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Depuis 2021, l’'''ASNR''' (anciennement IRSN) mène plusieurs chantiers pour '''structurer la gestion des données de l’institut''', selon les principes FAIR et réaliser des projets de valorisation : catalogage des données de l’Institut, définition de référentiels, mise en place d’une plateforme d’accès et d’analyse des données de l’Institut.
La '''Cellule données de la recherche de l’ASNR''' propose un service d’accompagnement aux chercheurs pour la gestion de leurs données. +
'''ASPIC''' est un portail dédié à l’accès aux données à valeurs ajoutées issues d’enquêtes spectroscopiques ou spectro-photométriques publiées et/ou hébergées au Centre de données astrophysiques de Marseille (CeSAM), Laboratoire d’Astrophysique de Marseille (LAM).
L’expertise offerte par ASPIC vise à traiter toute la chaîne de mesure, y compris les mesures de redshift et d’évaluation de la fiabilité, l’accès aux spectres et les données auxiliaires appariées comme la photométrie multibande via un système d’information dédié.
ASPIC délivre les données de grands sondages photo-spectroscopiques, avec accès direct aux catalogues et aux spectres. Archives intégrées de données spectrophotométrques: El COSMOS, MUSE-Wide, VIMOS public extragalactic redshift survey, VIMOS VLT deep survey, VIMOS ultra deep survey, z-COSMOS survey, GAMMA survey, 6dF Galaxy survey. Outils de fouille de données.
En 2023 devrait fusionner avec [[GAZPAR]] pour donner un seul SNO GASPIC +
'''ATGC, plateforme de bioinformatique de Montpellier''' fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats.
Expertise :
*'''Analyse qualitative du transcriptome par RNA-seq ou Digital Gene Expression''' (SAGE)
*'''Assemblage de transcriptome de novo''' (RNA-seq)
*'''Correction hybride de reads PacBio (Pacific BioSciences) pour DNA-seq ou RNA-seq'''
*'''Analyse génomique''' : recherche de mutations, insertion délétions, réarrangements
*'''Mapping de reads génomiques ou transcriptomiques'''
Plateforme CNRS Sciences informatiques qui est un site d'implantation de l'Institut Francais de Bioinformatique +
'''L’Agence technique de l’information sur l’hospitalisation (ATIH)''' est un établissement public de l’État à caractère administratif placé sous la tutelle des ministres chargés de la santé, des affaires sociales et de la sécurité sociale.
L’ATIH est un pôle d’expertise chargé de :
* '''Collecter, traiter, analyser, restituer et diffuser les données hospitalières et médico-sociales'''
* '''Contribuer à l’élaboration des modèles de financement et à leur mise en œuvre'''
* '''Participer à l’élaboration des nomenclatures de santé'''
* '''Contribuer à l’amélioration de la qualité et à la pertinence des prises en charge'''.
L’agence intervient dans le secteur sanitaire sur les quatre champs de l’activité hospitalière :
# Médecine, chirurgie, obstétrique (MCO)
# Hospitalisation à domicile (HAD)
# Soins médicaux et de réadaptation (SMR)
# Psychiatrie
et le secteur médico-social :
# Établissements d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad)
# Structures accompagnant des personnes en situation de handicap (PH)
# Services de soins infirmiers à domicile (Ssiad)
# Services polyvalents d’aide et de soins à domicile (Spasad)
# Services autonomie à domicile (SAD). +
L'Atilf (Analyse et Traitement Informatique de la Langue Française) est une unité de recherche en linguistique, qui propose différents outils et ressources numériques sur la langue. Elle a notamment créé, en partenariat avec d'autres laboratoires de linguistique, l'entrepôt de données Ortolang. +
'''ATLAS''' est l’un des deux '''détecteurs polyvalents du Grand collisionneur de hadrons (LHC)'''. Il étudie des domaines de physique très variés, de la recherche du boson de Higgs aux dimensions supplémentaires de l’espace-temps, en passant par les particules qui pourraient former la matière noire.
Les faisceaux de particules du LHC entrent en collision au centre du détecteur ATLAS. Les débris de collision ainsi produits forment de nouvelles particules, qui émergent du point de collision dans toutes les directions. Six sous-systèmes de détection différents disposés en couches autour du point de collision enregistrent la trajectoire, l’impulsion et l’énergie des particules, ce qui permet d'identifier chacune d'elles. Un énorme système d’aimants permet d’incurver la trajectoire des particules et, ainsi, de mesurer leur impulsion.
