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'''Agropolis Fondation''' est une fondation de coopération scientifique, reconnue d’utilité publique, créée en 2007 par le [[Cirad]], l’[[INRAE]] et l’[[Institut Agro]], rejoints en 2008 par l’[[IRD]], et en 2018 par l’[[Université de Montpellier]].
Sa mission générale est de '''soutenir, par la recherche et l’enseignement supérieur, le développement et la diffusion des connaissances'''. Historiquement au service des acteurs de l’'''agriculture et du développement durable, elle élargit aujourd’hui son champ d’actions aux thématiques de la santé et de l’environnement''', dans une logique interdisciplinaire.
Elle s’appuie sur un réseau scientifique de rang mondial regroupant plus de 1 600 chercheurs et enseignants-chercheurs, avec une ouverture spécifique sur les régions tropicales et méditerranéennes.
Agropolis Fondation est '''certifiée ISO 9001 pour l’ensemble de ses activités''' depuis 2011. +
'''Airbus Defence and Space''' est l’une des trois divisions du groupe Airbus, spécialisée dans les avions militaires, les drones, les missiles, les lanceurs spatiaux et satellites artificiels. +
Aix-Marseille Université (AMU) est organisée en :
*6 secteurs de formation et de recherche : Arts, lettres, langues et sciences humaines; Droit et sciences politique; Economie et gestion; Santé; Science et technologies; Secteur pluridisciplinaire
*3 pôles d’innovation territoriaux (PIT)
*6 groupements interdisciplinaires de formation thématiques (GIFT) : Aéronautique, Big Data, Handicap, Mer et activités maritimes, Tourisme, Vieillissement
*5 pôles de recherche interdisciplinaire (PR2I) : Energie; Environnement; Santé, sciences de la vie; Sciences et technologies avancées; Humanités.
L’AMU s’est dotée d'une [https://www.univ-amu.fr/system/files/2021-09/Politique_Science_Ouverte_AMU.pdf charte pour la Science ouverte]. Dans le Projet d’établissement 2018-2022, le Service Commun de Documentation (SCD) de l’AMU développera des services à la recherche en particulier sur l’open access, la gestion des données de la recherche, le droit d’auteur, l’appui à la bibliographie. +
La Cellule '''Science ouverte''' du Service Commun de Documentation (SCD) d’Aix-Marseille Université (AMU) propose un '''guide thématique sur les données de la recherche''' composé de 4 rubriques ainsi que les ressources correspondantes :
* Définition de la gestion des données et le contexte (national, européen et AMU)
* Définition des données de la recherche et les types
* Des réponses à la question pourquoi gérer ses données ?
* La description du plan de gestion de données (PGD ou Data Management Plan DMP) et les questions posées
* La boîte à outils : ressources et services pour l’accompagnement à la gestion des données de recherche.
Ce site est dédié aux enseignants-chercheurs et aux professionnels de l’IST pour les accompagner dans le cadre du '''cycle de vie des données de recherche.''' +
Aladin est un '''atlas du ciel interactif'''. Il permet aux utilisateurs de visualiser des images digitalisées du ciel, ainsi que des relevés complet du ciel. Il permet d'y superposer des informations issues des bases de données astronomiques telles que Simbad, VizieR et autres archives pour tous les objets connus dans le champ.
'''Aladin sky atlas''' est disponible sous deux formes: '''Aladin Desktop, un logiciel à installer''' et '''Aladin Lite, une application Web'''.
'''Aladin Desktop''' est un logiciel dédié à localiser les données astronomiques pertinentes, les accéder, les explorer et les visualiser. Compatible avec la plupart des standards OV émergeants ou existants, il est interconnectable avec d'autres outils de visualisation et d'analyse. Ces points forts lui permettent d'être un puissant outil d'exploration et d'intégration des données astronomiques largement utilisé par la communauté astronomique scientifique. Aladin Desktop s'appuie sur la technologie Java. Il nécessite une installation préalable sur l'ordinateur de l'utilisateur.
'''Aladin Lite''' est une version allégée de l'outil Aladin qui s'exécute directement dans la fenêtre du navigateur de l'utilisateur. Aladin Lite est avant tout dédié à la visualisation. Il s'appuie sur la technologie WebGL, supportée par la plupart des navigateurs modernes. Aladin Lite peut être facilement incorporé au sein d'une page Web. Il peut être également piloté via une API Javacript dédiée.
