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A
L'unité Mixte de recherche '''ARCHE (Arts, civilisation, histoire de l'Europe)''' a pour vocation de mieux comprendre les sociétés médiévales, modernes et contemporaines en Europe, en se spécialisant en histoire et en histoire de l'art.
Elle organise ses recherches à partir d'un large spectre géographique, d'une approche généralement comparatiste, et d'une insistance sur les '''questions de transferts, de diffusion, d'emprunts, de circulation et de voyages'''. +
'''ARCHITOUL''', la bibliothèque numérique de la Maison des Sciences de l’Homme et de la Société de Toulouse (MSHS-T) '''sauvegarde, valorise et diffuse des fonds d'archives scientifiques''' de chercheurs et chercheuses en Science Humaines et Sociales de la région Occitanie. +
Le projet '''ARDoISE''', '''Atelier Rennais de la Donnée : Information et Soutien aux Equipes de recherche''', porté par l’Université Rennes 2 et l'Université de Rennes, est un réseau d'échanges dont la cellule opérationnelle accompagne les équipes de recherche de toutes disciplines des établissements du site rennais dans '''la structuration, la gestion et le partage de leurs données''', dans une logique FAIR et tout au long du cycle de vie de la donnée. L'atelier s’appuie sur des services déjà mis en place en commun ou séparément, des projets validés et des travaux en cours : sensibilisation des unités, formations, relecture de plans de gestion de données, conseil juridiques, conseils pour le stockage et le partage, guichets uniques d’établissement comme [[SOcle]] pour l'Université Rennes 2 et le site [[Université de Rennes : Science ouverte|Science ouverte de l'Université de Rennes]].
Les services proposés sont axés sur :
* La formation à la gestion des données de recherche
* La rédaction et relecture des '''plans de gestion de données'''
* L'orientation sur le stockage des données
* La formation au dépôt et au partage de jeux de données
* Le traitement et la '''FAIRisation des données'''
#Le développement de bases de données
#La mise en conformité FAIR des bases de données
#La structuration et le nettoyage de données
#L’anonymisation et la pseudonymisation des données
#La visualisation des données
#La description des données
* '''L'accompagnement juridique''' pour la gestion des données personnelles et sensibles
* La rédaction de '''datapapers'''
* La mise en place de '''cahiers de laboratoire''' électroniques
Le projet ARDoISE s’est construit en complémentarité avec des « centres de références thématiques » :
* Institut français de bioinformatique : [[GenOuest]]
* Pôle national de données de biodiversité ([[PNDB]])
* Sciences humaines : Maison des sciences de l’homme en Bretagne ([[MSHB]]), liée à [[Huma-Num]]
* Plateforme universitaire des données de Rennes (PUD Rennes), service de la MSHB, membre de [[PROGEDO]],
et du « Centre de ressources » l’[[URFIST de Rennes|URFIST Bretagne Pays de Loire]] membre du GIS URFIST.
ARDoISE a été labellisé '''atelier de la donnée''' par [[Recherche Data Gouv]].
Le '''Consortium-HN ARIANE (Analyses, Recherches, Intelligence Artificielle et Nouvelles Éditions numériques)''' a été labellisé par l'IR* Huma-Num le 18 janvier 2023 pour une période de 4 ans. ARIANE réunit des '''spécialistes du texte (littéraires, linguistes, historiens…) et de l’informatique''' en vue de créer un espace de dialogue véritablement interdisciplinaire entre ces deux communautés.
L’objectif du consortium ARIANE est de progresser dans la connaissance et le raffinement des '''méthodes informatiques appliquées aux objets et données des sciences humaines''' et plus particulièrement, des sciences du texte. Pour cela, le consortium vise à faciliter l’accès de la communauté aux '''algorithmes, scripts et chaînes de traitement qui simplifient la manipulation et l’enrichissement des textes''' et à stimuler la création de nouvelles connaissances à leur sujet et sur leurs contextes.
