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L’'''UMR AOROC (Archéologie et Philologie d’Orient et d’Occident)''', est le résultat de la fusion de six équipes d’archéologie du CNRS, d’une équipe de philologie de l’ENS, d’une équipe d’égyptologie, et d’une équipe d’humanités numériques de l’EPHE. L’originalité scientifique d’AOROC tient à l’attention particulière portée aussi bien aux '''recherches archéologiques que littéraires'''. Le laboratoire pilote '''25 missions archéologiques''' en Occident comme en Orient. Toutes bénéficient de l’appui des '''pôles techniques''' (archéologie, édition, humanités numériques, communication).
Les '''projets philologiques''' d’AOROC en font l’un des acteurs majeurs de la recherche en lettres classiques. À la croisée des études philologiques, historiques et archéologiques, AOROC poursuit aussi la '''publication d’importants corpus épigraphiques''', dans des langues aussi variées que le linéaire A, les langues italiques pré-romaines, que le latin.
Le '''pôle Humanités Numériques''' apporte son concours aux travaux philologiques en développant des '''techniques de lecture et d’analyse innovantes''' et en rendant accessibles ses résultats sur des '''plateformes en libre accès'''. +
L’'''Assistance publique - Hôpitaux de Marseille''', '''AP-HM''', est un '''centre hospitalier universitaire''' qui regroupe 4 hôpitaux. C’est un service public de santé doté de plusieurs missions : le soin, la formation, la recherche ainsi que la prévention et l’éducation à la santé. +
L’'''Assistance publique - Hôpitaux de Paris''', '''AP-HP''' est '''un centre hospitalier universitaire''' qui regroupe 38 hôpitaux situés sur Paris et l’Ile de France. C’est un service public de santé doté de trois missions : soigner, former, chercher et innover. +
Le '''laboratoire Astroparticules et Cosmologie, APC,''' a été conçu pour rassembler les différentes communautés (expérimentateurs, observateurs et théoriciens) impliquées dans ce domaine. Les recherches portent sur l'expérimentation ou l'observation et l'ensemble des aspects théoriques de la cosmologie et des astroparticules , depuis les fondements de la relativité générale et des théories d'unification, telles que la théorie des cordes et des branes, jusqu'à la compréhension des phénomènes d'accélération cosmique, la phénoménologie des particules cosmiques de haute énergie et la physique des neutrinos. Les simulations numériques sont un outil complémentaire d'analyse des phénomènes complexes, que ce soit l'accrétion-éjection autour des objets compacts que la formation des grandes structures cosmologiques.
Le laboratoire Astroparticules et Cosmologie, APC, est centré autour de 4 thématiques principales : Cosmologie, gravitation, astrophysique de haute énergie et particules. +
Le service '''APIS''', '''Auroral Planetary Imaging and Spectroscopy''', est un '''service de distribution de données de spectro-imagerie aurorale planétaire de l’[[Observatoire de Paris]]'''. Service National d'Observation (SNO) labélisé, APIS propose un accès ouvert et interactif à des '''observations aurorales des planètes et de leurs satellites'''. De telles observations intéressent une large communauté à l’interface entre la planétologie, la physique des magnétosphères planétaires et l’héliophysique.
Plateforme de services et d'accès, APIS consiste en :
*plusieurs bases de données de haut niveau, construites à partir d’observations aurorales planétaires acquises par différents spectro-imageurs UV du télescope spatial Hubble, de la sonde Cassini ou du télescope spatial Hisaki ;
*une interface de recherche dédiée permettant de chercher rapidement et efficacement des données issues de ces bases à l’aide de critère de recherche conditionnels ;
*la possibilité de travailler directement en ligne avec les données retrouvées à l’aide d’outils de lecture d’images ou de spectres de l’Observatoire virtuel (OV), (ALADIN, Cassis, Specview). +
L'unité Mixte de recherche '''ARCHE (Arts, civilisation, histoire de l'Europe)''' a pour vocation de mieux comprendre les sociétés médiévales, modernes et contemporaines en Europe, en se spécialisant en histoire et en histoire de l'art.
