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P
'''PROGEDO-Loire''' est la Plateforme Universitaire de Données de Nantes. Cette plateforme de services vise à promouvoir l''''utilisation et l'exploitation des données quantitatives''' en Sciences Humaines et Sociales. Basée au sein du Pôle numérique de la Maison des Sciences de l'Homme Ange-Guépin à Nantes, elle est ouverte aux chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorants et étudiants de master des universités de Nantes, Angers et Le Mans.
Ses 3 axes de travail sont : le soutien à la production, réalisation et exploitation de grandes enquêtes ; le partage et la mise à disposition des données pour accroître leur exploitation ; l'impulsion, la fédération des acteurs pour promouvoir l'utilisation des données +
'''PSuP, Planetary Surface Portal''', portail de services et d'accès aux données est centre de traitement de données couplé à un centre de diffusion de données sur les surfaces planétaires. Le portail PSuP est une initiative de l'[[OSUPS]] et de l'[[OSUL]].
PSuP met à disposition des :
*Plateformes de services pour le traitement et la visualisation des données de surfaces planétaires.
*Produits dérivés de cartes locales et globales ( information minéralogique, information géomorphologique, DTM, …).
*Outils de fouille, de visualisation 2D/3D (MarsVisu), traitement DTM (MarsSI).
*Outils de requêtes/transfert de données.
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +
'''Pacte''', '''laboratoire de sciences sociales''', est une unité mixte de recherche du CNRS, de l'Université Grenoble Alpes et de Sciences Po Grenoble implantée principalement sur le site universitaire Grenoble Alpes.
Ses membres sont investis dans la construction de '''langages communs''' et de '''connaissances transverses''' sur les transformations de nos sociétés dans leurs dimensions politiques, territoriales, sociologiques et écologiques.
Le laboratoire place l''''interdisciplinarité''' au cœur de ses pratiques, par le partage et la confrontation des méthodes, des épistémologies, et des terrains communs. Pacte rassemble la majorité des géographes, politistes, sociologues et urbanistes du site et accueille également des économistes et historiens. +
'''Panoptic''' est '''un outil de visualisation, d’exploration et d’annotation de grands corpus d’images développé par le CERES, Centre d’expérimentation en méthodes numériques pour les recherches en Sciences Humaines et Sociales'''.
Panoptic intègre des algorithmes de groupage d’images par similarité (MobileNet, average hash, sha1) pour aider dans le tri et l’exploration ainsi que diverses options de filtrage, de recherche et d’annotation, permettant la création, l’analyse et l’exportation de sous-corpus. +
'''ParameciumDB''' est une '''base de données communautaire sur l'organisme modèle Paramecium'''. Le site web donne accès aux génomes de nombreuses espèces de paramécies ainsi qu'à leurs annotations. ParameciumDB intègre également des jeux de données de séquencage (DNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq) fournis par la communauté. Ce portail permet d'interroger, d'extraire, de visualiser et de comparer les données publiques les plus récentes. +
'''Paris-Saclay GitLab''' est une forge logicielle mise au point par l'université de Paris-Saclay.
Elle permet à tous les personnels et les étudiants de l'université de déposer des codes sources. Il est également possible pour les extérieurs de s'auto-identifier.
La forge propose plusieurs services :
* la gestion d'artefact
* des registres d'images
* de l'intégration continue
* de la publication de site web +
'''Pellipop''' est '''un outil en ligne de commande Python''' qui permet de '''découper des vidéos en images fixes avec extraction de texte et audio'''. Il permet également d'obtenir un fichier csv contenant les informations des images extraites et facilitant l'exportation des données dans des logiciels de traitement de corpus d'image, comme Panoptic.
Pellipop est développé par le '''CERES''', '''Centre d’expérimentation en méthodes numériques pour les recherches en Sciences Humaines et Sociales'''. +
'''Persee.fr''' est un portail de diffusion de publications scientifiques, principalement dans le domaine des sciences humaines et sociales mais aussi des sciences de la Terre et de l'environnement. Le portail Persée offre un '''accès libre et gratuit à des collections complètes de publications scientifiques''' (revues, livres, actes de colloques, publications en série, sources primaires, etc.) associé à une gamme d'outils de recherche et d'exploitation.