Les recherches se structurent en 3 axes :
* Éditions numériques de qualité
* Deep reading
* Problématiques transversales +
La '''Maison de l'Orient et de la Méditerranée''' - Jean Pouilloux a initié le service '''ARKéo''' qui permet de '''créer, gérer et mettre à disposition des identifiants uniques et pérennes''' pour les ressources numériques (éventuellement physiques) de ses équipes. Ce projet a été entièrement repris par la plateforme WST (Web Sémantique et Thésauri) pour être diffusé en Opensource au service de la communauté.
La fonctionnalité première de ce service est de fournir aux ressources un identifiant ARK (Archival Resource Key, code alphanumérique ne portant aucune sémantique) qui reste pérenne dans le temps indépendamment des modifications de la ressource elle-même (changement de serveur, d’emplacement au sein d’un serveur).
ARKéo se base sur l'outil OpenARK qui peut héberger plusieurs établissements ayant chacun leur propre identifiant Naan (Name Assigning Authority Number). +
Le laboratoire '''Archéologie, Terre, Histoire et Sociétés''' ('''ARTEHIS''') a pour principal objet d’étude '''les sociétés humaines dans le temps long''', de '''la Préhistoire à nos jours'''. Ses champs de recherche se situent au croisement des sciences humaines et sociales et des sciences de la vie, de la terre et de l’environnement. Ils intéressent l’archéologie, l’histoire, l’histoire de l’art, la géoarchéologie et les sciences de l’environnement. +
'''ARTbio''' est une plateforme de service s’appuyant sur l’outil '''Galaxy''', une plateforme ouverte et collaborative qui intègre un ensemble de '''logiciels d’analyses de données'''. Il permet aux chercheurs qui ont peu de connaissances en bioinformatique de les acquérir et de mener ainsi eux-mêmes leurs analyses. L’objectif est d’amener les chercheurs à réaliser leurs propres analyses, en rendant accessibles les outils dont ils ont besoin, en les aidant à choisir la meilleure stratégie et à identifier les paramètres les plus adaptés à leurs analyses.
Cet objectif est abordé à travers 3 axes:
* '''Services''' (services d'analyse ou de projets collaboratifs, services web en ligne)
* '''Enseignement''' (accompagnement, journées de formation, séminaires, documentation)
* '''Développement''' (outils, workflows, environnements d'analyse, stockage, etc)
L’équipe d’ARTbio développe actuellement un logiciel visant à analyser la présence de nouveaux virus à partir des expériences de séquençages d’ARN. Elle développe également un outil de virtualisation, qui permet à tout utilisateur d’exécuter ses propres codes sans quitter l’environnement Galaxy, ainsi que le logiciel "Galaxy-Kick-Start", qui permet de déployer rapidement des serveurs Galaxy personnalisés et adaptés à chaque projet d'analyse. +
Le laboratoire '''Archéologie des Sociétés Méditerranéennes''' ('''ASM''') a pour thème de recherche '''l’étude des sociétés de la Méditerranée, de la Préhistoire au Moyen Age'''. Des grands monuments emblématiques aux humbles restes de la vie quotidienne, des peintures rupestres aux formes du paysage, des vases à figures aux pollens, des inscriptions lapidaires aux traces agricoles, de la statuaire au paléoenvironnement, toutes les données matérielles des cultures anciennes dans leur milieu sont collectées, classées, hiérarchisées, analysées, comparées, pour apporter leur contribution à l’histoire multimillénaire des Méditerranéens. +
ASPIC est un portail dédié à l’accès aux données à valeurs ajoutées issues d’enquêtes spectroscopiques ou spectro-photométriques publiées et/ou hébergées au Centre de données astrophysiques de Marseille (CeSAM), Laboratoire d’Astrophysique de Marseille (LAM).
L’expertise offerte par ASPIC vise à traiter toute la chaîne de mesure, y compris les mesures de redshift et d’évaluation de la fiabilité, l’accès aux spectres et les données auxiliaires appariées comme la photométrie multibande via un système d’information dédié.
ASPIC délivre les données de grands sondages photo-spectroscopiques, avec accès direct aux catalogues et aux spectres. Archives intégrées de données spectrophotométrques: El COSMOS, MUSE-Wide, VIMOS public extragalactic redshift survey, VIMOS VLT deep survey, VIMOS ultra deep survey, z-COSMOS survey, GAMMA survey, 6dF Galaxy survey. Outils de fouille de données.