Elle organise ses recherches à partir d'un large spectre géographique, d'une approche généralement comparatiste, et d'une insistance sur les '''questions de transferts, de diffusion, d'emprunts, de circulation et de voyages'''. +
'''ARCHITOUL''', la bibliothèque numérique de la Maison des Sciences de l’Homme et de la Société de Toulouse (MSHS-T) '''sauvegarde, valorise et diffuse des fonds d'archives scientifiques''' de chercheurs et chercheuses en Science Humaines et Sociales de la région Occitanie. +
'''ARDoISE''' labellisé "Atelier de la donnée" par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche en juin 2024, porté par l’Université Rennes 2 et l'Université de Rennes, est un '''réseau d'appui qui accompagne les équipes de recherche de toutes disciplines des établissements du site rennais dans la structuration, la gestion et le partage de leurs données, codes sources et logiciels de recherche dans une logique FAIR et tout au long du cycle de vie de la donnée'''.
Constituée de bibliothécaires, documentalistes et ingénieurs de l’université de Rennes, de l'université de Rennes 2, de l’Inserm, de l'INRAE, de l’Inria, et de l'URFIST, la cellule opérationnelle est étoffée de correspondants experts (DPO, archivistes, informaticiens, documentalistes et ingénieurs de laboratoires ou plateformes, correspondants des nœuds thématiques et centre de ressources...). Elle offre un '''guichet unique''' qui répond à vos questions et vous propose un accompagnement au traitement et à la gestion de vos données de recherche dans la perspective du partage et de l'ouverture contrôlée de vos données de recherche.
Depuis 2023, l'Université Rennes 2 dispose d'un espace institutionnel sur l'entrepôt Recherche Data Gouv destiné aux communautés de recherche qui ne disposent pas d'entrepôt disciplinaire reconnu.
La gamme de ses services couvre l’'''ensemble du cycle de la donnée de la sensibilisation à la mise en œuvre''' et s’organise autour de 3 types d’action :
# Simplification d’accès et orientation
# Sensibilisation et formation
# Accompagnement
ARDoISE propose neuf services :
* '''Guichet unique''' vers tous les acteurs de la donnée
* Accompagnement à la '''rédaction de plans de gestion de données'''
* '''Formation et sensibilisation à la gestion FAIR et à l’ouverture des données de la recherche et codes sources et logiciels'''
* '''Accompagnement au dépôt, partage et diffusion des données'''
* Accompagnement à la '''préservation et la sécurisation des données'''
* Conseils juridiques et éthiques
* '''Accompagnement à l’ouverture des codes sources et logiciels'''
* Accompagnement à la reproductibilité de la recherche et à l’utilisation des cahiers de laboratoire électroniques
* Espace recherche dédié aux données de la recherche
Le projet ARDoISE s’est construit en complémentarité avec des « centres de références thématiques » :
* Institut français de bioinformatique : [[GenOuest]]
* Pôle national de données de biodiversité ([[PNDB]])
* Sciences humaines : Maison des sciences de l’homme en Bretagne ([[MSHB]]), liée à [[Huma-Num]]
* Plateforme universitaire des données de Rennes (PUD Rennes), service de la MSHB, membre de [[PROGEDO]],
et du « Centre de ressources » l’[[URFIST de Rennes|URFIST Bretagne Pays de Loire]] membre du GIS URFIST.
ARDoISE a été labellisé '''atelier de la donnée''' par [[Recherche Data Gouv]].
Le '''Consortium-HN ARIANE (Analyses, Recherches, Intelligence Artificielle et Nouvelles Éditions numériques)''' a été labellisé par l'IR* Huma-Num le 18 janvier 2023 pour une période de 4 ans. ARIANE réunit des '''spécialistes du texte (littéraires, linguistes, historiens…) et de l’informatique''' en vue de créer un espace de dialogue véritablement interdisciplinaire entre ces deux communautés.
L’objectif du consortium ARIANE est de progresser dans la connaissance et le raffinement des '''méthodes informatiques appliquées aux objets et données des sciences humaines''' et plus particulièrement, des sciences du texte. Pour cela, le consortium vise à faciliter l’accès de la communauté aux '''algorithmes, scripts et chaînes de traitement qui simplifient la manipulation et l’enrichissement des textes''' et à stimuler la création de nouvelles connaissances à leur sujet et sur leurs contextes.
Les recherches se structurent en 3 axes :
* Éditions numériques de qualité
* Deep reading
* Problématiques transversales +
La '''Maison de l'Orient et de la Méditerranée''' - Jean Pouilloux a initié le service '''ARKéo''' qui permet de '''créer, gérer et mettre à disposition des identifiants uniques et pérennes''' pour les ressources numériques (éventuellement physiques) de ses équipes. Ce projet a été entièrement repris par la plateforme WST (Web Sémantique et Thésauri) pour être diffusé en Opensource au service de la communauté.