'''Données disponibles''' : Aladin Desktop & Aladin Lite utilise des données "recalculées" sur le principe de la technologie HiPS (Hierarchical Progressive Survey). Cette méthode offre la possibilité de zoomer et de se déplacer dans n'importe quelle région d'un relevé. Actuellement,environ 1100 relevés HiPS sont disponibles représentant 500To de pixels distribués par plusieurs serveurs collaboratifs.
Aladin Desktop offre d'autre part un accès direct à la plupart des serveurs astronomiques de la planète (CDS, NED, ESO, CADC, MAST, HEASARC, NRAO, ROE, IMCCE, etc), et également aux données locales de l'utilisateur.
L’'''Alliance nationale de recherche pour l'environnement''' '''AllEnvi''' coordonne les programmes de recherche pour relever divers grands défis sociétaux - alimentation, eaux continentales, climat, biodiversité, océan, risques - et anticiper leurs évolutions.
AllEnvi est composée de 12 membres fondateurs (BRGM, CEA, Cirad, CNES, CNRS, France Universités, Ifremer, Ineris, Inrae, IRD, Météo-France, Muséum national d’histoire naturelle) et 11 membres associés (Andra, Anses, CDEFI, Cerema, CGE, IFPEN, IGN, Inria, IRSN, LNE, Shom).
Allenvi mobilise cette communauté pluridisciplinaire afin de couvrir 7 thématiques de recherche : Sols, Plantes, Océan, Animaux, Terre solide, Atmosphère, Eaux continentales.
AllEnvi ne propose pas de données mais regroupe des institutions qui proposent. +
AnaEE constitue une infrastructure de recherche expérimentale pan-Européenne intégrée et à long terme, à l'échelle du continent, qui s'appuie sur des plateformes distribuées avancées de quatre types :
*Plateformes écosystémiques en plein air : situées dans des écosystèmes terrestres ou aquatiques, gérés et non gérés, traversant les zones climatiques de l'Europe ;
*Plateformes écosystémiques fermées: elles complètent les plateformes en plein air en permettant un niveau plus élevé de contrôle environnemental et de mesure des processus ;
*Plateformes analytiques : elles offrent des analyses biologiques, physiques et chimiques avancées pour une meilleure compréhension des processus des écosystèmes ;
*Plateformes de modélisation : elles donnent accès à des solutions logicielles et à des installations avancées pour le développement de modèles. +
Infrastructure d'acquisition, de services et de données, '''AnaEE-France''', '''Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France''',
est une '''infrastructure nationale de recherche dédiée à l’étude des écosystèmes continentaux et de leur biodiversité'''.
L’infrastructure AnaEE France offre à la communauté scientifique, aux entreprises et aux organisations issues de la société civile un accès à des dispositifs expérimentaux dédiés à l’étude des écosystèmes continentaux terrestres et aquatiques et distribuées sur le territoire national métropolitain et ultramarin.
L’infrastructure accompagne également la réalisation des projets de recherche en proposant un accès aux données et à ses plateformes analytiques.
Elle met à la disposition de la communauté scientifique internationale 33 dispositifs originaux permettant de manipuler les écosystèmes soit en conditions plus ou moins contrôlées soit en milieu ouvert en accédant à des expérimentations long terme offrant des milieux différentiés et des historiques documentés ou en réalisant des expérimentations nouvelles notamment dans des écosystèmes alpins
et des forêts tropicales.
AnaEE-France propose un accès à des systèmes d'information et de modélisation pour la valorisation des résultats obtenus sur les différentes plateformes de l'infrastructure. [https://www.anaee-france.fr/service/modeles-et-donnees/donnees/ecoinfo EcoInfo] et [[BBEES]] assurent un accès aux bases de données AnaEE, tandis que les plateformes [https://www6.inrae.fr/vsoil/The-Project VSOIL] et [https://www6.inrae.fr/record/Presentation RECORD] offrent un accès aux outils de modélisation de l'infrastructure.
'''Science ouverte et données''' :
*Infrastructure dotée d’une [https://zenodo.org/records/5665344 politique des donnéesp FAIR] en application, AnaEE-France est membre fondateur de l’infrastructure ESFRI Landmark [[:AnaEE|AnaEE]] devenue ERIC en février 2022 (coordination France).
*Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://forgemia.inra.fr/anaee-dev/semdata
*Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données [http://www.anaee.eu/services/data-and-models-portals www.anaee.eu/services/data-and-models-portals]
Infrastructure issue de la fusion des IRs AnaEE-France Ecotrons et AnaEE-France Natura.
Le '''PEPR exploratoire FairCarboN''' est en interaction avec elle pour l'expérimentation sur les écosystèmes.
