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Cette propriété est de type Texte.
M
La médiathèque « La science ouverte au CNRS » mise à disposition par la Direction des données ouvertes de la recherche (DDOR) propose la diffusion de vidéos, de podcasts et d'articles de synthèse sur les enjeux de science ouverte au CNRS. Cette chaine Canal U : La science ouverte au CNRS s’adresse aux communautés scientifiques pour découvrir ou redécouvrir les recommandations du CNRS et partager les bonnes pratiques autour de l’écosystème de la science ouverte. +
G
La plate-forme '''GenOuest''' offre l'accès à un '''environnement bio-informatique complet''' combinant :
*une '''infrastructure''' bioinformatique matérielle et logicielle (reposant sur un cluster et un cloud);
*le développement d’applications bioinformatiques (environnements, interfaces, bases de données publiques, outils et chaînes de traitements,…) ;
* une '''expertise''' et une consultance (les scientifiques peuvent bénéficier d’une expertise pour l’analyse de leurs données ou pour l’élaboration de stratégies d’analyse bioinformatiques) ;
*des '''formations''' ;
*de l’hébergement scientifique (les utilisateurs peuvent mettre en place de nouvelles ressources et/ou valoriser leurs travaux scientifiques grâce à la mise en place de sites ou applications web).
Cet environnement de calcul est exploitable de diverses façons : cluster, cloud privé, portail web. La plateforme s’intéresse particulièrement aux nouvelles modalités de calcul (virtualisation, cloud computing, portails de calcul) ainsi qu’à la gestion des données et des métadonnées en Biologie.
Grâce au projet [[CeSGO]], GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et données scientifiques. GenOuest assure également le transfert technologique des nouveaux outils issus de la recherche en bio- informatique de l'Institut dont elle dépend.
Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique +
A
La plateforme '''Atlantic Bio GMP''' de '''l’Établissement Français du Sang''' ('''EFS''') accompagne les équipes de recherche françaises et internationales tout au long de '''leurs essais cliniques''', en proposant une gamme complète de services : production de '''médicaments de thérapie innovante (MTI) en thérapie cellulaire et thérapie génique''', contrôles qualité, prestations de conseil.
La plateforme met à disposition son expertise scientifique, technique et règlementaire. +
B
La plateforme '''BIO2M (Bio-Informatique et Bio-Marqueurs)''' est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide des données NGS à grande échelle. Elle propose une expertise des méthodes d’'''analyse des données de séquençage haut-débit''' (NGS). Son champ d’application est la recherche de '''biomarqueurs en santé humaine'''.
Elle est composée de spécialistes de l'algorithme textuel qui se concentrent sur la conception de nouveaux outils et de nouvelles structures pour l''''analyse de l'ARN-Seq'''.
La plateforme propose les services suivants :
* '''NGS'''
# Conception et design de projets de séquençage haut-débit
# Conception de pipelines
* '''Analyse des données DNA-Seq'''
# Recherche de mutations : CracTools, Hisat2/Freebayes
* '''Analyse des données RNA-Seq'''
# Vérification de la qualité des données : FastqC, Kmertool
# Alignement sur génome de référence : CRAC, STAR, Hisat2
# Analyses d’expression différentielle avec approche par k-mers : DE-kupl, CountTags
# Analyse d’expression différentielle de gènes : Kallisto, SLEUTH, DE-SEq2, EdgeR
# Recherche d’ARN et gènes de fusion : ChimCT
# Reconstruction de transcrits incluant les ARN non codants : Stringtie
Des formations sont également proposées :
* Formations courtes pour les biologistes et les bio-informaticiens (3-4 jours).
* Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes. +
La plateforme '''Biodiversité et Biotechnologies marines « Bio2Mar »''', est une '''plateforme régionale labellisée GEPETO''' (Grand équipement pour l'évolution technologique et l'ouverture scientifique) par la région Occitanie Pyrénées Méditerranée.
Cette plateforme créée en 2010 offre aux chercheurs des secteurs public et privé une expertise et une technologie de pointe en matière de recherche sur la '''biodiversité marine''' et les '''biotechnologies bleues''' avec une position stratégique sur le littoral méditerranéen.
Bio2Mar offre une chaine de développement complète allant de l'isolement d'organismes marins, leur identification, la production de biomasse, et la purification et caractérisation structurale des biomolécules d'intérêt. La plateforme s'appuie sur des expertises multidisciplinaires et interdépendantes en '''microbiologie''', '''biologie moléculaire''' et '''chimie''' permettant la valorisation de la biodiversité marine avec notamment la valorisation de la diversité chimique issue de cette biodiversité.
