Genoscope
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| Autres noms | |
| URL | https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx |
| Tutelles | CEA |
| Identifiants | |
| RNSR | 201722556Y |
| ROR | 028pnqf58 |
| Localisation | Évry-Courcouronnes |
| Type de service | Plateforme de calcul |
|---|---|
| Statut | En production |
| URL | https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx |
| Contact | pcoutool@genoscope.cns.fr |
| Structure d'appartenance | Genoscope |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
L'équipe du laboratoire de séquençage du Genoscope s'implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu'à la validation des séquences brutes. Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième génération. Ces machines permettent d'atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.
Les projets actuellement développés concernent un large panel d'organismes, par exemple :
- Reséquençage : champignon unicellulaire comme la levure (Saccharomyces cerevisiae) ou organisme végétal comme le riz (genre Oryza),
- Séquençage de novo de protiste (Paramecia), d'organisme animal comme la limnée (genre Lymnaea) ou d'organisme végétal comme le blé (genre Triticum),
- Séquençage de transcriptomes d'organismes eucaryotes comme le chêne (genre Quercus),
- Projets de métagénomique et de métatranscriptomique (projets Tara Océans, biodiversité des sols français)
- Projets de séquençage du Génome de la truffe noire du Périgord, du génome d'Ectocarpus.
- 1002 génomes de levures, biodiversité des plantes alpines.
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :Données génomiques
Communauté d'utilisateurs : Communautés scientifiques académiques Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins
Conditions d'usage : Les soumissions de projets s’effectue via le site de France Génomique
Conditions tarifaires : Les projets sont co-financés avec les laboratoires demandeurs.
Certification/Label :
Conditions générales d'utilisation :
Genoscope est en lien avec les services et structures
Offre de services de Genoscope
- Genoscope (Plateforme de calcul)
| Structure | Services proposés |
|---|---|
| Genoscope | Genoscope |