Catalogue des jeux de données, services, cartes proposés par AnaEE-France +
Entrepôt de données de l'infrastructure AnaEE-France. Utilise la solution Dataverse +
Les plateaux techniques d’Anexplo mettent à disposition de la communauté scientifique publique et privée des équipements de pointe et les expertises nécessaires à la compréhension du vivant dans son fonctionnement normal et pathologique.
'''Anexplo''' propose un continuum d’'''activités de la création à l’archivage de modèles rongeurs de physiopathologie''' en passant par leur '''exploration fonctionnelle''' et '''caractérisation phénotypique''' (ex vivo et in vivo). Anexplo offre aussi des environnements adaptés à l’exploration des physiopathalogies des ovins, bovins, lagomorphes (lapin) et oiseaux (poules, canards et dindes). Ces modèles d’étude intégrés permettent une meilleure compréhension de la physiologie et des dysfonctionnements pathologiques dans le domaine du cancer, des maladies métaboliques, cardiovasculaires, immunologiques et infectieuses et en génétique. +
La '''plateforme régionale AniRA (Ani-Rhone-Alpes)''' est '''dédiée à la génération et au phénotypage de souris'''. La structure AniRA est subdivisée en '''2 départements spécialisés''' offrant chacun différents services à la communauté scientifique. Chacun des départements AniRA s'appuie sur des plateformes technologiques qui entretiennent des liens étroits avec les équipes locales de recherche permettant le développement et le transfert efficace de nouvelles technologies.
Le '''département AniRA-Phenotyping''' permet de proposer des '''prestations de phénotypage''' complètes axées autour des différents systèmes physiologiques: cardiovasculaire, métabolisme, système immunitaire, métabolisme cellulaire ou encore système osseux. Le phénotypage permet la caractérisation standardisée et fonctionnel du modèle rongeur. Ce département vise à mieux comprendre la fonction des gènes, les mécanismes biologiques fondamentaux, de la physiopathologie infectieuses, pour identifier et valider de nouvelles cibles médicamenteuses par exemple.
Actuellement AniRA Phenotyping propose à la communauté scientifique des prestations de phénotypage sur mesure :
* Phénotypage du système immunitaire, du métabolisme cellulaire et/ou du système osseux (AniRA-ImmOs) qui s’appuie en grande partie sur le plateau de cytométrie en flux (AniRA-Cytométrie) et sur l' animalerie (AniRA-PBES).
* Phénotypage dans les domaines métaboliques, cardiovasculaire et l’exploration du système nerveux autonome (AniPhy)
* Etude des neuro-transmetteurs (BELIV) gràce à des biocapteurs destinés au dosage de petites molécules développé à façon sur la plateforme.
* Étude des principaux phénotypes cardiaques et de physiopathologie des syndromes d’ischémie-reperfusion dans le cœur, le rein et le cerveau (Ixplora).
Le '''département AniRA Mouse Models''' est '''en charge de la génération, de la production de souris génétiquement modifiée''' ainsi que de l''''utilisation de modèles infectieux animaux'''. Ce département propose des services variés et développe en permanence de nouveaux outils pour la génération et la validation de modèles expérimentaux .
AniRA Mouse Models dispose d'une animalerie centrale (AniRA-PBES) comportant un service de transgénèse perfomant qui utilise entre autre des vecteurs lentiviraux developpé en relation avec la plateforme d'analyse génétique (AniRA-Analyse Génétique) et la plateforme de vectorologie (AniRA-Vectorologie). L'animalerie AniRA-PBES dispose d'une zone A1 et de zones A2 et A3 permettant l'utilisation de modèles infectieux. Ce département dispose également d'un laboratoire de niveaux 3 (AniRA-L3) permettant ainsi de proposer à la communauté scientifique des modèles animaux infectieux pertinents.
L’Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail, assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence couvrant '''la santé humaine''', '''la santé et le bien-être animal''' ainsi que '''la santé végétale'''.
L’Anses étudie, évalue et surveille l’ensemble '''des risques chimiques''', '''microbiologiques''' et '''physiques''' auxquels les hommes, les animaux et les végétaux sont exposés. L’Agence s’appuie sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche, répartis sur l’ensemble du territoire.