Les interactions produites dans les détecteurs d’ATLAS créent un énorme flux de données. Pour assimiler ces données, ATLAS utilise un système de « déclenchement » de pointe, qui indique au détecteur les événements devant être enregistrés et ceux devant être ignorés. Des systèmes complexes d’acquisition de données et de calcul sont ensuite utilisés pour analyser les événements enregistrés. Mesurant 46 m de long, 25 m de haut et 25 m de large, et pesant 7000 tonnes, le détecteur ATLAS est le détecteur de particules le plus volumineux jamais construit. Il se situe dans une caverne, à 100 m sous terre, à proximité du site principal du CERN et de la commune de Meyrin, en Suisse. +
Le '''programme de recherche exploratoire ATLASea''' vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines de la zone économique exclusive française.
Il est structuré en trois Projets Ciblés (PC) qui récapitulent '''le flux de données, de l’océan vers une information digitalisée accessible à tous''' :
* '''DIVE-SEA''' qui concerne '''l’échantillonnage des organismes vivants''' dans le milieu marin, en vue de leur séquençage. Il s’appuie sur un réseau de stations marines et prévoit plusieurs expéditions côtières et en haute mer ;
* '''SEQ-SEA''' qui concerne le '''séquençage des génomes'''. L’ADN sera extrait des '''échantillons au Genoscope, puis séquencé et assemblé en génomes de référence, et enfin annoté''' pour identifier la position des gènes. L’objectif est d’aboutir à des génomes de référence, c'est-à-dire complets.
* '''BYTE-SEA''' qui vise à '''établir l’infrastructure informatique requise pour gérer le flux de données depuis l’échantillonnage jusqu’au versement des données génomique dans le portail ATLASea''' et les dépôts internationaux. Il réalisera également des '''analyses à grande échelle''' pour retracer l’histoire évolutive des génomes et assigner des fonctions aux gènes. Les génomes seront finalement '''stockés dans des bases de données ouvertes et accessibles''' à la communauté internationale.
Le programme comportera également un important volet formation afin de maintenir le savoir-faire français en termes de séquençage : écoles d’été, workshops, encadrements de doctorants, etc. +
'''ATLASea data portal''' est le portail de données du [[ATLASea|PEPR ATLASea]]. Les données sont donc dérivées de ce programme. Les données sur le génome seront disponibles dans l'entrepôt [[ENA]]. +
AVISO+ ('''Archiving''', Validation and Interpretation of '''Satellite Oceanographic data''') est issu de la fusion entre le site historique AVISO du CNES et le site du CTOH (Center for Topographic studies of the Ocean and Hydrosphere). AVISO+ archive et distribue '''les données des missions spatiales d'altimétrie''' ainsi que les produits Doris d'orbitographie et de localisation précises. C’est le portail de référence de l'altimétrie qui donne accès à '''des données d’observation''' concernant plusieurs thématiques : '''l’océan''', '''l’hydrologie''' et '''les terres émergées''', '''les zones côtières''', '''la glace et la cryosphère''', '''le climat''', '''l’Atmosphère''' (vent et vagues), '''la géodésie''' et '''la géophysique''', '''la biologie marine'''. AVISO+ fournit des outils d’aide à l’utilisation '''des données altimétriques'''. +
Centre d'expertise de renommée internationale en matière de recherche polaire et marine, l''''Institut Alfred Wegener (AWI)''' est l'une des rares institutions scientifiques au monde à être aussi active dans l'Arctique que dans l'Antarctique. Il coordonne les efforts allemands en matière de '''recherche polaire''', tout en menant des recherches en mer du Nord et dans les régions côtières adjacentes en Allemagne.
Combinant des approches innovantes, une infrastructure de recherche exceptionnelle et des années d'expertise, l'Institut Alfred Wegener explore presque tous les '''aspects du système terrestre, de l'atmosphère au fond des océans'''. +
L’'''Agence bibliographique de l’enseignement supérieur''' ('''Abes''') met à la disposition des établissements de l’enseignement supérieur et de la recherche (ESR) une gamme '''d’outils et de services dédiés au signalement et à l’administration des ressources documentaires disponibles dans leurs bibliothèques'''.
Les données produites collectivement par les établissements membres des réseaux documentaires de l’ESR sont en accès libre à partir de 4 interfaces de recherche :
* '''Sudoc''' : le catalogue recense l’ensemble des ressources documentaires disponibles dans les 3 500 bibliothèques membres des réseaux Sudoc/Sudoc PS.