Persée conduit une politique active de référencement des contenus numérisés afin d’en améliorer la visibilité et l’accès.
*Utilisation systématique de '''standards pour assurer la description et la structuration des métadonnées et des textes''' (METS, MODS, DC, marcXML, MADS, KBART, TEI)
*mise en œuvre de différents protocoles de mise à disposition et d’échange (OAI-PMH, Web services, Sparkl EndPoint).
*Des '''DOI sont systématiquement attribués aux articles''' après déclaration et achat auprès de [https://www.crossref.org/ crossRef].
Des accords existent entre Persée et les principaux éditeurs de bases de données bibliographiques et d’outils de découverte, permettant aux chercheurs d'accéder aux publications diffusées sur le portail Persée à partir des outils que les bibliothèques universitaires mettent à leur disposition. D’autres outils de signalement, à destination des chercheurs ou des professionnels de l’IST, sont également alimentés : [https://reseau-mirabel.info/ Mir@bel] (base de connaissances de revues francophones en SHS), [http://rzblx1.uni-regensburg.de/ezeit/index.phtml?bibid=AAAAA&colors=7&lang=en EZB] (bibliothèque électronique de périodiques), [https://bacon.abes.fr/ Bacon] (BAse de COnaissances Nationale pour la documentation électronique) ou encore [[Isidore]] (plateforme de recherche pour les SHS).
Persée est engagé dans un programme de préservation à long terme des collections numérisées en partenariat avec le [[CINES]]. +
'''Pervasive Systems and Algorithms PERSYVAL-lab''' avait fédéré les sciences du Numérique à Grenoble. Il s’était appuyé sur une communauté de chercheurs et enseignants-chercheurs de 10 laboratoires partenaires couvrant tout le spectre des sciences du Numérique. PERSYVAL-2 élargit les spectres thématique et géographique, et inclue maintenant 12 laboratoires.
Systemes et Algorithmes Pervasifs au confluent des mondes physique et numérique, PERSYVAL-2 a démarré en janvier 2020 pour cinq ans. Son programme scientifique vise à créer des synergies entre thématiques et partenaires autour des défis scientifiques posés par la construction de systèmes cyber-physiques en interaction avec des humains. +
M
'''Plateforme de services et d'analyse en télédetection et imagerie spatiale''', la '''Maison de la Télédétection en Languedoc-Roussillon''' a vocation à accueillir des structures qui œuvrent dans le '''domaine de la télédétection et de l’information spatiale'''. Elle rassemble principalement des équipes appartenant aux organismes de recherche et de formation, AgroParisTech, le Cirad, l’IRD et l’Irstea, installés à Agropolis. Ces équipes sont organisées en deux unités mixtes de recherche, l’UMR TETIS et l’UMR Espace-Dev.
Ces UMR contribuent fortement à l’Equipement d’Excellence [[GEOSUD]] et au Pôle thématique surfaces continentales [[Theia|THEIA]]. Ces projets majeurs permettent de doter le site d’une '''antenne de réception satellite''' reliée directement à une salle de réception satellitaire.
Outre les organismes de recherche et de formation des deux UMR, elle héberge également l’association [https://www.openig.org/ OPenIG] (Occitanie Pyrénées en Intelligence Géomatique) et de jeunes entreprises en développement, leur offrant ainsi un contexte favorable à leurs activités. +
O
'''Plateforme mutualisée de services de traitement des données statistiques et de datascience''', le '''datalab SSP Cloud''' est un service mis en œuvre par l'Institut national de la statistique et des études économiques. Le SSP Cloud est une implémentation du logiciel libre [https://github.com/InseeFrLab/onyxia Onyxia] créé et maintenu par la division innovation et instruction technique de l'Insee. '''L’hébergement du SSP Cloud est assuré par l'Insee'''.