Dans le cadre de son engagement en faveur de '''la science ouverte''' et d’agence de financement de projets de recherche, l’Anses met en œuvre cette politique et ses principes à travers le Programme national de recherche Environnement - Santé - Travail ([https://www.anses.fr/fr/content/le-programme-national-de-recherche-environnement-sant%C3%A9-travail-0 PNR EST]) qu’elle pilote. En 2020, le dépôt des publications sur une archive ouverte est rendu obligatoire ainsi que l’élaboration d’un '''plan de gestion de données''' (PGD) pour les équipes financées. L’Anses dispose d’une plateforme d’auto-archivage [https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/ HAL-Anses]. +
'''APOLLON''' est une infrastructure de recherche (IR) opérée par le Laboratoire pour l’Utilisation des Lasers Intenses (LULI) et placée sous la tutelle du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et de l’École polytechnique. Elle est conçue pour atteindre '''une puissance laser multipetawatt exceptionnelle'''.
APOLLON délivre '''un ensemble de sources laser ultra-intenses et ultra-brèves''', superposables sur une même tache focale et synchronisables, d'énergie totale maximale sur cible de 265 J. Il alimente 2 salles expérimentales, la salle « courte focale » pour '''générer des faisceaux de protons, d’ions et de rayonnements X''', et la salle « longue focale » dédiée à '''l'accélération d'électrons''' sur plusieurs dizaines de mètres.
Le laser APOLLON devrait à terme atteindre une puissance de 10 PW et sera exploité dans le cadre de la recherche fondamentale et appliquée ('''physique en champ fort''', '''accélération de particules au-delà du GeV''').
Cet instrument permet d’explorer de nouveaux domaines de '''la physique relativiste''' à '''la physique du vide''', par la réalisation d’expériences d’interactions avec la matière à très haute intensité, pour des applications finales liées à '''l’énergie''', '''la biologie''', '''la médecine''' et '''le nucléaire'''.
Le '''logiciel [[Smilei]] a été développé pour accompagner les activités de recherche autour d’Apollon'''. Cet outil est calibré pour '''simuler les interactions lumière-matière présentes au sein des expériences menées avec ce laser'''. Il permet de concevoir en amont les expériences et de prévoir ce qu’il se passera lors de celle-ci.
L’infrastructure dispose d'une [https://apollonlaserfacility.cnrs.fr/wp-content/uploads/2022/06/APOLLON-data-policy.pdf politique de données]. +
Le laboratoire '''Archéologies et Sciences de l’Antiquité''' ('''ArScAn''') développe des recherches en archéologie et histoire de l’art, histoire et épigraphie, philologie et littérature. Les recherches archéologiques incluent la géo-archéologie, le paléo-environnement, l’anthropologie funéraire. ArScAn intervient sur les 5 continents, de la Préhistoire au début de l’époque moderne, sur la base de travaux de terrain, de l’étude de textes et d’images. +
L’outil '''ArchEthno''' permet aux chercheurs de '''structurer leurs matériaux bruts pour les transformer en données''' répondant à une question scientifique, tout en décidant pour chaque donnée, métadonnée si elle sera en accès libre ou en accès restreint à des personnes autorisées.
L'outil se décline en deux parties :
* '''ArchEditor''', déjà fonctionnel, permet l'autosaisie des matériaux
* '''ArchWeb''', plateforme documentaire pour le web, permettra la consultation des données autosaisies dans le respect des règles de confidentialité définies par les producteurs des données +
ArcheoGRID est une '''application Web''' initiée il y a plus de 10 ans par Archeovision pour '''archiver et diffuser des données numériques iconographiques de la recherche'''.
Elle est devenue aujourd’hui un '''outil incontournable de gestion collaborative de la documentation de tout type''' (iconographie, relevés...) pour les '''projets SHS portant une composante 3D''' : annotation, indexation, préservation, sauvegarde, dissémination. ArcheoGRID permet d’intégrer des données sémantiques aux données numériques afin d’être en mesure d’échanger ces informations selon les protocoles standards d’échange en vigueur (OAI-PMH, RDFa, DublinCore) et participer pleinement à l’ouverture des données de la recherche.
Les données contenues dans ArcheoGRID sont accessibles par l’intermédiaire de l’interface originellement appelée "tabloïde" qui simule une table lumineuse sur laquelle il est possible de visualiser des "diapositives" par lots. Une visionneuse permet de consulter individuellement chacune des diapositives présentes sur la table lumineuse et de consulter les métadonnées associées à chacune des diapositives. La typologie des documents ayant évolué, il est désormais possible de traiter non seulement de la documentation iconographique mais aussi des textes, des sons, des vidéos ou encore des fichiers json, 3D, ...
Toutes les données d’ArcheoGRID, fichiers et bases de données, sont hébergées par Huma-Num qui assure également l’exploitation d’une partie des serveurs liés aux services Web et la sauvegarde des données. +
'''archeoViz''' est une application dédiée à l'archéologie permettant de visualiser, d'explorer interactivement, et d'exposer et communiquer rapidement des '''données archéologiques de terrain''' (de fouille ou de prospection).