La fonctionnalité première de ce service est de fournir aux ressources un identifiant ARK (Archival Resource Key, code alphanumérique ne portant aucune sémantique) qui reste pérenne dans le temps indépendamment des modifications de la ressource elle-même (changement de serveur, d’emplacement au sein d’un serveur).
ARKéo se base sur l'outil OpenARK qui peut héberger plusieurs établissements ayant chacun leur propre identifiant Naan (Name Assigning Authority Number). +
Le laboratoire '''Archéologie, Terre, Histoire et Sociétés''' ('''ARTEHIS''') a pour principal objet d’étude '''les sociétés humaines dans le temps long''', de '''la Préhistoire à nos jours'''. Ses champs de recherche se situent au croisement des sciences humaines et sociales et des sciences de la vie, de la terre et de l’environnement. Ils intéressent l’archéologie, l’histoire, l’histoire de l’art, la géoarchéologie et les sciences de l’environnement. +
'''ARTbio''' est une plateforme de service s’appuyant sur l’outil '''Galaxy''', une plateforme ouverte et collaborative qui intègre un ensemble de '''logiciels d’analyses de données'''. Il permet aux chercheurs qui ont peu de connaissances en bioinformatique de les acquérir et de mener ainsi eux-mêmes leurs analyses. L’objectif est d’amener les chercheurs à réaliser leurs propres analyses, en rendant accessibles les outils dont ils ont besoin, en les aidant à choisir la meilleure stratégie et à identifier les paramètres les plus adaptés à leurs analyses.
Cet objectif est abordé à travers 3 axes:
* '''Services''' (services d'analyse ou de projets collaboratifs, services web en ligne)
* '''Enseignement''' (accompagnement, journées de formation, séminaires, documentation)
* '''Développement''' (outils, workflows, environnements d'analyse, stockage, etc)
L’équipe d’ARTbio développe actuellement un logiciel visant à analyser la présence de nouveaux virus à partir des expériences de séquençages d’ARN. Elle développe également un outil de virtualisation, qui permet à tout utilisateur d’exécuter ses propres codes sans quitter l’environnement Galaxy, ainsi que le logiciel "Galaxy-Kick-Start", qui permet de déployer rapidement des serveurs Galaxy personnalisés et adaptés à chaque projet d'analyse. +
Le laboratoire '''Archéologie des Sociétés Méditerranéennes''' ('''ASM''') a pour thème de recherche '''l’étude des sociétés de la Méditerranée, de la Préhistoire au Moyen Age'''. Des grands monuments emblématiques aux humbles restes de la vie quotidienne, des peintures rupestres aux formes du paysage, des vases à figures aux pollens, des inscriptions lapidaires aux traces agricoles, de la statuaire au paléoenvironnement, toutes les données matérielles des cultures anciennes dans leur milieu sont collectées, classées, hiérarchisées, analysées, comparées, pour apporter leur contribution à l’histoire multimillénaire des Méditerranéens. +
ASPIC est un portail dédié à l’accès aux données à valeurs ajoutées issues d’enquêtes spectroscopiques ou spectro-photométriques publiées et/ou hébergées au Centre de données astrophysiques de Marseille (CeSAM), Laboratoire d’Astrophysique de Marseille (LAM).
L’expertise offerte par ASPIC vise à traiter toute la chaîne de mesure, y compris les mesures de redshift et d’évaluation de la fiabilité, l’accès aux spectres et les données auxiliaires appariées comme la photométrie multibande via un système d’information dédié.
ASPIC délivre les données de grands sondages photo-spectroscopiques, avec accès direct aux catalogues et aux spectres. Archives intégrées de données spectrophotométrques: El COSMOS, MUSE-Wide, VIMOS public extragalactic redshift survey, VIMOS VLT deep survey, VIMOS ultra deep survey, z-COSMOS survey, GAMMA survey, 6dF Galaxy survey. Outils de fouille de données.
En 2023 devrait fusionner avec [[GAZPAR]] pour donner un seul SNO GAZPIC +
'''ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier''' fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.
Expertise :
*'''Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression''' (SAGE)
*'''Assemblage de transcriptome de novo''' (RNA-seq)
*'''Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq'''
*'''Analyse génomique''' : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
*'''Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques'''
Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique +
L'Atilf (Analyse et Traitement Informatique de la Langue Française) est une unité de recherche en linguistique, qui propose différents outils et ressources numériques sur la langue. Elle a notamment créé, en partenariat avec d'autres laboratoires de linguistique, l'entrepôt de données Ortolang. +
'''ATLAS''' est l’un des deux '''détecteurs polyvalents du Grand collisionneur de hadrons (LHC)'''. Il étudie des domaines de physique très variés, de la recherche du boson de Higgs aux dimensions supplémentaires de l’espace-temps, en passant par les particules qui pourraient former la matière noire.
