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Le '''Centre d'études et de recherches administratives, politiques et sociales''' ('''CERAPS''') est un laboratoire de recherche qui associe '''la science politique''', '''le droit public''' et '''la sociologie'''. L'activité scientifique porte sur '''les mutations qui affectent l'ordre politique contemporain à différents niveaux'''.
Axes de recherche du CERAPS :
* Axe 1 : Gérer le vivant. Action publique et mobilisations
* Axe 2 : Représenter les intérêts sociaux
* Axe 3 : Territoires : conflictualité, inégalités et différenciation de l’action publique
* Axe transversal : Les technologies innovantes, instruments de reconfiguration des rapports public / privé. +
Le '''CEREMA''', '''Centre d’études et d’expertise sur les risques, l’environnement, la mobilité et l’aménagement''', est un établissement public tourné vers l’appui aux politiques publiques, placé sous la double tutelle du ministère de la transition écologique et solidaire et du ministère de la cohésion des territoires et des relations avec les collectivités territoriales. Le Cerema accompagne les territoires dans neuf champs d’action complémentaires : aménagement et cohésion des territoires ; ville et stratégies urbaines ; transition énergétique et climat ; environnement et ressources naturelles ; prévention des risques ; bien-être et réduction des nuisances ; mobilité et transport ; infrastructures de transport ; habitat et bâtiment.
Le Cerema possède '''11 plateformes technologiques destinées à mener des expérimentations en laboratoire ou en situations réelles''', dans les domaines de l’environnement, des infrastructures, des sources lumineuses, du bruit, des vibrations, des conditions climatiques, des matériaux notamment. Ces plateformes technologiques disposent d’équipements de pointe et peuvent être mobilisées pour contribuer au développement de projets industriels, académiques, ou implémentés par les acteurs des territoires.
La recherche du Cerema s’appuie sur l’expérience des agents dans l’ensemble des implantations, ainsi que sur leurs liens avec les acteurs locaux. Un ancrage local fort qui a souvent accompagné l’acquisition de données liées aux territoires dans des domaines tels que les risques, l’aménagement, les infrastructures ou l’environnement. Cette maîtrise de l’acquisition de données permet au Cerema de connecter ses objets de recherche aux besoins des territoires et d’établir des liens entre le monde académique et les acteurs de l’aménagement et du développement des territoires.
Le Cerema assure la diffusion et la promotion des travaux et des études liés à ses activités par le biais de publications d'ouvrages, de formations et par l'organisation de journées techniques. Le Cerema s'associe à la démarche globale d'ouverture des données publiques open data et met en place une '''plate-forme de données ouvertes''' '''[https://www.cdata.cerema.fr/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/home CeremaData]'''
CeremaData est la plateforme de données ouvertes du Cerema. CeremaData offre un espace de valorisation de ses ressources numériques à l’attention de ses partenaires, chercheurs, étudiants, journalistes, développeurs, entreprises pour faciliter la création de services applicatifs innovants.
Le Cerema vous propose également un outil de mise en forme des données afin de concevoir des cartes à partir des modèles ou des cartes déjà existantes sur la plateforme [https://catalogue.cdata.cerema.fr/carteperso Editeur de cartes] +
Programme phare de la FRB, le Cesab – CEntre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité – a pour objectif de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité.
Le Cesab permet la collecte et la mise en commun de jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité et l’élaboration de méthodes statistiques complexes pour proposer un état des lieux de la biodiversité et en modéliser le devenir.
Les groupes Cesab sont composés de chercheurs internationaux et coordonnés par un chercheur affilié à une structure de recherche française. Il en résulte une grande diversité de perspectives, enrichissante tant pour les participants que pour les résultats des projets. +
'''ChArMEx (Chemistry-Aerosol Mediterranean Experiment)''' constitue l’un des programmes thématiques internationaux de MISTRALS (Mediterranean Integrated Studies at Regional and Local Scales).