Elle propose des '''visualisations en 3D et 2D''', génère des coupes et des cartes des restes archéologiques, permet de réaliser des statistiques spatiales simples, d'exporter des données vers des applications tierces pour des analyses plus avancées, et de visualiser la chronologie interactive d'une opération archéologique.
Cette application est conçue comme l'élément de base d'un réseau d'édition web décentralisé pour les données archéologiques :
* Les utilisateurs peuvent déployer des '''instances d'archeoViz spécifiques à leurs jeux de données''' sur le serveur de leur choix.
* Le '''[https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home/ portail archeoViz]''', une application en ligne complémentaire, référence et documente avec des '''métadonnées''' ces instances archeoViz, augmentant leur découvrabilité et leur audience sur le web.
'''archeoViz''' peut également être utilisée comme ressource pédagogique pour initier les apprenants à l'analyse spatiale, aux formats de données, à la recherche reproductible, à la science ouverte et à l'archéologie computationnelle.
Plus d'informations sur le [https://archeoviz.hypotheses.org/ blog archeoViz]. +
'''''archeofrag''''' est un package R pour l''''analyse des unités spatiales archéologiques''' (par ex. des couches stratigraphiques, des fosses, l'intérieur et l'extérieur d'un bâtiment, etc.) à partir des relations de remontage entre morceaux d'objets fragmentés. Il '''implémente la méthode TSAR''' (''Topological Study of Archaeological Refitting'') tirant parti des outils de la théorie des graphes pour modéliser les relations de connexion entre fragments adjacents issus d'un même objet. Les fonctions du package permettent :
* de '''créer, manipuler, vérifier, altérer et simuler des graphes de fragmentation''',
* de '''mesurer la cohésion et le mélange d'unités spatiales archéologiques''',
* '''caractériser les propriétés topologiques''' d'un ensemble de relations de connexion entre fragments.
Le simulateur permet de générer des graphes artificiels pouvant être comparés aux observations réalisées sur des données de terrain.
== Références ==
* '''Plutniak, S. 2021'''. “The Strength of Parthood Ties. Modelling Spatial Units and Fragmented Objects with the TSAR Method – Topological Study of Archaeological Refitting”, ''Journal of Archaeological Science'', 136, p. 105501. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jas.2021.105501.
* '''Plutniak, S. 2022'''. “Archeofrag: an R package for Refitting and Spatial Analysis in Archaeology”, ''Journal of Open Source Software'', 7 (75), p. 4335. DOI: https://doi.org/10.21105/joss.04335.
* '''Plutniak, S. 2022'''. “Archeofrag: un package R pour les remontages et l'analyse spatiale en archéologie”, ''Rzine'', https://rzine.fr/ressources/20220811_archeofrag_joss/
* '''Plutniak, S. 2022'''. “L'analyse topologique des remontages archéologiques : la méthode TSAR et le package R archeofrag”, ''Bulletin de la Société préhistorique française'', 119 (1), p. 110–113.
* '''Plutniak, S., J. Caro, C. Manen 2023'''. “Four Problems for Archaeological Fragmentation Studies. Discussion and Application to the Taï Cave’s Neolithic Pottery Material (France)”, in A. Sörman, A. Noterman, M. Fjellström (eds.) ''Broken Bodies, Places and Objects. New Perspectives on Fragmentation in Archaeology'', London: Routledge, p. 124–142. DOI: https://doi.org/10.4324/9781003350026-11.
'''Le service a été évalué par le ''Journal of Open Source Software'' (https://doi.org/10.21105/joss.04335)'''.
Archeovision est une plate forme technologique 3D du CNRS. Elle est au service des acteurs SHS qui souhaitent introduire une composante 3D dans leurs projets (acquisition, restitutions, valorisation et bases de données 3D). L’UMS effectue des expertises, émet des recommandations, accompagne les porteurs de projets 3D en Sciences Humaines et Sociales (SHS) et offre des solutions de conservation des données 3D. L’UMS présente au public les résultats scientifiques des différents programmes de recherche dans l’Odéon de réalité virtuelle dans l’Archéopôle d’Aquitaine où elle est installée.
Archeovision est une plateforme qui associe une structure publique (CNRS/universités) et une structure de transfert technologique filiale des Universités de Bordeaux, Archeovision Production. Archeovision est dans l’UMR 6034 Archeosciences-Bordeaux (union de l’ancienne équipe CRPAA et l’UMS 3657). +