Les faisceaux de particules du LHC entrent en collision au centre du détecteur ATLAS. Les débris de collision ainsi produits forment de nouvelles particules, qui émergent du point de collision dans toutes les directions. Six sous-systèmes de détection différents disposés en couches autour du point de collision enregistrent la trajectoire, l’impulsion et l’énergie des particules, ce qui permet d'identifier chacune d'elles. Un énorme système d’aimants permet d’incurver la trajectoire des particules et, ainsi, de mesurer leur impulsion.
Les interactions produites dans les détecteurs d’ATLAS créent un énorme flux de données. Pour assimiler ces données, ATLAS utilise un système de « déclenchement » de pointe, qui indique au détecteur les événements devant être enregistrés et ceux devant être ignorés. Des systèmes complexes d’acquisition de données et de calcul sont ensuite utilisés pour analyser les événements enregistrés. Mesurant 46 m de long, 25 m de haut et 25 m de large, et pesant 7000 tonnes, le détecteur ATLAS est le détecteur de particules le plus volumineux jamais construit. Il se situe dans une caverne, à 100 m sous terre, à proximité du site principal du CERN et de la commune de Meyrin, en Suisse. +
Le '''programme de recherche exploratoire ATLASea''' vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines de la zone économique exclusive française.
Il est structuré en trois Projets Ciblés (PC) qui récapitulent '''le flux de données, de l’océan vers une information digitalisée accessible à tous''' :
* '''DIVE-SEA''' qui concerne '''l’échantillonnage des organismes vivants''' dans le milieu marin, en vue de leur séquençage. Il s’appuie sur un réseau de stations marines et prévoit plusieurs expéditions côtières et en haute mer ;
* '''SEQ-SEA''' qui concerne le '''séquençage des génomes'''. L’ADN sera extrait des '''échantillons au Genoscope, puis séquencé et assemblé en génomes de référence, et enfin annoté''' pour identifier la position des gènes. L’objectif est d’aboutir à des génomes de référence, c'est-à-dire complets.
* '''BYTE-SEA''' qui vise à '''établir l’infrastructure informatique requise pour gérer le flux de données depuis l’échantillonnage jusqu’au versement des données génomique dans le portail ATLASea''' et les dépôts internationaux. Il réalisera également des '''analyses à grande échelle''' pour retracer l’histoire évolutive des génomes et assigner des fonctions aux gènes. Les génomes seront finalement '''stockés dans des bases de données ouvertes et accessibles''' à la communauté internationale.
Le programme comportera également un important volet formation afin de maintenir le savoir-faire français en termes de séquençage : écoles d’été, workshops, encadrements de doctorants, etc. +
AVISO+ ('''Archiving''', Validation and Interpretation of '''Satellite Oceanographic data''') est issu de la fusion entre le site historique AVISO du CNES et le site du CTOH (Center for Topographic studies of the Ocean and Hydrosphere). AVISO+ archive et distribue '''les données des missions spatiales d'altimétrie''' ainsi que les produits Doris d'orbitographie et de localisation précises. C’est le portail de référence de l'altimétrie qui donne accès à '''des données d’observation''' concernant plusieurs thématiques : '''l’océan''', '''l’hydrologie''' et '''les terres émergées''', '''les zones côtières''', '''la glace et la cryosphère''', '''le climat''', '''l’Atmosphère''' (vent et vagues), '''la géodésie''' et '''la géophysique''', '''la biologie marine'''. AVISO+ fournit des outils d’aide à l’utilisation '''des données altimétriques'''. +
Centre d'expertise de renommée internationale en matière de recherche polaire et marine, l''''Institut Alfred Wegener (AWI)''' est l'une des rares institutions scientifiques au monde à être aussi active dans l'Arctique que dans l'Antarctique. Il coordonne les efforts allemands en matière de '''recherche polaire''', tout en menant des recherches en mer du Nord et dans les régions côtières adjacentes en Allemagne.
Combinant des approches innovantes, une infrastructure de recherche exceptionnelle et des années d'expertise, l'Institut Alfred Wegener explore presque tous les '''aspects du système terrestre, de l'atmosphère au fond des océans'''. +