L’objectif de ChArMEx est de faire un bilan actuel de '''la composition de l’atmosphère''' afin d’anticiper l’évolution de l’environnement atmosphérique du bassin méditerranéen et de ses impacts sur le climat régional, la qualité de l’air et les interactions biogéochimiques marine et continentale. La Méditerranée est la source ou la zone de transport de différents types d'aérosol d'origine naturelle ou anthropique.
Les partenaires du programme ChArMEx mettent en oeuvre des instruments de '''mesure des aérosols''' sur le terrain en réseau ou lors de campagnes dédiées (aéroportées, sur bateau, au sol), exploitent des observations satellitaires et effectuent des études de simulations en laboratoire et de modélisation numérique afin de mieux caractériser '''la pollution atmosphérique''' du bassin méditerranéen et de son pourtour pour en identifier les sources, les facteurs aggravants et les conséquences sur l’environnement à proche et long terme.
ChArMEx database contient les données produites ou utilisées lors du programme ChArMEx en tenant compte de [https://www4.obs-mip.fr/wp-content-omp/uploads/sites/53/2023/01/ChArMEx_DataPolicy.pdf sa politique de données]. +
ChemBioFrance est conçu pour favoriser et dynamiser les échanges aux interfaces de la chimie, de la biologie et de la cheminformatique afin de développer de nouvelles stratégies de découverte et de développement de molécules bioactives, au service des chercheurs publics et privés.
Cette infrastructure de recherche offre des collections « intelligentes » de molécules à fort potentiel de bioactivité, des partenariats avec des chimistes pour la production d’analogues, des services de criblage de collections de molécules, des outils d’analyse et de fouilles de bases de données de composés, des services d’ADME et d’étude de toxicité pour la caractérisation et le développement de nouvelles molécules biologiquement actives.
Les principales composantes de ChembioFrance sont :
*La Chimiothèque Nationale
*Un réseau de plateformes de criblage et d'ADME-TOX
*Une platefome distribuée de Chémoinformatique
La totalité des publications issues de projets utilisant l’infrastructure sont en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://github.com/JordiMa/L-G-Chimio +
ChemProject a développé '''un logiciel libre ChemFlow''' dans le domaine de '''la chimiométrie''' sous forme d’une application web. L’objectif est de fournir des outils collaboratifs, multi-utilisateurs, partagés et intéropérables pour '''le traitement des données spectrales'''. Chemflow se base sur Galaxy qui permet d’intégrer et d’interfacer des codes provenant de nombreux langages (Scilab, Octave, R, Python, PostgreSQL). Le logiciel est inscrit au répertoire des plateformes internationales [https://galaxyproject.org/use/chemflow GalaxyProject]. Il est compatible avec différents formats de données (csv, jdx, dx, csv, mat, rdata).
ChemFlow permet de mettre en application '''les méthodes supervisées et non supervisées''' de chimiométrie enseignées lors de la formation en ligne CheMoocs :
* les méthodes classiques telles que l’ACP (Analyse en composantes principales, la PLS (régression des moindres carrés partiels, PLS-R et PLS-DA) ;
* les méthodes de décomposition spectrale (ICA, MCR-ALS, etc) ;
* le transfert d’étalonnage (EPO, etc) ;
* l’analyse multi-tableaux (ACOM).
ChemFlow est connecté à la base de données spectrales [https://chemproject.org/ChemData ChemData] utilisée dans le cadre de la formation en ligne CheMoocs. +
ChemProject a pour objectif de réaliser un environnement complet pour les chimiométriciens qui s’appuie sur :
* CheMoocs : un MOOC qui apporte les connaissances théoriques, principes et outils, en chimiométrie qui peut être appliquée dans différents domaines (agronomie, chimie, pharmacie, biologie). Il est diffusé sur la plateforme [https://www.fun-mooc.fr/ FUN] de cours en ligne de l’enseignement supérieur. Il est destiné aux étudiants, chercheurs, enseignants et industriels.
* ChemFlow : un logiciel libre qui propose le traitement des données spectrales à partir des principales méthodes enseignées lors de la formation en ligne CheMoocs (méthodes supervisées et non supervisées).