En 2023 devrait fusionner avec [[GAZPAR]] pour donner un seul SNO GAZPIC +
ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.
Expertise :
*Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression (SAGE)
*Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
*Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq
*Analyse génomique : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
*Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques
Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique +
L'Atilf (Analyse et Traitement Informatique de la Langue Française) est une unité de recherche en linguistique, qui propose différents outils et ressources numériques sur la langue. Elle a notamment créé, en partenariat avec d'autres laboratoires de linguistique, l'entrepôt de données Ortolang. +
'''ATLAS''' est l’un des deux '''détecteurs polyvalents du Grand collisionneur de hadrons (LHC)'''. Il étudie des domaines de physique très variés, de la recherche du boson de Higgs aux dimensions supplémentaires de l’espace-temps, en passant par les particules qui pourraient former la matière noire.
Les faisceaux de particules du LHC entrent en collision au centre du détecteur ATLAS. Les débris de collision ainsi produits forment de nouvelles particules, qui émergent du point de collision dans toutes les directions. Six sous-systèmes de détection différents disposés en couches autour du point de collision enregistrent la trajectoire, l’impulsion et l’énergie des particules, ce qui permet d'identifier chacune d'elles. Un énorme système d’aimants permet d’incurver la trajectoire des particules et, ainsi, de mesurer leur impulsion.
Les interactions produites dans les détecteurs d’ATLAS créent un énorme flux de données. Pour assimiler ces données, ATLAS utilise un système de « déclenchement » de pointe, qui indique au détecteur les événements devant être enregistrés et ceux devant être ignorés. Des systèmes complexes d’acquisition de données et de calcul sont ensuite utilisés pour analyser les événements enregistrés. Mesurant 46 m de long, 25 m de haut et 25 m de large, et pesant 7000 tonnes, le détecteur ATLAS est le détecteur de particules le plus volumineux jamais construit. Il se situe dans une caverne, à 100 m sous terre, à proximité du site principal du CERN et de la commune de Meyrin, en Suisse. +
Le '''programme de recherche exploratoire ATLASea''' vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines de la zone économique exclusive française.
Il est structuré en trois Projets Ciblés (PC) qui récapitulent '''le flux de données, de l’océan vers une information digitalisée accessible à tous''' :
* '''DIVE-SEA''' qui concerne '''l’échantillonnage des organismes vivants''' dans le milieu marin, en vue de leur séquençage. Il s’appuie sur un réseau de stations marines et prévoit plusieurs expéditions côtières et en haute mer ;
* '''SEQ-SEA''' qui concerne le '''séquençage des génomes'''. L’ADN sera extrait des '''échantillons au Genoscope, puis séquencé et assemblé en génomes de référence, et enfin annoté''' pour identifier la position des gènes. L’objectif est d’aboutir à des génomes de référence, c'est-à-dire complets.
* '''BYTE-SEA''' qui vise à '''établir l’infrastructure informatique requise pour gérer le flux de données depuis l’échantillonnage jusqu’au versement des données génomique dans le portail ATLASea''' et les dépôts internationaux. Il réalisera également des '''analyses à grande échelle''' pour retracer l’histoire évolutive des génomes et assigner des fonctions aux gènes. Les génomes seront finalement '''stockés dans des bases de données ouvertes et accessibles''' à la communauté internationale.
Le programme comportera également un important volet formation afin de maintenir le savoir-faire français en termes de séquençage : écoles d’été, workshops, encadrements de doctorants, etc. +
AVISO+ ('''Archiving''', Validation and Interpretation of '''Satellite Oceanographic data''') est issu de la fusion entre le site historique AVISO du CNES et le site du CTOH (Center for Topographic studies of the Ocean and Hydrosphere). AVISO+ archive et distribue '''les données des missions spatiales d'altimétrie''' ainsi que les produits Doris d'orbitographie et de localisation précises. C’est le portail de référence de l'altimétrie qui donne accès à '''des données d’observation''' concernant plusieurs thématiques : '''l’océan''', '''l’hydrologie''' et '''les terres émergées''', '''les zones côtières''', '''la glace et la cryosphère''', '''le climat''', '''l’Atmosphère''' (vent et vagues), '''la géodésie''' et '''la géophysique''', '''la biologie marine'''. AVISO+ fournit des outils d’aide à l’utilisation '''des données altimétriques'''. +
Centre d'expertise de renommée internationale en matière de recherche polaire et marine, l''''Institut Alfred Wegener (AWI)''' est l'une des rares institutions scientifiques au monde à être aussi active dans l'Arctique que dans l'Antarctique. Il coordonne les efforts allemands en matière de '''recherche polaire''', tout en menant des recherches en mer du Nord et dans les régions côtières adjacentes en Allemagne.