* '''theses.fr''' : le moteur de recherche donne accès aux métadonnées descriptives des thèses de doctorat françaises, soutenues ou ayant le statut « en préparation ».
* '''Calames''' : le catalogue recense et décrit dans un format approprié les archives et manuscrits disponibles dans les bibliothèques de l’ESR.
* '''IdRef''' : le référentiel IdRef permet l’accès aux données d’autorité produites par les bibliothèques membres des réseaux documentaires (Sudoc, Calames et Thèses) et dans le cadre de nombreux partenariats institutionnels.
L’Abes accompagne les professionnels des établissements membres de ses réseaux pour ce qui relève de leur activité de signalement bibliographique (formation, assistance, coordination de chantiers qualité, migrations de données…).
Afin d’accompagner les professionnels des réseaux documentaires de l’ESR, l’Abes déploie différentes stratégies :
* La formation des usagers professionnels (en ligne et à distance)
* Le partage d’informations via différents forums de discussion et via la lettre mensuelle "L’actu des Réseaux"
* La publication de la revue trimestrielle Arabesques
* L’organisation annuelle des Journées Abes et de différentes journées professionnelles dédiées (journées Sudoc PS ; journées d’étude)
* Le dispositif Abes Tour mis en place pour aller à la rencontre des établissements
L''''Adisp, Archives de Données Issues de la Statistique Publique''' diffuse des enquêtes et bases de données produites par la statistique publique afin de développer l'usage des données statistiques dans les sciences sociales. L'Adisp a constitué un fonds de grandes enquêtes et de bases de données intéressant les sciences sociales et continue de l'alimenter grâce à des conventions signées avec l'INSEE, plusieurs services statistiques ministériels et des institutions publiques. L'Adisp apporte également des conseils sur la recherche et l'utilisation des données.
Le catalogue est constitué d'enquêtes ponctuelles ou régulières, données de recensement, données de panel, extraits de fichiers administratifs, données localisées selon un maillage très fin du territoire, données représentatives au niveau national, données récentes ou historiques, etc. Il s'accroit régulièrement grâce à l'acquisition de nouvelles données et par la recherche et la restauration d'enquêtes anciennes.
Par l'intermédiaire de l'Adisp, la communauté scientifique peut également avoir accès à différents produits à façon :
*des Produits Sur Mesure (PSM) sur plus de 20 sources différentes de données de l'INSEE : recensements, état civil, revenus, emploi, entreprises...
*des projections de population à moyen/long terme sur tout territoire supracommunal de plus de 50 000 habitants à partir de l’outil Omphale
*des tableaux agrégés prédéfinis sur les hôtels et les campings
L'équipe de l'Adisp assure la collecte, le traitement, la documentation et la mise à disposition des données. +
'''Adonis''' ( '''Acquisition de DONnées à l'INRAE''') est un un '''logiciel d’acquisition de données''' développé et déployé à l'INRAE. Il intègre des '''fonctionnalités d'aide à la saisie des observations et des mesures réalisées dans les dispositifs d’expérimentation végétale''' (serre, champ, verger, forêt, ...). Adonis permet l’acquisition et la structuration des données sur le terrain, dans le cadre d’expérimentations végétales. Son utilisation fiabilise les saisies et assure leur traçabilité. Les données et l’ensemble des informations relatives à leur acquisition sont centralisés et peuvent être organisés selon des nomenclatures mutualisées pour faciliter les échanges dans les réseaux d’expérimentations.
L'application permet de réaliser :
*la conception de l’expérimentation et l’organisation de la saisie au bureau,
*la saisie des données et métadonnées sur le terrain à l’aide d’ordinateur (portables, tablettes, ...),
*la réintégration de ces données au bureau.
Le logiciel Adonis intègre naturellement des fonctionnalités permettant de répondre aux deux critères essentiels de la démarche qualité, à savoir la fiabilité des données produites et la traçabilité de l’activité expérimentale.
Il se compose de 2 utilitaires : Adonis bureau et Adonis terrain.
Le projet Adonis est piloté par la CNUE (Commission Nationale des Unités Expérimentales), en partenariat avec les Départements AgroEcoSystem (Agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes ), ECODIV (Ecologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques), BAP (Biologie et Amélioration des Plantes) et SPE (Santé des Plantes et Environnement) ainsi que la DSI (Direction du Système d'Information). +
Infrastructure nationale, Aeris, le « '''Pôle de données et services atmosphère''' » a pour objectif général de '''faciliter et de valoriser l’utilisation des données atmosphériques''' qu’elles soient issues de satellites, moyens sols, avions, ou ballons. Pour cela, le pôle génère des produits à partir des observations, mais également de nombreux '''services d’aide à l’utilisation des données''', d’'''aide aux campagnes''', ou d’'''interface avec les modèles'''.