La plateforme propose un datalab destiné aux '''expérimentations de data science sur données ouvertes''' dans lequel les utilisateurs peuvent orchestrer des '''services dédiés à la pratique de la data science''' (environnements de développement, bases de données...). Cette offre de services vise ainsi à familiariser les utilisateurs avec de nouvelles '''méthodes de travail collaboratif mobilisant des langages statistiques open source''' (R, python, Julia...), des technologies de type '''cloud computing''' ainsi qu'à permettre d'expérimenter des '''traitements statistiques innovants'''. Les services proposés sont standards.
Le SSP Cloud permet :
*l'orchestration de formations de data science
*l'accès à des services de data science
*le stockage sécurisé de données
*la gestion de secrets, tels que des clés de chiffrement
*l'accès à un service de gestion de code
*l'orchestration de flux de traitement de données
Un compte utilisateur permet également de se connecter à la plateforme de services de la communauté [https://groupes.mim-libre.fr/ Mutualisation Inter-ministérielle Logiciels Libres] +
H
'''Portail d'accès aux données atmosphériques et astrophysiques issues d'instruments sous ballon'''.
Le centre de données HEMERA offre aux scientifiques un accès libre et gratuit aux données des expériences de données atmosphériques et astrophysiques par ballon ainsi qu'à des produits et outils en liens avec les activités d'observations et de modélisation atmosphériques. Ce centre de données donne accès à deux bases de données :
*Database of Atmospheric balloon data experiments
*Database of Astrophysical balloon data experiments +
E
'''Portail d'accès aux données des chambres de simulation atmosphérique'''.
Le centre de données EUROCHAMP fournit aux scientifiques un accès libre et gratuit aux données issues des expériences de simulation en chambre atmosphérique ainsi qu'à des produits et outils en lien avec les activités d'observations et de modélisation atmosphériques. Ces données, produits et outils sont fournis par EUROCHAMP-2020 ainsi que par les partenaires d'EUROCHAMP-1 et -2. Ce centre de données donne accès à trois bases de données :
*Database of Atmospheric Simulation Chamber Studies (DASCS)
*Library of Analytical Resources (LAR)
*Library of Advanced Data Products (LADP) +
'''Portail de services et de données''' '''exoplanet.eu''' de l’'''Encyclopédie des Planètes Extrasolaires''' comprend - une base de données des exoplanètes connues (6700 confirmées et candidates) - une bibliographie associée (20500 titres) - les colloques liés à la thématique - les instruments sol/espace ou programmes associés - des liens vers les principaux sites du domaine - des outils de visualisation et d’analyse (diagrammes, observabilité, stabilité des systèmes..).
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +
P
'''Pratinada''' (« écho » en sanscrit) est un portail, accessible dans neuf langues (thaï, lao, khmer, vietnamien, indonésien, filipino, tetun, anglais et français), regroupe plusieurs fonds méconnus d’'''archives musicales et sonores d’Asie du Sud-Est conservés en Europe''' (plus de 7 000 fichiers sonores originaires de treize pays). Ces derniers sont désormais rendus accessibles au monde entier, et notamment aux populations d’Asie du Sud-Est. Il apporte ainsi une visibilité internationale aux données sonores de la recherche.
Il permet d’'''affiner ses recherches dans la base de données grâce à des filtres géo-culturels, archivistiques, techniques et juridiques''' mais aussi d’'''agréger selon un même modèle de métadonnées plusieurs collections issues de trois pays d’Europe''' (France, Pays-Bas, Royaume Uni), dont les lecteurs web-audio étaient différents.
Ce projet, fruit d’un partenariat avec les universités d’Amsterdam (UvA) et de Londres (SOAS, BBC), a bénéficié du soutien de l'Union européenne dans le cadre du programme JPI-Cultural Heritage (DeCoSEAS - Decolonizing Southeast Asian Sound Archives, 2021-2025).