Ces approches multidisciplinaires interviennent dans plusieurs domaines de développement pour la santé et le bien être humain, et l'environnement. Bio2Mar a pour vocation le développement en biotechnologie bleue. Les équipements et les expertises de la plateforme peuvent aussi contribuer aux activités de recherche dans différents domaines tels que la '''qualité de l'environnement''', l''''aquaculture''', l''''écologie microbienne''' et l''''écologie chimique'''.
Bio2Mar compte quatre plateaux techniques spécialisés et localisés sur deux sites géographiques.
La Fédération de Recherche à l'Observatoire Océanologique de Banyuls héberge trois des quatre plateaux techniques :
* Plateau de '''Biodiversité et Biologie Moléculaire'''
* Plateau de '''Microbiologie et Culture'''
* Plateau de '''Biomolécules et Chimie Environnementale'''.
Le [[CRIOBE|Centre de Recherches Insulaires et Observatoire de l'Environnement]] à l'[[Université de Perpignan Via Domitia|Université de Perpignan]] (UPVD-CRIOBE) héberge le plateau technique '''Métabolites Secondaires, Xénobiotiques et Métabolomique''' (MSXM).
La plateforme '''Biomics''' est une structure appartenant au Centre de Ressources et Recherche Technologiques (C2RT) de l’Institut Pasteur. La mission de la plateforme Biomics est de faciliter la découverte scientifique au sein du réseau de l'Institut Pasteur et des instituts de recherche académiques en fournissant des '''solutions d'analyse et de stockage de données aux chercheurs'''. Elle est dédiée au '''séquençage de nouvelle génération''' et propose des technologies de '''séquençage long-read et short-read'''.
Services proposés par la plateforme :
* '''Technologie''' : Short-Reads (Illumina), Long-Reads (PacBio et Nanopore)
* '''DNA-Seq''' : Séquençage de novo et ciblé
* '''RNA-Seq''' : Analyse transcriptionnelle
* '''Métagénomique''' : Études par séquençage ciblé (16S, 18S, ITS) ou aléatoire (Shotgun)
* '''Bioinformatique''' : Analyse de données de séquençage (Variant, Assemblage, études de méthylation…) +
La plateforme '''Bionformatics&Genetics (B&G)''' a pour vocation d'analyser de nombreuses variations identifiées lors du séquençage des gènes. Elle a acquis des ressources uniques pour permettre le développement efficace de '''systèmes bioinformatiques'''.
Afin d'identifier les '''mutations causales''', en particulier s'il s'agit de mutations faux-sens ou de substitutions nulles qui n'affectent que l'ARNm, l'équipe a développé deux outils :
* '''UMD-Predictor®''' pour prédire la pathogénicité des mutations faux-sens
* '''Human Splicing Finder® (HSF)''' pour identifier les signaux d'épissage et évaluer l'impact des mutations sur l'épissage
Le '''système de séquençage à haut débit de l'UMD''' (UMD-HTS®) qui intègre les algorithmes de l'UMD-Predictor® et du HSF® afin de permettre une sélection rapide des variations d'intérêt à partir d'expériences de séquençage à grande échelle est en cours de développement.
La plateforme a également développé :
* Des '''bases de données spécifiques aux locus''' (LSDB) en utilisant le système Universal Mutation Database (UMD) avec la création de 20 nouvelles LSDB
* Des '''registres de patients''', notamment le registre international des dysferlinopathies, l'observatoire français des patients atteints de la FSHMD, le registre français des maladies de Marfan et apparentées (accès restreint). Elle en assure également la conservation et l’hébergement. +
C
La plateforme '''C2I OrgA''' du laboratoire CARMeN est une plateforme '''pluridisciplinaire'''. On retrouve de la synthèse de composés tels que les hétérocycles, les hétéroéléments, et les sondes fluorescentes, en catalyse et en glycochimie. En analyse, les travaux se focalisent sur l'examen de matrices complexes, l'analyse de traces, la cartographie moléculaire, ainsi que les approches métabolomiques, pétroléomiques et plantomiques. Ces capacités sont notamment mises en œuvres sur des matériaux, dans les domaines pharmaceutique, environnemental, cosmétique, agroalimentaire, ou encore énergétique.<br>
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
I
La plateforme '''CAP''' de l’Institut de chimie et des matériaux Paris-Est se spécialise dans la '''préparation''', l''''isolation''' et la '''caractérisation''' de cibles sur des '''matrices biologiques, organiques et végétales'''. Les activités de la plateforme incluent l'utilisation de techniques de chromatographie pour la purification, la caractérisation et la quantification des molécules organiques. En outre, la plateforme propose des services de dosage et de spectrométrie de masse pour une analyse précise et détaillée. Ces outils permettent d'obtenir des informations cruciales sur la composition et les propriétés des molécules organiques.<br>
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
C
La plateforme '''CIMEX''' ('''Centre Interdisciplinaire de microscopie électronique de l’École polytechnique''') est structurée autour de trois pôles : '''biologie-santé''', '''nanomatériaux''', '''stockage de l’énergie'''.