Il est constitué autour de quatre centres ou services de données qui sont définis comme ayant les moyens de gestion collective des données, '''[[ICARE]]''', '''[[ESPRI]]''', le '''[[SATMOS]]''' et le '''[[SEDOO]]'''. À cela s’ajoute des laboratoires, des réseaux de laboratoires ou des centres d’expertise, éléments indispensables d’un pôle de données pour les développements algorithmiques et les prototypages.
Le portail du Pôle de données et services atmosphère Aeris a pour objectif de '''rendre accessible les données atmosphériques à une large communauté''', que cela soit pour des activités de recherche ou des applications commerciales.
Aeris assure des activités de :
*Collecte, traitement, stockage, diffusion des données
*Développement d’outils de visualisation et d’analyse
*Développement d'applications web d'accès aux données
*Développement de chaînes de traitement opérationnelles
*Standardisation des données et métadonnées
*Attribution de DOI
*Assistance aux utilisateurs et mise à disposition de moyens matériels +
L''''Association française pour l'information géographique''', '''AFIGéO''', est une association loi de 1901 française de professionnels de l'information géographique. L’AFIGEO fédère l’écosystème français de la '''donnée géographique'''. Interface entre les experts publics, privés et académiques et les institutions, l’association accompagne la croissance du secteur en France et à l’international. Ses adhérents, individuels, personnes morales publiques et privées, bénéficient d’informations de premier choix sur l’actualité sectorielle et sur la vie et les actions de l’association.
L'association est structurée autour de 3 pôles :
*Le '''Pôle Entreprises – Industries''' œuvre pour le développement du marché de l’information géographique et regroupe plus de 80 entreprises représentatives du secteur (éditeurs de logiciels, sociétés de services ou de conseil, bureaux d’études, consultants, etc.). Il anime plusieurs groupes d’intérêt, dont le GT Open Data, et organise des rencontres professionnelles.
*Le '''Pôle Formation - Recherche''' regroupe les professionnels de la géomatique concernés par les questions de formation et de recherche (formateurs et responsables de formations, employeurs, consultants, chercheurs, associations d'anciens élèves...). Les actions du pôle visent à promouvoir les formations en géomatique et à contribuer à leur lisibilité et à leur adéquation aux attentes des employeurs.
*Le '''Pôle Usages - Utilisateurs''' rassemble des collectivités territoriales, des services de l'Etat, des têtes de réseau « métier », des utilisateurs de l’information géographique, etc. Il vise à analyser les besoins de ces acteurs, à promouvoir leurs usages et leurs métiers, à mettre en réseau et animer des communautés thématiques, à mener des actions collectives tout en portant un discours politique.
L'AFIGEO publie le catalogue des infrastructures de données géographiques françaies, des guides pratiques et des retours d'expériences en matière d'information géographique et d'open data, de géomatique...
'''Les missions des 6 agences de l’eau''' sont '''d’aider les collectivités, les industriels, les agriculteurs, les associations de pêche et de protection de la nature''' dans '''le financement, l’accompagnement et la valorisation de leurs projets et initiatives pour agir sur la santé, le cadre de vie, la préservation de la ressource en eau et la biodiversité'''.
En France, les ressources en eau font l’objet d’une gestion intégrée par bassin hydrographique :
* Agence de l'eau Adour-Garonne
* Agence de l'eau Artois-Picardie
* Agence de l'eau Rhin-Meuse
* Agence de l'eau Loire-Bretagne
* Agence de l'eau Rhône Méditerranée Corse
* Agence de l'eau Seine-Normandie. +
Le '''PEPR Agroécologie et Numérique''' a pour objectif de promouvoir l’agroécologie en mobilisant le numérique au travers de recherches permettant de proposer et développer des innovations responsables.
Quatre axes scientifiques ont été définis et constituent les lignes scientifiques majeures du programme :
* Façonner un socio-écosystème propice à une recherche et innovation responsables;
* Caractériser les ressources génétiques pour évaluer leur potentiel pour l'agroécologie;
* Concevoir de nouvelles générations d'équipements agricoles;
* Développer des outils et des méthodes numériques pour le traitement des données et la modélisation en agriculture, pour les agroéquipements et pour l’aide à la décision.
