de 10 ans par Archeovision pour '''archiver et diffuser des données numériques iconographiques de la recherche'''.
Elle est devenue aujourd’hui un '''outil incontournable de gestion collaborative de la documentation de tout type''' (iconographie, relevés...) pour les '''projets SHS portant une composante 3D''' : annotation, indexation, préservation, sauvegarde, dissémination. ArcheoGRID permet d’intégrer des données sémantiques aux données numériques afin d’être en mesure d’échanger ces informations selon les protocoles standards d’échange en vigueur (OAI-PMH, RDFa, DublinCore) et participer pleinement à l’ouverture des données de la recherche.
Les données contenues dans ArcheoGRID sont accessibles par l’intermédiaire de l’interface originellement appelée "tabloïde" qui simule une table lumineuse sur laquelle il est possible de visualiser des "diapositives" par lots. Une visionneuse permet de consulter individuellement chacune des diapositives présentes sur la table lumineuse et de consulter les métadonnées associées à chacune des diapositives. La typologie des documents ayant évolué, il est désormais possible de traiter non seulement de la documentation iconographique mais aussi des textes, des sons, des vidéos ou encore des fichiers json, 3D, ...
Toutes les données d’ArcheoGRID, fichiers et bases de données, sont hébergées par Huma-Num qui assure également l’exploitation d’une partie des serveurs liés aux services Web et la sauvegarde des données. +