Combinant des approches innovantes, une infrastructure de recherche exceptionnelle et des années d'expertise, l'Institut Alfred Wegener explore presque tous les '''aspects du système terrestre, de l'atmosphère au fond des océans'''. +
L''''Adisp, Archives de Données Issues de la Statistique Publique''' diffuse des enquêtes et bases de données produites par la statistique publique afin de développer l'usage des données statistiques dans les sciences sociales. L'Adisp a constitué un fonds de grandes enquêtes et de bases de données intéressant les sciences sociales et continue de l'alimenter grâce à des conventions signées avec l'INSEE, plusieurs services statistiques ministériels et des institutions publiques. L'Adisp apporte également des conseils sur la recherche et l'utilisation des données.
Le catalogue est constitué d'enquêtes ponctuelles ou régulières, données de recensement, données de panel, extraits de fichiers administratifs, données localisées selon un maillage très fin du territoire, données représentatives au niveau national, données récentes ou historiques, etc. Il s'accroit régulièrement grâce à l'acquisition de nouvelles données et par la recherche et la restauration d'enquêtes anciennes.
Par l'intermédiaire de l'Adisp, la communauté scientifique peut également avoir accès à différents produits à façon :
*des Produits Sur Mesure (PSM) sur plus de 20 sources différentes de données de l'INSEE : recensements, état civil, revenus, emploi, entreprises...
*des projections de population à moyen/long terme sur tout territoire supracommunal de plus de 50 000 habitants à partir de l’outil Omphale
*des tableaux agrégés prédéfinis sur les hôtels et les campings
L'équipe de l'Adisp assure la collecte, le traitement, la documentation et la mise à disposition des données. +
'''Adonis''' ( '''Acquisition de DONnées à l'Inra''') est un un '''logiciel d’acquisition de données''' développé et déployé à l'INRAE. Il intègre des '''fonctionnalités d'aide à la saisie des observations et des mesures réalisées dans les dispositifs d’expérimentation végétale''' (serre, champ, verger, forêt, ...). Adonis permet l’acquisition et la structuration des données sur le terrain, dans le cadre d’expérimentations végétales. Son utilisation fiabilise les saisies et assure leur traçabilité. Les données et l’ensemble des informations relatives à leur acquisition sont centralisés et peuvent être organisés selon des nomenclatures mutualisées pour faciliter les échanges dans les réseaux d’expérimentations.
L'application permet de réaliser :
*la conception de l’expérimentation et l’organisation de la saisie au bureau,
*la saisie des données et métadonnées sur le terrain à l’aide d’ordinateur (portables, tablettes, ...),
*la réintégration de ces données au bureau.
Le logiciel Adonis intègre naturellement des fonctionnalités permettant de répondre aux deux critères essentiels de la démarche qualité, à savoir la fiabilité des données produites et la traçabilité de l’activité expérimentale.
Il se compose de 2 utilitaires : Adonis bureau et Adonis terrain.
Le projet Adonis est piloté par la CNUE (Commission Nationale des Unités Expérimentales), en partenariat avec les Départements AgroEcoSystem (Agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes ), ECODIV (Ecologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques), BAP (Biologie et Amélioration des Plantes) et SPE (Santé des Plantes et Environnement) ainsi que la DSI (Direction du Système d'Information). +
Infrastructure nationale, Aeris, le « '''Pôle de données et services atmosphère''' » a pour objectif général de '''faciliter et de valoriser l’utilisation des données atmosphériques''' qu’elles soient issues de satellites, moyens sols, avions, ou ballons. Pour cela, le pôle génère des produits à partir des observations, mais également de nombreux '''services d’aide à l’utilisation des données''', d’'''aide aux campagnes''', ou d’'''interface avec les modèles'''.