Les attendus sont de :
* Favoriser le développement d'un écosystème d'innovation propice à l’attractivité et au renouvellement des métiers de l’agriculture;
* Favoriser les interactions avec les acteurs de l'ensemble de la chaîne de valeur afin de promouvoir une trajectoire sociétale et économique qui accompagne positivement la transition agroécologique;
* Contribuer à former et à attirer de jeunes scientifiques qui renouvelleront et augmenteront les forces de travail sur l'agroécologie et le numérique dans les années à venir. +
AgroParisTech est l’institut des sciences et industries du vivant et de l’environnement dont les objectifs sont de répondre aux enjeux du 21e siècle : nourrir les hommes en gérant durablement les territoires, préserver les ressources naturelles, favoriser les innovations et intégrer la bioéconomie.
L’activité scientifique à AgroParisTech est assurée par 22 unités mixtes de recherche et d’une unité de recherche et développement en co-tutelles avec le CNRS, l’INRAE, le Cirad, l’IRD, des universités et des écoles. L'activité de recherche est répartie sur 4 domaines thématiques :
* Production agricole et forestière ;
* Transformation alimentaire et non-alimentaire ;
* Gestion durable des ressources naturelles et de l’environnement ;
* Santé humaine.
En 2020, AgroParisTech a adopté une politique dédiée à la Science Ouverte dans le cadre de sa politique d’établissement. La Cellule Données de la recherche propose un service d’accompagnement à la rédaction de plan de gestion de données (PGD) destiné aux chercheurs d’AgroParisTech.
AgroParisTech est un établissement-composante de l’Université Paris-Saclay. L'institut est partenaire des Ateliers de la donnée DatASaclay (Dat’Atelier de l’Université Paris-Saclay), ADOC Lorraine (Accompagner aux Données les Chercheurs et Chercheuses en Lorraine) et EcoDoR (Écosystème des Données de la Recherche, L'atelier de la donnée de Montpellier).
La '''Cellule Données de la recherche d'AgroParisTech''' rassemble les compétences de plusieurs services internes (documentation, systèmes d'Information, juridique, délégué à la protection des données) afin de répondre aux demandes et besoins des chercheurs sur '''la gestion, l'ouverture et la valorisation des données de la recherche'''. Un réseau de correspondants de proximité sera mis en place au niveau des unités de recherche.
La cellule intervient en appui à :
* l’instruction du sujet des données de la recherche dans la phase de montage des projets de recherche : aide à la rédaction de Plans de Gestion de Données (PGD), analyse des besoins d’infrastructure numérique (volumétrie, stockage, sauvegarde, accès aux données), soutien juridique, accompagnement sur le traitement documentaire et terminologique de jeux de données (vocabulaires structurés, thésaurus, ontologies, métadonnées, constitution de corpus, techniques de fouille de texte et de données), aide à la stratégie d’ouverture des données (identification d’un entrepôt, stratégie de publication);
* La formalisation de la gestion des données au niveau des unités de recherche : mise à disposition de ressources d’information, aide à l’identification des besoins, formation, instruction des enjeux juridiques. Une aide à la rédaction de Plans de Gestion de Données (PGD) est proposée. Ce modèle s’applique à la gestion des données d’une structure de recherche : unité de recherche, plateforme, laboratoire, équipe, dispositif. +
'''AgroPortal''' est le foyer des '''ontologies et des artefacts sémantiques dans l'agroalimentaire et les domaines connexes'''.
En téléchargeant et partageant une ontologie sur AgroPortal, il est possible de :
* Découvrir de nouvelles perspectives et connaissances en explorant d'autres ontologies ou ressources sémantiques dans le répertoire.
* Contribuez au '''partage de connaissances et à l'interopérabilité sémantique du domaine'''.
* '''Cartographier une ontologie avec d'autres ontologies pertinentes''' dans le domaine et collaborer avec d'autres utilisateurs.
* Obtenir des retours et des suggestions d'autres utilisateurs qui peuvent utiliser et commenter l'ontologie.
* '''Décrire précisément une ontologie avec des métadonnées pertinentes et obtenir un score FAIR'''.
Les "slices" permettent aux utilisateurs d''''interagir (à la fois via l'API ou l'interface utilisateur) uniquement avec un sous-ensemble d'ontologies''' dans AgroPortal. Sur AgroPortal, les slices et les groupes sont synchronisés, de sorte que chaque groupe a une slice correspondante affichant uniquement les ontologies de ce groupe. +