* ChemData : Base de données publiques (analyses spectrales, spectres infrarouge) qui peut être téléchargée et traitée dans le cadre de la formation en ligne CheMoocs.
* ChemHouse : un pôle de compétences en chimiométrie (recherche, formation, échanges).
ChemProject est porté par de nombreux partenaires : INRAE, Institut Agro Montpellier, Agreenium,, Association HélioSPIR, Ondalys, AgroParisTech, Faculté des Sciences Aix-Marseille Université, Université de Lille, Oniris VetAgroBio, Université de Bretagne Occidentale, Université de Montpellier et Université de Genève. +
Au cœur du Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA), '''ChemoSens''' est une plateforme multidisciplinaire qui développe et met à disposition une '''expertise technique et des outils de haut niveau pour l'analyse chimique des composés volatils et des lipides, la chimiométrie, la sensométrie, l'olfactométrie, la gustométrie, la neuroimagerie, l'analyse sensorielle et l’étude du comportement alimentaire des consommateurs'''.
Ses expertises sont organisées en quatre composantes :
* Spectrométrie de masse, olfactométrie et gustométrie,
* Analyse sensorielle et comportement du consommateur,
* Physiologie,
* Ingénierie logicielle, statistiques et science des données.
Du fait de ces expertises, la plateforme est partenaire/prestataire de projets sur le rôle de lipides alimentaires dans la vision, les mécanismes chimiques et physiologiques à l’origine de la perception sensorielle des aliments et le comportement alimentaire des consommateurs. Elle propose ses services à de nombreux partenaires externes issus du monde académique et socio-économique. +
'''Chemotion''' est un entrepôt de données de recherche en chimie permettant de '''conserver des données relatives à des échantillons ou à des réactions chimiques, en particulier des données issues de travaux synthétiques et analytiques'''.
Il peut être utilisé comme un '''logiciel autonome pour la publication des données de recherche ou en combinaison avec chemotion ELN (electronic lab notebook)''', un logiciel open source pour la documentation des données de recherche. Les deux systèmes sont développés au même niveau technologique, ce qui permet de '''combiner l'enregistrement et la documentation ainsi que la publication et le stockage des ensembles de données'''. L'ELN permet un transfert rapide et facile des données de recherche sélectionnées vers le dépôt, ce qui est une condition préalable à des stratégies efficaces de publication des données de recherche.
'''Chemotion fait partie de la stratégie de l'infrastructure nationale de données de recherche pour la chimie (NFDI4Chem).''' +
L’'''École nationale supérieure de chimie de Paris''' est l'une des 204 écoles d'ingénieurs françaises accréditées au 1er septembre 2020 à délivrer un diplôme d'ingénieur. Elle est membre fondateur de l'[[Université PSL]] dont elle est l'un des neuf établissements-composantes. +
La Chimiothèque Nationale (CN) regroupe '''les collections de produits de synthèse, de composés naturels et d’extraits naturels''' existants dans les laboratoires publics français (70.000 composés et 15.000 extraits naturels, pour la plupart originaux et peu testés). Conditionnés sous une forme standardisée compatible avec le criblage à haut ou moyen débit, ces composés peuvent être sollicités dans le cadre de collaborations scientifiques, au travers des procédures simples, rapides, peu onéreuses et protégées juridiquement. La Chimiothèque Nationale propose également des partenaires compétents pour les développements hit-to-lead.
Depuis janvier 2007, la CN a pris la forme juridique d’un Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) entre le CNRS et 41 établissements d’enseignement supérieur et de recherche. Le GIS Chimiothèque Nationale fédère 48 laboratoires de chimie. Chaque laboratoire reste responsable de ses molécules et substances, accède aux informations concernant tous les produits présents dans la Chimiothèque Nationale.
La CN a pour objectifs :
*La sauvegarde et la conservation du patrimoine chimique existant dans les laboratoires académiques nationaux
*la valorisation scientifique et industrielle des produits vers des applications pharmaceutiques, cosmétiques, phytosanitaires dans le cadre de collaborations scientifiques entre chimistes et biologistes.