Le site web a été réalisé en étroite concertation avec des partenaires d’Asie du Sud-Est dont certains souhaitent contribuer à l’enrichissement des collections existantes. Ce projet a ainsi '''favorisé un dialogue autour de la décolonisation, notamment sur la restitution des données aux sociétés concernées'''. Dans le cadre du projet, une déclaration (The Joint Declaration, 2022) a été rédigée pour exprimer l’importance de '''repenser la gestion des archives sonores issues de la période coloniale en donnant une responsabilité aux sociétés d’où viennent ces archives'''. +
'''ProFI''' - '''Proteomics French Infrastructure''', est l’infrastructure nationale de '''protéomique''', qui s’appuie les trois principales '''plateformes protéomiques françaises''' (Grenoble, Strasbourg et Toulouse). Ses missions s’articulent autour de 3 axes :
* La structuration et l’analyse des données de spectrométrie de masse par une infrastructure logicielle commune
* La structuration et l’analyse des données de spectrométrie de masse par une infrastructure logicielle commune
* L’analyse protéomique quantitative d’échantillons biologiques
* L’analyse ciblée de biomarqueurs protéiques dans les fluides et tissus biologiques.
ProFi mène également une action de formation destinée à irriguer l'ensemble de la communauté protéomique française ; par exemple pour permettre aux opérateurs des plateformes protéomiques de prendre en mains l'environnement logiciel qui a été développé par l'infrastructure.
ProFI développe les approches de détection et quantification des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles. ProFI offre ses services aux laboratoires académiques et aux industriels, en particulier dans les secteurs pharmaceutique, agroalimentaire et de la bio production.
Une partie des publications issues de projets utilisant l’infrastructure est en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://github.com/profiproteomics. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données [http://www.proteomexchange.org www.proteomexchange.org] +
'''ProfileXpert''' est une plateforme de génomique et microgénomique.
Ses activités se divisent en 3 parties :
* des '''prestations de service en génomique, transcriptomique, épigénomique, régulomique et métagénomique''' principalement par les technologies de séquençage nouvelle génération à destination des laboratoires publics ou privés ou des entreprises
* des projets de recherche et développements en partenariat avec des laboratoires académiques ou des sociétés privées (ANR, FEDER, FUI et projets européens)
* une activité de '''formation'''.
La plateforme est spécialisée dans les '''études de génomique, transcriptomique, épigénomique et métagénomique à partir de microquantités de matériels biologiques'''. Les échantillons peuvent être issus de tri par FACS ou par microdissection laser ou à partir de cellules uniques. La plateforme est également spécialisée dans l’'''analyse d’échantillons dégradés''' (FFPE, tissus infectés désactivés chimiquement ou par la chaleur). +
'''Public-nEUro''' est un '''entrepôt permettant de publier publiquement des données d'imagerie cérébrale''' conformément au règlement général européen sur la protection des données.
Il peut être une alternative à OpenNeuro pour les données humaines qui ne peuvent pas être anonymisées.
Pour les données humaines identifiantes, seules les métadonnées sont accessibles. +
'''PyMoDAQ, « Modular Data Acquisition with Python »''' est un logiciel libre pour l’'''acquisition automatique de données''' en fonction de paramètres expérimentaux multiples.
Il a pour vocation à fournir :
* Une interface complète pour effectuer des '''mesures automatisées ou enregistrer des données''' sans avoir à écrire un utilisateur/interface pour chaque nouvelle expérience
* Divers outils (interfaces utilisateur, classes dédiées à des tâches spécifiques...) pour '''construire facilement une application personnalisée'''.
Conçu pour être utilisé sans qu'il soit nécessaire de programmer, il possède une interface graphique générique pour le contrôle des instruments avec des extensions spécifiques qui lui assurent une grande modularité.
Les données sont sauvegardées suivant un format binaire hiérarchique incluant les métadonnées et compatible avec les '''principes des données FAIR'''. +
Q
'''QDR conserve, stocke, préserve, publie et permet le téléchargement de données numériques générées par des recherches qualitatives et multi-méthodes dans le domaine des sciences sociales'''.
Il développe et diffuse des conseils pour la gestion, le partage, la citation et la réutilisation des données qualitatives, et contribue à la '''création de normes communes''' à cet effet.
Les principaux objectifs de QDR sont de faire du partage des données qualitatives une pratique courante dans les sciences sociales, d''''élargir l'accès aux données des sciences sociales et de renforcer la recherche qualitative et multi-méthodes'''. +