Il est constitué autour de quatre centres ou services de données qui sont définis comme ayant les moyens de gestion collective des données, '''[[ICARE]]''', '''[[ESPRI]]''', le '''[[SATMOS]]''' et le '''[[SEDOO]]'''. À cela s’ajoute des laboratoires, des réseaux de laboratoires ou des centres d’expertise, éléments indispensables d’un pôle de données pour les développements algorithmiques et les prototypages.
Le portail du Pôle de données et services atmosphère Aeris a pour objectif de '''rendre accessible les données atmosphériques à une large communauté''', que cela soit pour des activités de recherche ou des applications commerciales.
Aeris assure des activités de :
*Collecte, traitement, stockage, diffusion des données
*Développement d’outils de visualisation et d’analyse
*Développement d'applications web d'accès aux données
*Développement de chaînes de traitement opérationnelles
*Standardisation des données et métadonnées
*Attribution de DOI
*Assistance aux utilisateurs et mise à disposition de moyens matériels +
L''''Association française pour l'information géographique''', '''AFIGéO''', est une association loi de 1901 française de professionnels de l'information géographique. L’AFIGEO fédère l’écosystème français de la '''donnée géographique'''. Interface entre les experts publics, privés et académiques et les institutions, l’association accompagne la croissance du secteur en France et à l’international. Ses adhérents, individuels, personnes morales publiques et privées, bénéficient d’informations de premier choix sur l’actualité sectorielle et sur la vie et les actions de l’association.
L'association est structurée autour de 3 pôles :
*Le '''Pôle Entreprises – Industries''' œuvre pour le développement du marché de l’information géographique et regroupe plus de 80 entreprises représentatives du secteur (éditeurs de logiciels, sociétés de services ou de conseil, bureaux d’études, consultants, etc.). Il anime plusieurs groupes d’intérêt, dont le GT Open Data, et organise des rencontres professionnelles.
*Le '''Pôle Formation - Recherche''' regroupe les professionnels de la géomatique concernés par les questions de formation et de recherche (formateurs et responsables de formations, employeurs, consultants, chercheurs, associations d'anciens élèves...). Les actions du pôle visent à promouvoir les formations en géomatique et à contribuer à leur lisibilité et à leur adéquation aux attentes des employeurs.
*Le '''Pôle Usages - Utilisateurs''' rassemble des collectivités territoriales, des services de l'Etat, des têtes de réseau « métier », des utilisateurs de l’information géographique, etc. Il vise à analyser les besoins de ces acteurs, à promouvoir leurs usages et leurs métiers, à mettre en réseau et animer des communautés thématiques, à mener des actions collectives tout en portant un discours politique.
L'AFIGEO publie le catalogue des infrastructures de données géographiques françaies, des guides pratiques et des retours d'expériences en matière d'information géographique et d'open data, de géomatique...
Le '''PEPR Agroécologie et Numérique''' a pour objectif de promouvoir l’agroécologie en mobilisant le numérique au travers de recherches permettant de proposer et développer des innovations responsables.
Quatre axes scientifiques ont été définis et constituent les lignes scientifiques majeures du programme :
* Façonner un socio-écosystème propice à une recherche et innovation responsables;
* Caractériser les ressources génétiques pour évaluer leur potentiel pour l'agroécologie;
* Concevoir de nouvelles générations d'équipements agricoles;
* Développer des outils et des méthodes numériques pour le traitement des données et la modélisation en agriculture, pour les agroéquipements et pour l’aide à la décision.
Les attendus sont de :
* Favoriser le développement d'un écosystème d'innovation propice à l’attractivité et au renouvellement des métiers de l’agriculture;
* Favoriser les interactions avec les acteurs de l'ensemble de la chaîne de valeur afin de promouvoir une trajectoire sociétale et économique qui accompagne positivement la transition agroécologique;
* Contribuer à former et à attirer de jeunes scientifiques qui renouvelleront et augmenteront les forces de travail sur l'agroécologie et le numérique dans les années à venir. +