Les missions de la CN sont:
*Fédérer les laboratoires de recherche français souhaitant promouvoir la constitution et la valorisation scientifique et industrielle de collections de produits chimiques de synthèse et de substances naturelles, dans un format compatible avec les robots de criblage biologique;
*Constituer un répertoire global de ces collections, plus complet et divers que chacune des collections considérées séparément ;
*Promouvoir la mise à disposition de la Chimiothèque Nationale et des chimiothèques « essentielles» (CNE), auprès des chercheurs chimistes et biologistes, académiques et industriels en vue de criblages;
*Sensibiliser la communauté scientifique à la valorisation des produits actifs découverts en outils de recherche et en candidats médicaments, notamment par des actions de formation;
La CN peut apporter une aide technique, financière et administrative à chaque laboratoire de chimie pour l’organisation d’une échantillothèque et la création d’une banque de données informatique.
La CN fait partie de l’infrastructure ChemBioFrance labellisée infrastructure nationale en 2018.
Le '''Chronobiotron''' est une '''plateforme d’hébergement et d’exploration fonctionnelle rongeurs''', qui a la particularité de disposer d'un '''équipement spécifiquement conçu pour l'étude des rythmes biologiques circadiens et saisonniers''' (hibernation notamment), ensemble des mécanismes mis en place par les organismes pour anticiper et donc s’adapter aux variations cycliques de leur environnement.
Ce dispositif, unique en Europe, comporte notamment des installations permettant de reproduire fidèlement les changements naturels de l'environnement et ce, de façon contrôlée (photopériode, température pour étudier des phénomènes d’hibernation, aube/crépuscule).
Le Chronobiotron est également la seule structure au monde à regrouper sur un même site autant de modèles de choix pour la chronobiologie :
*des modèles nocturnes : rats et souris, génétiquement modifiés ou non
*des modèles saisonniers : hamsters dorés, ou syriens (Mesocricetus auratus) et sibériens (Phodopus sungorus)
*un modèle à horloge circannuelle : hamster d'Europe (Cricetus cricetus)
*un modèle de rongeur diurne (Arvicanthis ansorgei, seule colonie au monde).
Cette structure regroupe sur un même site 3 entités complémentaires :
*Une '''animalerie conventionnelle''' dédiée à la chronobiologie
*Une '''animalerie transgénique'''
*Une '''zone sécurisée de niveau 3 animalerie A3/laboratoire L3''' +
'''Chronocarto''' est un outil collaboratif ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique dont l'objectif est de favoriser le '''moissonnage des données par le développement d’une gestion multimédia, par des moteurs de recherche et par la cartographie spatiale de ces données'''.
Il s’agit de les rendre facilement interrogeables et d’optimiser une vision simple de toute la documentation, où qu’elle soit stockée sur le net. Il renvoie donc à la fois au '''Web-SIG Chronocarto''' en distinguant les projets en fonction de leurs échelles mais aussi aux bases d’où sont extraites les données ainsi qu’à des outils complémentaires.
Il supporte actuellement plusieurs projets collaboratifs en ligne de '''Web-SIG''' sous la protection d’un mot de passe. +
La composante Chémoinformatique de l'infrastructure de recherche ChemBioFrance propose des prestations de :
*Conception et analyse de chimiothèques pour le criblage.
*Analyse des données brutes de criblage.