Le CIMEX met à disposition des laboratoires de l’École polytechnique et du plateau de Saclay, '''des outils de pointe de préparation et de caractérisation d’échantillons en microscopie électronique'''. Ces instruments visent à améliorer la connaissance de la structure, la morphologie et la composition chimique des matériaux à l'échelle atomique et quasi-atomique.
Le CIMEX dispose du :
* '''Microscope électronique en transmission environnemental''' '''Titan ETEM 300 G2''' « '''NanoMAX''' » à ultra-haute résolution qui permet l’observation in situ et en temps réel de l’élaboration de nano-cristaux (nanofils métalliques ou semi-conducteurs, nanotubes de carbone…). Il permet de comprendre à l’échelle atomique, les mécanismes qui gouvernent leur croissance.
* '''Microscope polyvalent Titan Themis 300 G3''' « '''Nan'eau''' » qui convient aux besoins quotidiens de caractérisation et d'imagerie pour les physiciens, chimistes et biologistes de l'École polytechnique.
La plateforme CIMEX participe au réseau METSA (Microscopie Electronique en Transmission et Sonde Atomique). +
E
La plateforme '''EvryRNA''' est un serveur web fournissant divers algorithmes et outils bioinformatiques dédiés à la '''prédiction et à l'analyse des ARN non codants''' (ARNnc). Leur étude permet de mieux comprendre le fonctionnement des organismes vivants, notamment la différenciation et la prolifération cellulaire, mais aussi d'envisager de nouvelles approches thérapeutiques pour les maladies génétiques et le cancer.
Elle comprend de nombreux '''logiciels bioinformatiques''' pour la prédiction de la structure secondaire des ARN et l'identification et la prédiction des ARNnc, y compris les petits ARN (microARN, piARN, etc.) dans les séquences génomiques à grande échelle. Ils ont la particularité, par rapport à l'état de l'art, de la rapidité, permettant des '''analyses à grande échelle''', en plus de l'efficacité des prédictions. +
G
La plateforme '''GISMO''' est localisée au sein de l'UMR Biogéosciences à l'[[Université Bourgogne Europe]]. Elle offre différentes prestations pour '''soutenir la recherche''' dans différents domaines comme les géosciences et les sciences de l'environnement.
GISMO bénéficie de plusieurs équipements permettant la préparation d'échantillons et l'analyses dans quatre secteurs :
* la géochimie isotopique et élémentaire
* la diffraction RX des matériaux naturels
* l'imagerie
* les marqueurs moléculaires +
M
La plateforme '''MO2VING''' est spécialisée dans la '''caractérisation moléculaire''' des '''biomolécules''' et l''''imagerie biologique''', allant de la cellule au petit animal.
Elle propose des services de RMN et de spectroscopie de masse pour la caractérisation de petites molécules et de protéines, la détermination de structures, l’étude de la dynamique et des interactions protéine-ligand, la protéomique et la métabolomique. Des services de cytométrie en flux et d’imagerie cellulaire (microscopie champ large et confocale) sont disponibles pour l’immunophénotypage, la migration cellulaire et l’imagerie intracellulaire. Des techniques d’imagerie préclinique (IRM, TEMP, optique, échographie) permettent d’explorer les processus biologiques et de suivre les molécules thérapeutiques et agents d’imagerie dans l’étude de nouvelles thérapies.
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
La plateforme '''MSH Alpes: Humanités numériques''' a pour objectif de '''faciliter l’accès aux Humanités Numériques ou d’aider à en approfondir la pratique'''.
Ses actions se déclinent selon plusieurs modalités :
* '''Formation'''
Les Formations-Ateliers « Ouverture numérique » ont pour objectifs sont de former aux humanités numériques pour permettre :
* L’autonomie sur certaines phases des projets en HN ;
* Une meilleure connaissance de l’informatique ;
* Une meilleure compréhension de l’enjeu numérique dans un projet ;
* Une capacité à exploiter le numérique au service de son projet scientifique.
