POPS (IPS2)

  IPS2 : POPS

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Plateforme transcriptOmique de l’iPS2
URL	https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr/fiche/ips2-plateforme-de-transcriptomique-pops/
Contact	contact.ips2@u-psud.fr
Localisation	Gif-sur-Yvette
Structure d'appartenance	IPS2
Tutelles	Université Paris-Saclay

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

Documentation

Chargement de la carte...

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POPS est la plateforme de transcriptomique des plantes de Paris-Saclay localisée à l'institut de science des plantes Paris-Saclay (IPS2). Elle offre une expertise pour le développement de l’analyse du transcriptome chez les végétaux par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN (RNA-Seq). Leur savoir-faire s’étend de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique et statistiques des données.

Elle propose :

1. Une expertise pour l’analyse de l’expression des gènes chez les plantes par l’utilisation du séquençage à haut-débit de l’ARN. Cette offre est complétée par l’analyse bioinformatique et statistique permettant l’analyse quantitative du transcriptome. 2. Du développement méthodologique afin de répondre au mieux aux demandes de nos collaborateurs et d’élargir l'offre de service.

3. Des formations et de l’animation scientifique

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Organismes végétaux
• RNAseq
• Transcriptomique
• SingleCell
• Microtranscriptomique
• Séquençage ARN

Type de données :Données génomiques, Données de séquençage

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Biologistes

Conditions d'usage : Pour soumettre un projet à la plateforme POPS, il est possible d'envoyer un mail à pops.ips2@universite-paris-saclay.fr en décrivant brièvement le projet. Après une première prise de contact permettant d’étudier la faisabilité du projet, une réunion téléphonique ou sur site sera proposée, afin de définir les objectifs et les questions biologiques, d’établir un plan d’expérience... Les collaborateurs et experts concernés de la plateforme seront présents à cette réunion. Le délai de réalisation des projets varie selon le type d’analyse, le nombre d’échantillons et le taux d’occupation de la plateforme.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :ISO 9001:2015 ([https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-sequencage-pops-paris-saclay/%0AIBiSA https://www.france-genomique.org/plateformes-et-equipements/plateforme-sequencage-pops-paris-saclay/ IBiSA])

Conditions générales d'utilisation :

POPS (IPS2) est en lien avec les services et structures

France Génomique

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IPS2	CATdb POPS (IPS2)

2015

Systèmes de management de la qualité

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.