*Criblage virtuel (similarité 2D et 3D, pharmacophore, docking. *Bioprofilage de molécules bioactives (prédiction de cibles). *Calcul/prédiction de propriétés physoicochimiques (ex: solubilité, logP) +
cid. curie. fr est le déploiement d'[[OpenImadis]] sur les données d'imagerie microscopique de la plateforme d’imagerie cellulaire et tissulaire BioImaging de l’Institut Curie PICT-IBiSA. La plateforme cid.curie.fr permet de gérer efficacement des '''données d'imagerie hétérogènes''' et des flux d''''analyses complexes'''. Cette plateforme fournit un '''accès partagé, sécurisé et libre aux données''' digitalisées d'images scientifiques ainsi qu'à des '''algorithmes d'analyse''', et '''assure leur pérennisation ainsi qu'une traçabilité des traitements successifs'''. Elle permet aux chercheurs de partager les données et les analyses, et de mettre en place des projets multidisciplinaires, à distance, entre des équipes de plusieurs laboratoires et instituts. Ce système est également capable de gérer le nombre croissant et la grande complexité des images scientifiques et biomédicales générées par les systèmes de microscopie avancée.
Cette plateforme fait partie de l'infrastructure de recherche [[France-BioImaging]]. +
Le Cirad est un établissement Public à caractère Industriel et Commercial (EPIC), consacré à la '''recherche agronomique''' et à la '''coopération internationale pour le développement durable des régions tropicales et méditerranéennes'''. Il se compose de 33 unités de recherche, réparties en 13 directions régionales à travers le monde. Un chargé de la gouvernance et politique des données, codes et logiciels de recherche a pris ses fonctions en 2023 au sein de la DiscO (Délégation à l'information scientifique et à la science ouverte). +
Le site internet '''CoopIST''' propose des '''fiches didactiques''', classées en rubriques thématiques, pour gérer, publier et évaluer l’information scientifique et technique. Une des rubriques est consacrée au thème de la gestion des données de recherche, avec des fiches didactiques telles que :
*Découvrir des '''plans de gestion de données''' de la recherche
*'''S'initier''' en ligne aux données de la recherche
*Rendre publics ses jeux de données
*Découvrir de nouveaux métiers liés aux données de la recherche
*Rédiger et '''publier un data paper''' dans une revue scientifique
*'''Citer''' un jeu de données scientifiques
*'''[https://www.loginos.net/base/ylxxVO Un arbre de décision]''' pour orienter les équipes dans les problématiques juridiques liées à l'ouverture des données
Les fiches sont conçues par la '''Délégation à l'Information Scientifique et Technique''' du Cirad et relues par un rédacteur scientifique ainsi qu'un membre du comité éditorial du CoopIST avant d'être publiées. Elles sont diffusées '''en libre accès''' et peuvent être exportées individuellement au format PDF. +
'''Cirad Dataverse''' est '''un entrepôt institutionnel''' de '''gestion''', de '''diffusion''' et de '''préservation des données scientifiques''' liées à '''l’agriculture''', l'''’alimentation''', '''l’environnement''' et à '''la gestion des territoires''' issues des activités de recherche menées au Cirad, basé sur la solution logicielle Dataverse.
Le site de [https://dataverse.cirad.fr/ Cirad Dataverse] propose des aides et des guides pour les déposants (scientifiques du Cirad et leurs partenaires) et les utilisateurs, ainsi que sur '''la gestion des données de recherche'''.
'''Les datasets''' contiennent les fichiers de données, de codes et de documentation ainsi que '''les métadonnées''' avec l’attribution '''d’un identifiant numérique unique DOI''' (Digital Object Identifier) pour la diffusion et '''la citation'''. L’accès à ces données de recherche peut être ouvert à tous ou restreint. +
Afin de répondre aux enjeux de gestion, de conservation, d’ouverture et de qualité des logiciels de la recherche, le Cirad s’est doté d’une forge logicielle institutionnelle GitLab (https://gitlab.cirad.fr). Ce dispositif destiné aux modèles, outils d'aide à la décision, chaînes de traitements, scripts, etc ... est basé sur le gestionnaire de version Git. Ouverte aux partenaires du Sud et du Nord, la forge logicielle permet le partage contrôlé et les contributions aux codes sources, la vérification de la reproductibilité des résultats des logiciels et leur ouverture.
Contrôle des accès d’un projet logiciel :
*Possibilité de faire des groupes de projets logiciels, sélectionner les membres et leurs actions. Niveaux de visibilité public ou privé +