* '''Information'''
Elle se positionne comme un relai d’information en effectuant une veille régulière sur les instances et services numériques, en se présentant comme un contact privilégié et un centralisateur d’information et en effectuant des actions de diffusion auprès de la communauté scientifique locale.
* '''Structuration'''
Elle participe à des actions de structuration des services en HN au niveau local : accès à des espaces de formation, accès des services numériques, accès à des compétences. +
La plateforme '''MagCryo''' de l’Institut Jean Lamour possède des équipements servant à l'analyse du '''magnétisme''' à des températures cryogéniques. Elle est spécialisée en magnétométrie et mesure magnétique, et trouve des applications dans la physique, la géoscience, la biologie et l’électronique, en offrant des informations sur les propriétés magnétiques des matériaux.
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
La plateforme '''Multi-Engineering Platform (MEP)''' a été créée pour fournir une expertise en :
* Traitement d'images
* Bioinformatique
* Optique/biophotonique
* Mécatronique
* Microfluidique
* Gestion de logiciels/de données
* Neurosciences/analyse de données
Les ingénieurs de la plateforme aident et conseillent la communauté CENTURI dans leurs recherches quotidiennes et lors de projets à plus long terme. En organisant des événements et en connectant les différents laboratoires CENTURI, la plateforme espère créer un fort esprit de coopération et faciliter la diffusion d'informations entre les équipes et la plateforme. +
P
La plateforme '''POUNT''', '''Plateforme OUverte Numérique Transdisciplinaire''', est développé par l'Université de Strasbourg en tant qu'écosystème libre, modulaire et interopérable de '''description et de visualisation des données''' issues de projets de recherche.
Afin de s'inscrire dans les principes FAIR (facile à trouver, accessible, interopérable et réutilisable), POUNT est développé pour permettre aux chercheurs de l’Université de Strasbourg de déposer '''des jeux de données issus de leurs travaux de recherche de manière structurée''' (saisie de métadonnées) et '''interopérable''' (export des métadonnées). Elle permet de partager avec accès restreint ou public ces jeux de données et les contenus rendus publics sont accessibles par tout le monde.
Elle permet également:
* de sauvegarder et versionner les données (documents, images, vidéos, modèles 3D) ;
* de structurer les données en respectant les standards d'une discipline, et d'étendre ces standards avec des métadonnées personnalisées ;
* de configurer les droits de lecture et de modification pour les différentes communautés ;
* de valoriser les données, de les visualiser de manière fluide et de les enrichir avec des informations contextuelles. +
F
La plateforme '''RMN''' de la Fédération de chimie et matériaux de Paris-Centre (FCMat) se consacre à la '''caractérisation''' et à l''''analyse''' de '''matériaux solides''' et '''liquides''' par '''Résonance Magnétique Nucléaire''' (RMN). Pour les matériaux solides, elle réunit des équipements utilisés pour la caractérisation structurale et conformationnelle, l'identification des fonctions chimiques des molécules et l'étude de la cristallinité. Pour les liquides, la plateforme réalise des analyses de structures moléculaires, des analyses quantitatives, l'identification de la présence d’isomères et l'étude de la cinétique d'échange. Ces compétences sont appliquées à l'étude d'édifices moléculaires et de matériaux divers, contribuant à des avancées significatives dans les domaines de la santé, des énergies ou encore de l'environnement.<br>
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
S
La plateforme '''SHARE DATA - Survey of Health, Ageing and Retirement in Europe''', met à disposition des données d'enquêtes sur '''la santé, le vieillissement et la retraite'''. Les enquêtes portent sur les personnes âgées de 50 ans et plus dans 28 pays différents.
Afin d'aider les recherches réalisées en lien avec la santé, SHARE DATA donne accès à de la documentation sur la réalisation des enquêtes ainsi qu'aux résultats de ces enquêtes. +
I
La plateforme '''SMAS''' ('''Spectrométrie de Masse, Analyse et Spectroscopies''') de l’'''Institut de Chimie Physique''', '''ICP''', est une plateforme de spectrométrie de masse intégrant la séparation par mobilité ionique (IMS) et la fragmentation sélective voire spécifique des ions avec des lasers infrarouges accordables de type IRMPD (InfraRed Multiple Photon Dissociation). La mobilité ionique différentielle (DMS) est intégrée aux deux autres spectromètres de masse (Bruker), l’un de type piège à ions quadripôlaire, l’autre FT-ICR 7 Tesla à haute résolution.
Le spectromètre de masse FT-ICR 7T de la plateforme SMAS fait partie de l’infrastructure de recherche Infranalytics. +